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- PDB-3m8v: Crystal structure of the BTB domain from Kaiso/ZBTB33, form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m8v
タイトルCrystal structure of the BTB domain from Kaiso/ZBTB33, form II
要素Transcriptional regulator Kaiso
キーワードTRANSCRIPTION / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation / Wnt signaling pathway / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl-CpG binding / regulation of immune system process / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...methyl-CpG binding / regulation of immune system process / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...: / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator Kaiso
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nielsen, T.K. / Stogios, P.J. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of the BTB domain from Kaiso/ZBTB33, form II
著者: Stogios, P.J. / Nielsen, T.K. / Chen, L. / Prive, G.G.
履歴
登録2010年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator Kaiso


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8531
ポリマ－13,8531
非ポリマー00
水36020
1
A: Transcriptional regulator Kaiso

A: Transcriptional regulator Kaiso


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7062
ポリマ－27,7062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.797, 114.797, 62.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator Kaiso / Zinc finger and BTB domain-containing protein 33


分子量: 13852.873 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB domain from Kaiso/ZBTB33, UNP residues 1-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAISO, ZBTB33, ZNF348 / プラスミド: pET-32(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q86T24
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 %
結晶化温度: 295 K / pH: 4.3
詳細: 0.9 M ammonium citrate, 0.1 M sodium acetate pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月12日 / 詳細: OSMIC MULTI-LAYER OPTICS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 7037 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 35.01
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.86 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.3_473精密化
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M4T

3m4t


解像度: 2.7→28.699 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 331 4.74 %
Rwork0.2005 --
obs0.2025 6986 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.416 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3896 Å20 Å20 Å2
2---0.3896 Å2-0 Å2
3---0.7792 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.699 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数905 0 0 20 925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2071235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.881336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003155
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8652-0.2674-0.70720.48860.13220.99290.46250.50470.24050.09320.00920.2423-0.3854-0.4845-0.00640.27390.06330.03890.3523-0.13540.2161-27.4846-35.81611.1572
22.6498-0.7257-1.06141.83570.59830.83680.05920.17390.1225-0.05370.188-0.32820.0498-0.04470.00340.19130.00430.15920.2850.00150.2491-10.8316-38.8186-12.0456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1resid 4:32
2X-RAY DIFFRACTION2resid 33:117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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