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- PDB-3ma5: Crystal structure of the tetratricopeptide repeat domain protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ma5
タイトルCrystal structure of the tetratricopeptide repeat domain protein Q2S6C5_SALRD from Salinibacter ruber. Northeast Structural Genomics Consortium Target SrR115c.
要素Tetratricopeptide repeat domain protein
キーワードstructural genomics / unknown function / Tetratricopeptide repeat domain protein / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetratricopeptide repeat domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salinibacter ruber (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the tetratricopeptide repeat domain protein Q2S6C5_SALRD from Salinibacter ruber.
著者: Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetratricopeptide repeat domain protein
B: Tetratricopeptide repeat domain protein
C: Tetratricopeptide repeat domain protein
D: Tetratricopeptide repeat domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4744
ポリマ－46,4744
非ポリマー00
水1448
1
A: Tetratricopeptide repeat domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6191
ポリマ－11,6191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tetratricopeptide repeat domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6191
ポリマ－11,6191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tetratricopeptide repeat domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6191
ポリマ－11,6191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tetratricopeptide repeat domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6191
ポリマ－11,6191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.360, 84.360, 227.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細Dimer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質
Tetratricopeptide repeat domain protein


分子量: 11618.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salinibacter ruber (バクテリア) / 株: HAMAP DSM 13855 / 遺伝子: SRU_0103 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q2S6C5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 7
詳細: 45-60% PEG 400, 0.03-0.05M potassium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 7.0, microbatch under Paraffin oil, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 22394 / Num. obs: 22372 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 59.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.941 / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / Num. unique all: 2244 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2KCL

2kcl


解像度: 2.8→44.885 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.25 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: There are four molecules (two dimers) in AU. The fourth molecule (D) has very bad defined electron density and was not found by MR. Based on the partial electron density and dimer structure C- ...詳細: There are four molecules (two dimers) in AU. The fourth molecule (D) has very bad defined electron density and was not found by MR. Based on the partial electron density and dimer structure C-terminal part (78-145) of molecule D was built; however B-factor for D molecule is higher than for A-C molecules.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 1089 4.89 %RANDOM
Rwork0.2391 ---
obs0.2408 22291 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.224 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2704 0 0 8 2712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4883720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.6081009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007500
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7992-2.92650.34321750.34222629X-RAY DIFFRACTION100
2.9265-3.08080.40291270.30872621X-RAY DIFFRACTION100
3.0808-3.27380.30771220.28492687X-RAY DIFFRACTION100
3.2738-3.52640.27611550.252638X-RAY DIFFRACTION100
3.5264-3.88110.3921270.24492647X-RAY DIFFRACTION100
3.8811-4.44230.23721520.21162652X-RAY DIFFRACTION100
4.4423-5.59520.23581290.22242665X-RAY DIFFRACTION100
5.5952-44.89040.24571020.22712663X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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