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万見
- PDB-3mbj: Crystal structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase (B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mbj
タイトルCrystal structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase (BT_4458) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.10 A resolution (rhombohedral form)
要素Putative phosphomethylpyrimidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Putative phosphomethylpyrimidine kinase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxine kinase / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / pyridoxal kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase (BT_4458) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.10 A resolution (rhombohedral form)
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative phosphomethylpyrimidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,39812
ポリマ－33,4331
非ポリマー96611
水2,234124
1
A: Putative phosphomethylpyrimidine kinase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,38972
ポリマ－200,5956
非ポリマー5,79466
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area33700 Å2
ΔGint-784 kcal/mol
Surface area57120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.627, 161.627, 76.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-291-

ZN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative phosphomethylpyrimidine kinase / Pyridoxine kinase


分子量: 33432.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_4458 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q89ZB9

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非ポリマー , 7種, 135分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 35.00% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.20M lithium sulfate, 0.1M MES pH 6.0, Additive: 0.001M zinc chloride, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97916,0.97871
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月9日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979161
30.978711
反射解像度: 2.1→29.591 Å / Num. obs: 22278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 28.253 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.155.70.8380.9934616450.838100
2.15-2.215.70.7031.1899315820.703100
2.21-2.285.70.5661.2876315370.566100
2.28-2.355.70.5141.5854115040.514100
2.35-2.425.70.4321.8840714780.432100
2.42-2.515.70.3852809914150.385100
2.51-2.65.70.3242.3769813510.324100
2.6-2.715.70.2682.8753813210.268100
2.71-2.835.70.2313.3721412650.231100
2.83-2.975.70.1784.2689312090.178100
2.97-3.135.70.1445.1661611600.144100
3.13-3.325.70.1156.2619710900.115100
3.32-3.555.70.0977578810150.097100
3.55-3.835.70.0887.354549650.088100
3.83-4.25.60.0797.849658840.079100
4.2-4.75.60.0698.744457960.069100
4.7-5.425.60.0728.539867160.072100
5.42-6.645.50.0798.233516050.079100
6.64-9.395.40.0629.325654740.062100
9.39-29.595.10.0638.713552660.06396.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
autoSHARP位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.591 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 9.557 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.154
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. SULFATE IONS (SO4) AND 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD & MRD) MOLECULES FROM CRYSTALLIZATION ARE MODELED IN THE STRUCTURE. 5. AN IMIDAZOLE MOLECULE (IMD) FROM THE PROTEIN BUFFER IS MODELED IN THIS STRUCTURE. 6. ZINC IONS (ZN) AND A CHLORIDE ANION (CL) FROM THE CRYSTALLIZATION DROP ADDITIVE ARE MODELED IN THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1137 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 22278 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.3 Å2 / Biso mean: 23.496 Å2 / Biso min: 3.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å2-0.89 Å20 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.591 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2257 0 51 124 2432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61523290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94133907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6865300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.37424.43397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49715403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5431510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7591.51480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1941.5590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39622414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4883930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6984.5876
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 91 -
Rwork0.249 1545 -
all-1636 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.4084 Å / Origin y: 25.2169 Å / Origin z: -14.0687 Å
111213212223313233
T0.134 Å20.0026 Å2-0.0168 Å2-0.1053 Å20.0719 Å2--0.1035 Å2
L0.9364 °20.2012 °2-0.1087 °2-1.2428 °20.0075 °2--0.2168 °2
S-0.0417 Å °0.1772 Å °0.2666 Å °-0.1791 Å °0.0428 Å °0.1118 Å °-0.0522 Å °-0.0065 Å °-0.0011 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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