PDB-3mac: crystal structure of GP41-derived protein complexed with fab 8062

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mac

タイトル

crystal structure of GP41-derived protein complexed with fab 8062

要素

(Fab8062) x 2
Transmembrane glycoprotein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / GP41 / fab8062

機能・相同性

Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1860 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Transmembrane glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Li, M. / Gustchina, E. / Louis, J. / Gustchina, A. / Wlodawer, A. / Clore, M.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of HIV-1 Neutralization by Affinity Matured Fabs Directed against the Internal Trimeric Coiled-Coil of gp41.
著者: Gustchina, E. / Li, M. / Louis, J.M. / Anderson, D.E. / Lloyd, J. / Frisch, C. / Bewley, C.A. / Gustchina, A. / Wlodawer, A. / Clore, G.M.

履歴

登録	2010年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mac.cif.gz	252.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mac.ent.gz	203.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mac_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mac_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	3mac_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	3mac_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/3mac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/3mac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ma9C 2cmrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7dpm-4 3ma9-d 7dpm-2 7dm2-d 3amt-d 5d96-1 5d96-2 3amu-d 7dpm-1 3hb7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transmembrane glycoprotein

H: Fab8062

L: Fab8062

73.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.668, 41.741, 98.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Transmembrane glycoprotein 分子量: 24479.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWW0
#2: 抗体	Fab8062 分子量: 26334.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Fab8062 分子量: 22640.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 14% Polyethylene glycol 10K, 0.1M ammonium sulfate, 5% ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARCCD300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.5 Å / Num. obs: 23655 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13.79
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.524 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CMR

2cmr

解像度: 2.5→29.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 21.692 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.602 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26441	728	3.1 %	RANDOM
R_work	0.19961	-	-	-
obs	0.20163	22917	98.59 %	-
all	-	23655	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.229 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4 Å²	0 Å²	-1.58 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4798	0	0	69	4867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.19	1.945	6669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.003	5	615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.243	25.628	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.28	15	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.336	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.405	2	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.39	3	4977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.801	2	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.649	3	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	46	-
R_work	0.229	1525	-
obs	-	-	88.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2947	-0.4064	0.5216	3.8639	0.8604	5.416	-0.0278	-0.0713	0.3297	-0.1937	0.1238	0.2948	-0.9098	-0.3249	-0.096	0.2516	0.039	-0.026	0.1249	-0.0134	0.1245	9.6812	36.2614	34.4561
2	4.0079	-1.0293	1.2602	2.3309	-1.0144	6.2157	0.1585	0.0471	0.2019	0.0078	-0.2314	-0.0666	-0.3555	0.0611	0.0729	0.1448	0.0171	0.0124	0.05	-0.0173	0.0658	18.9124	36.545	70.8141
3	1.3435	-0.8005	1.1526	0.6147	0.0587	5.1749	-0.0801	-0.0021	-0.0418	0.0266	0.1202	0.038	-0.072	0.6667	-0.0401	0.1098	-0.0331	-0.0113	0.2976	-0.0101	0.0882	25.5479	21.4864	34.1875
4	0.1318	0.2055	-0.2551	0.5389	-0.0341	4.9281	0.0054	0.0525	-0.0286	0.1463	-0.0267	-0.0079	0.3567	0.2286	0.0213	0.2122	0.0466	0.0243	0.1776	-0.0185	0.1329	19.492	20.3317	68.2636
5	3.5117	0.4345	0.9915	1.3195	0.1118	2.2161	-0.0624	0.028	0.0657	-0.0302	0.0084	-0.0044	-0.0413	0.2772	0.054	0.1978	0.0189	0.02	0.0406	0.0014	0.167	11.7953	23.4187	5.4005

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	105 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	107 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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