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- PDB-3mbk: The 1.35 A Structure of the Phosphatase Domain of the Suppressor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mbk
タイトルThe 1.35 A Structure of the Phosphatase Domain of the Suppressor of T Cell Receptor Signalling Protein in Complex with Sulphate
要素Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
キーワードSIGNALING PROTEIN / PGM / STS-1 / LOW PH / Nucleus / Phosphoprotein / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of osteoclast differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / negative regulation of platelet aggregation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of bone resorption / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of signal transduction / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity ...regulation of osteoclast differentiation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / negative regulation of platelet aggregation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of bone resorption / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of signal transduction / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / phosphoprotein binding / platelet activation / platelet aggregation / ubiquitin protein ligase binding / signal transduction / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UBASH3B, SH3 domain / : / UBA-like domain / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Variant SH3 domain / Ubiquitin associated domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin-associated domain ...UBASH3B, SH3 domain / : / UBA-like domain / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Variant SH3 domain / Ubiquitin associated domain / Histidine phosphatase superfamily / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Nassar, N. / Jakoncic, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: The 1.35 A resolution structure of the phosphatase domain of the suppressor of T-cell receptor signaling protein in complex with sulfate.
著者: Jakoncic, J. / Sondgeroth, B. / Carpino, N. / Nassar, N.
履歴
登録2010年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年1月28日Group: Other
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
B: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5824
ポリマ－59,3902
非ポリマー1922
水10,503583
1
A: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
ヘテロ分子

B: Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5824
ポリマ－59,3902
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area4910 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area22770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.966, 80.049, 105.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-associated and SH3 domain-containing protein B / Suppressor of T-cell receptor signaling 1 / STS-1 / Cbl-interacting protein p70


分子量: 29695.061 Da / 分子数: 2 / 断片: PHOSPHATASE DOMAIN (UNP residues 373-636) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ubash3b / プラスミド: PPROEX-HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODONPLUS / 参照: UniProt: Q8BGG7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 22 % PEG2000MME, 200 mM AmSO4 100 mM, NaAcetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日 / 詳細: Rh coated toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→20 Å / Num. all: 115649 / Num. obs: 115649 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DCS_X6Aデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H0Q

2h0q


解像度: 1.35→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.634 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19062 5793 5 %RANDOM
Rwork0.16178 ---
obs0.16323 109669 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.219 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.033 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4166 0 10 583 4759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2971.9586243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90837725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6185606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84423.575207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.41215795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3871535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0681.52776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2971.51107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81824556
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55431774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.844.51651
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.97337701
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 378 -
Rwork0.264 6922 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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