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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ma0 | |||||||||
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タイトル | Closed liganded crystal structure of xylose binding protein from Escherichia coli | |||||||||
![]() | D-xylose-binding periplasmic protein | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / xylose binding protein / xylose / conformational changes | |||||||||
機能・相同性 | ![]() D-xylose transmembrane transport / D-xylose metabolic process / monosaccharide binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sooriyaarachchi, S. / Ubhayasekera, W. / Mowbray, S.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational changes and ligand recognition of Escherichia coli D-xylose binding protein revealed 著者: Sooriyaarachchi, S. / Ubhayasekera, W. / Park, C. / Mowbray, S.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 153.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34134.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.42 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 141545 / Rmerge(I) obs: 0.099 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2IOY 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.306 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.429 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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