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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m7t | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Alpha-Lytic Protease SB2+3 E8A/R105S Mutant | ||||||
![]() | Alpha-lytic protease | ||||||
![]() | HYDROLASE / Disulfide bond / Protease / Serine protease / Zymogen | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-lytic endopeptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Agard, D.A. / Erciyas Bailey, F.P. / Waddling, C.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Quantifying protein unfolding cooperativity with acid sensitive probes: Interdomain salt bridge contributions to unfolding cooperativity are combined efficiently in alpha-Lytic Protease 著者: Erciyas Bailey, F.P. / Waddling, C.A. / Agard, D.A. #1: ![]() タイトル: The 0.83 A resolution crystal structure of alpha-lytic protease reveals the detailed structure of the active site and identifies a source of conformational strain. 著者: Fuhrmann, C.N. / Kelch, B.A. / Ota, N. / Agard, D.A. #2: ![]() タイトル: Conformational substates in enzyme mechanism: the 120 K structure of alpha-lytic protease at 1.5 A resolution. 著者: Rader, S.D. / Agard, D.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19746.979 Da / 分子数: 1 / 断片: MATURE PROTEASE DOMAIN (RESIDUES 1-198) / 変異: E8A, R105S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: alpha-LP, Lysobacter / プラスミド: PALP12 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.3 M lithium sulfate, 20 mM Tris sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日 / 詳細: Double Crystal Si(111) |
放射 | モノクロメーター: KOHZU: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11588 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→57.171 Å / Num. all: 29718 / Num. obs: 29042 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 36.575 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 4.676 / Num. unique all: 1461 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 1SSX 解像度: 1.55→33.008 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F 詳細: protein atoms refined anisotropically, water atoms refined isotropically
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.419 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→33.008 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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