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- PDB-2jjm: Crystal Structure of a family GT4 glycosyltransferase from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jjm
タイトルCrystal Structure of a family GT4 glycosyltransferase from Bacillus anthracis ORF BA1558.
要素GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYL TRANSFER / GLYCOSYLTRANSFERASE / ANTHRAX / NUCLEOTIDE / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


bacillithiol biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase BshA / : / Glycosyltransferase Family 4 / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ruane, K.M. / Davies, G.J. / Martinez-Fleites, C.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of a Family Gt4 Glycosyltransferase from Bacillus Anthracis Orf Ba1558.
著者: Ruane, K.M. / Davies, G.J. / Martinez-Fleites, C.
履歴
登録2008年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
B: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
C: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
D: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
E: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
F: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
G: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
H: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
I: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
J: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
K: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
L: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)534,78112
ポリマ－534,78112
非ポリマー00
水00
1
A: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
B: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
C: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
D: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,2604
ポリマ－178,2604
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14850 Å2
ΔGint-110.3 kcal/mol
Surface area65750 Å2
手法PQS
2
E: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
F: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
G: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
H: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,2604
ポリマ－178,2604
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12420 Å2
ΔGint-94.3 kcal/mol
Surface area65760 Å2
手法PQS
3
I: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
J: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
K: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN
L: GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,2604
ポリマ－178,2604
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11680 Å2
ΔGint-86.8 kcal/mol
Surface area66090 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.597, 204.667, 135.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.01812, 0.80901, -0.58751), (0.7975, -0.34272, -0.49653), (-0.60305, -0.47754, -0.63898)-122.52144, 224.76289, 100.91868
2given(-0.99592, -0.05967, -0.06775), (-0.05528, -0.19035, 0.98016), (-0.07138, 0.9799, 0.18628)-60.03427, 121.70748, -104.01926
3given(0.01327, -0.73439, 0.6786), (-0.73768, -0.46534, -0.48917), (0.67502, -0.4941, -0.54792)39.00619, 186.51832, 144.73512
4given(0.06681, 0.60038, 0.79692), (0.69334, 0.54643, -0.46979), (-0.71751, 0.58392, -0.37976)-63.69684, 43.38068, -72.81827
5given(0.00296, -0.54544, -0.83815), (0.7106, 0.59086, -0.382), (0.70359, -0.59446, 0.38934)144.86177, 34.89108, 106.93374
6given(0.07341, -0.70649, -0.70391), (-0.71301, -0.53068, 0.45826), (-0.6973, 0.46825, -0.54269)164.18539, 104.19109, -51.02093
7given(-0.14585, 0.66949, 0.72836), (-0.68381, -0.60027, 0.41482), (0.71494, -0.43756, 0.54535)-77.60213, 115.84541, 80.75996
8given(0.99669, 0.07933, -0.01781), (0.02578, -0.10055, 0.9946), (0.07711, -0.99176, -0.10226)56.48273, 114.374, 189.57652
9given(0.05313, 0.77428, -0.63061), (-0.68883, -0.42879, -0.58451), (-0.72297, 0.46544, 0.51056)-47.58692, 188.89807, -54.43936
10given(-0.99756, -0.06797, 0.01612), (-0.06624, 0.99368, 0.09057), (-0.02218, 0.08928, -0.99576)4.30745, -2.73487, 74.0854
11given(-0.045, -0.77086, 0.63541), (0.75509, -0.4427, -0.48359), (0.65408, 0.45803, 0.60199)109.59505, 237.86994, -8.27642

-
要素

#1: タンパク質
GLYCOSYL TRANSFERASE, GROUP 1 FAMILY PROTEIN / GLYCOSYL TRANSFERASE


分子量: 44565.074 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 株: AMES / プラスミド: PETYSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81ST7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M HEPES PH 7.5, 0.2M NA2SO4, 14% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 117619 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 100.415 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2903911.94 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED DISORDERED REGIONS ARE THE SAME IN EACH MONOMER AND ARE 12- 13 43-46 61- 64 196-198
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 5887 5 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 117109 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.263 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 91.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.18 Å20 Å2-7.36 Å2
2--5.56 Å20 Å2
3---2.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33924 0 0 0 33924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 943 4.9 %
Rwork0.349 18370 -
obs--97.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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