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- PDB-3m99: Structure of the Ubp8-Sgf11-Sgf73-Sus1 SAGA DUB module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m99
タイトルStructure of the Ubp8-Sgf11-Sgf73-Sus1 SAGA DUB module
要素
  • (SAGA-associated factor ...) x 2
  • Protein SUS1
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
キーワードTRANSCRIPTION / Zinc Finger / Activator / Chromatin regulator / Metal-binding / Nucleus / Transcription regulation / Zinc-finger / mRNA transport / ubiquitination / deubiquitination / Nuclear pore complex / Protein modification
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / transcription export complex 2 / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / transcription export complex 2 / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / protein deubiquitination / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Ub-specific processing proteases / nuclear pore / mRNA export from nucleus / RNA splicing / transcription elongation by RNA polymerase II / enzyme activator activity / P-body / protein transport / regulation of protein localization / chromatin organization / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Yeast SAGA-associated factor 11, N-terminal domain / SAGA-associated factor 11 N-terminal domain / ENY2/SUS1 / SAGA complex, Sgf11 subunit / SAGA-associated factor 73, zinc finger domain / Sgf11 (transcriptional regulation protein) / Zinc finger domain / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 ...Yeast SAGA-associated factor 11, N-terminal domain / SAGA-associated factor 11 N-terminal domain / ENY2/SUS1 / SAGA complex, Sgf11 subunit / SAGA-associated factor 73, zinc finger domain / Sgf11 (transcriptional regulation protein) / Zinc finger domain / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / Helix Hairpins - #210 / : / Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Classic Zinc Finger / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Cysteine proteinases / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Cathepsin B; Chain A / Herpes Virus-1 / Double Stranded RNA Binding Domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Helix Hairpins / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / SAGA complex subunit SGF73 / SAGA complex subunit SGF11 / SAGA complex subunit SUS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kohler, A. / Zimmerman, E. / Schneider, M. / Hurt, E. / Zheng, N.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Structural basis for assembly and activation of the heterotetrameric SAGA histone H2B deubiquitinase module.
著者: Kohler, A. / Zimmerman, E. / Schneider, M. / Hurt, E. / Zheng, N.
履歴
登録2010年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
B: SAGA-associated factor 11
C: Protein SUS1
D: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,08011
ポリマ－87,6224
非ポリマー4587
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16840 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area31770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.424, 103.519, 70.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific-processing protease 8 / Deubiquitinating enzyme 8


分子量: 53692.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UBP8, YM9959.05, YMR223W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50102, EC: 3.1.2.15
#3: タンパク質 Protein SUS1


分子量: 11094.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SUS1, YBR111W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WNK7

-
SAGA-associated factor ... , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質 SAGA-associated factor 11 / 11 kDa SAGA-associated factor


分子量: 11297.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SGF11, YPL047W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03067
#4: タンパク質 SAGA-associated factor 73 / 73 kDa SAGA-associated factor / SAGA histone acetyltransferase complex 73 kDa subunit


分子量: 11538.081 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES: 1-104 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SGF73, SGF73 (AA 1-104), YGL066W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53165

-
非ポリマー , 2種, 48分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.2M ammonium citrate, 18% PEG 3,350, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月6日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 22908 / Num. obs: 22908 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1569 / Rsym value: 0.304 / % possible all: 64.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB entry 2HD5

2hd5


解像度: 2.7→48.116 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.49 / σ(F): 0.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 2073 4.92 %
Rwork0.234 --
obs0.237 22908 88.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.968 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 196.44 Å2 / Biso mean: 75.484 Å2 / Biso min: 29.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-27.635 Å20 Å2-13.829 Å2
2---6.489 Å20 Å2
3----21.146 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5509 0 7 41 5557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0647561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074845
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003969
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2792072
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.7630.358610.3331476153749
2.763-2.8320.428920.3061913200562
2.832-2.9080.3621160.3232146226272
2.908-2.9940.4011240.3162416254081
2.994-3.0910.371540.3012641279588
3.091-3.2010.3351450.2762822296793
3.201-3.3290.3571390.2762876301596
3.329-3.4810.3471690.2782902307197
3.481-3.6640.3061300.2452943307398
3.664-3.8940.3511430.2333011315499
3.894-4.1940.2661800.2152957313799
4.194-4.6160.2611710.1812968313999
4.616-5.2830.2761680.1822982315099
5.283-6.6530.2991270.21330183145100
6.653-48.1240.2191540.1852989314399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65560.1427-0.20791.4371-0.81942.42920.0391-0.13790.07930.2441-0.1087-0.1729-0.21860.159800.39090.041-0.0150.4346-0.02390.511519.9648-17.37351.6486
21.34440.72910.43020.26730.42890.4196-0.22040.5394-0.6063-0.68620.31410.47070.1748-0.055600.9290.05750.05130.5785-0.03190.669617.5987-21.384422.4964
30.47910.0275-0.18480.5066-0.14320.43510.01340.4486-0.0981-0.4618-0.00440.32150.1538-0.3206-00.6681-0.0215-0.1050.730.05370.6546-3.7435-25.314524.69
4-0.7894-0.09590.9642-0.52410.2565-0.04520.00250.18030.0169-0.60910.11260.4660.1522-0.4719-00.6353-0.0301-0.16240.72370.06770.6707-6.2655-20.757720.1249
51.40920.95070.55221.1860.48160.7922-0.04910.04280.2392-0.186-0.06320.2757-0.3583-0.349-00.52470.1031-0.03790.52220.01450.49731.3606-8.560734.2219
6-0.05020.0339-0.0962-0.0221-0.01510.0168-0.1089-0.5435-0.0455-0.44120.38420.769-0.4112-0.196300.31670.1640.12850.82840.0830.6832-10.3328-26.755966.6069
70.5038-0.23980.5597-0.0617-0.25930.9033-0.32550.87690.46960.10820.41070.0695-0.2342-0.006600.72150.1271-0.02930.4883-0.04810.580712.792-9.514358.3635
80.2489-0.03710.05260.0807-0.05640.01140.3434-0.0880.1984-0.8969-0.15660.6693-0.548-0.140701.0687-0.031-0.13260.6057-0.0360.79311.99269.542340.6752
90.12070.0745-0.070.0813-0.12870.1467-0.29551.14490.35240.42490.0710.4907-0.460.667301.207-0.1813-0.15540.7052-0.03770.948528.7036.868822.506
100.07080.1007-0.07810.1753-0.06220.341-0.5020.53790.05270.02280.6939-0.0390.4610.3534-00.82180.07430.13350.57980.00080.633525.64415.505817.062
11-0.0252-0.0664-0.01570.00980.0015-0.0121-0.10490.33180.336-0.29320.2226-0.7455-0.12360.1848-01.0875-0.1225-0.0351.0617-0.18940.637528.88180.00549.736
12-0.0119-0.0157-0.02870.00710.01310.00170.4757-0.60640.4276-0.3950.16280.11340.6093-0.525600.5855-0.06740.11611.26010.08510.9208-4.9355-36.693770.3356
130.0723-0.05480.02340.0661-0.00760.00520.25860.1242-0.4887-0.0380.0136-0.4683-0.078-0.7056-00.5725-0.02450.1050.7889-0.0340.5995-3.9844-34.768157.0238
140.1689-0.0748-0.10280.117-0.02030.107-0.29650.57080.3005-0.554-0.12110.7726-0.1164-1.0956-00.34540.1276-0.08180.70520.01010.6507-4.6621-17.204651.5682
150.13610.00830.03690.13220.0089-0.00170.3110.18760.66230.10880.23530.2034-0.47270.9448-00.91790.10870.03690.6377-0.12720.6716.16-5.865763.4812
16-0.0831-0.01820.2990.075-0.02810.01570.122-0.91140.61950.6946-0.32231.5436-0.571-0.8300.40710.14940.17350.9876-0.03570.7999-10.8103-18.626759.8406
170.0131-0.00640.01580.0394-0.0301-0.0073-0.45750.268-0.38050.11240.00640.2508-0.0926-0.0701-01.541-0.1878-0.0711.15320.06411.0723-16.4049-38.236263.9515
180.0520.09710.1556-0.0155-0.08680.14420.2799-0.0758-0.4451-0.50110.24730.60660.45110.0091-01.1797-0.15190.17271.30930.14881.2586-8.9574-44.114967.6492
19-0.0387-0.24940.22790.5426-0.22751.0121-0.06350.0276-0.0461-0.03740.0299-0.1593-0.08150.042900.56020.03750.00390.4520.00350.530718.5294-25.092746.3008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:225)A2 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 226:272)A226 - 272
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 273:322)A273 - 322
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 323:372)A323 - 372
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 373:471)A373 - 471
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 7:19)B7 - 19
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 20:46)B20 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 47:65)B47 - 65
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 66:76)B66 - 76
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 77:90)B77 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 91:95)B91 - 95
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 6:14)C6 - 14
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 15:27)C15 - 27
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 28:41)C28 - 41
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 42:64)C42 - 64
16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 65:86)C65 - 86
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 87:96)C87 - 96
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 7:30)D7 - 30
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 31:98)D31 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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