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- PDB-3mbo: Crystal Structure of the Glycosyltransferase BaBshA bound with UD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mbo
タイトルCrystal Structure of the Glycosyltransferase BaBshA bound with UDP and L-malate
要素Glycosyltransferase, group 1 family
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / bacillus anthracis / UDP / L-malate
機能・相同性
機能・相同性情報


bacillithiol biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase BshA / Glycosyltransferase Family 4 / : / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.307 Å
データ登録者Wallace, B.D. / Claiborne, A. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Characterization of the N-Acetyl-alpha-d-glucosaminyl l-Malate Synthase and Deacetylase Functions for Bacillithiol Biosynthesis in Bacillus anthracis
著者: Parsonage, D. / Newton, G.L. / Holder, R.C. / Wallace, B.D. / Paige, C. / Dos Santos, P.C. / Redinbo, M.R. / Fahey, R.C. / Reid, S.D. / Claiborne, A.
履歴
登録2010年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase, group 1 family
B: Glycosyltransferase, group 1 family
C: Glycosyltransferase, group 1 family
D: Glycosyltransferase, group 1 family
E: Glycosyltransferase, group 1 family
F: Glycosyltransferase, group 1 family
G: Glycosyltransferase, group 1 family
H: Glycosyltransferase, group 1 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)375,03239
ポリマ－370,8978
非ポリマー4,13631
水5,188288
1
A: Glycosyltransferase, group 1 family
B: Glycosyltransferase, group 1 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,90711
ポリマ－92,7242
非ポリマー1,1839
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area29410 Å2
手法PISA
2
C: Glycosyltransferase, group 1 family
D: Glycosyltransferase, group 1 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,74710
ポリマ－92,7242
非ポリマー1,0238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area30090 Å2
手法PISA
3
E: Glycosyltransferase, group 1 family
F: Glycosyltransferase, group 1 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,02313
ポリマ－92,7242
非ポリマー1,29911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area29570 Å2
手法PISA
4
G: Glycosyltransferase, group 1 family
H: Glycosyltransferase, group 1 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3555
ポリマ－92,7242
非ポリマー6303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area29720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.266, 226.266, 75.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細GEL FILTRATION EXPERIMENT SHOWS THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS DIMER.

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Glycosyltransferase, group 1 family / Glycosyl transferase / group 1 family protein


分子量: 46362.086 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: K-12 / 遺伝子: BaBshA, BAS1445, BA_1558, GBAA1558, GBAA_1558 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q81ST7

-
非ポリマー , 5種, 319分子

#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M MgFormate, 0.02% sodium azide, 1 mM L-malate, 1 mM Uridine diphosphate, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 57310 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
3.3-3.362.70.91993.7
3.36-3.423.20.81996.2
3.42-3.483.60.76397.5
3.48-3.554.10.59799.4
3.55-3.634.40.535100
3.63-3.724.70.464100
3.72-3.814.90.381100
3.81-3.915.10.368100
3.91-4.035.40.254100
4.03-4.165.70.227100
4.16-4.3160.201100
4.31-4.486.20.17100
4.48-4.686.50.153100
4.68-4.936.80.146100
4.93-5.247.10.148100
5.24-5.647.40.162100
5.64-6.217.50.158100
6.21-7.17.60.129100
7.1-8.947.50.085100
8.94-507.20.085100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JJM

2jjm


解像度: 3.307→48.222 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / SU ML: 3.28 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 24.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 2770 5.11 %
Rwork0.2278 --
obs0.2293 54222 94.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.359 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.606 Å2-0 Å20 Å2
2---4.606 Å20 Å2
3---7.722 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.307→48.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23328 0 264 288 23880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00923967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9732403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1438781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1343757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074123
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3068-3.36380.35351060.30632035X-RAY DIFFRACTION75
3.3638-3.42490.3381360.31852161X-RAY DIFFRACTION79
3.4249-3.49080.33071370.29992204X-RAY DIFFRACTION84
3.4908-3.5620.31861350.27452418X-RAY DIFFRACTION89
3.562-3.63940.26241250.25822416X-RAY DIFFRACTION89
3.6394-3.72410.27481400.24742516X-RAY DIFFRACTION92
3.7241-3.81710.27531680.25082479X-RAY DIFFRACTION93
3.8171-3.92030.33321350.24582572X-RAY DIFFRACTION94
3.9203-4.03560.26171360.21842595X-RAY DIFFRACTION95
4.0356-4.16580.20641200.21552677X-RAY DIFFRACTION97
4.1658-4.31460.23581180.20462657X-RAY DIFFRACTION98
4.3146-4.48720.2461470.20092703X-RAY DIFFRACTION99
4.4872-4.69130.2331340.19842723X-RAY DIFFRACTION99
4.6913-4.93840.25361420.19482723X-RAY DIFFRACTION99
4.9384-5.24740.21941500.19222709X-RAY DIFFRACTION99
5.2474-5.6520.24831530.21072708X-RAY DIFFRACTION99
5.652-6.21980.24921580.22452714X-RAY DIFFRACTION99
6.2198-7.11730.24251370.21912759X-RAY DIFFRACTION99
7.1173-8.95770.1971380.18132794X-RAY DIFFRACTION100
8.9577-48.22740.20061550.19162889X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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