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- PDB-3m7m: Crystal structure of monomeric hsp33 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m7m
タイトルCrystal structure of monomeric hsp33
要素33 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / alpha/beta structure / Disulfide bond (ジスルフィド) / Redox-active center / Stress response (闘争・逃走反応)
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of unfolded protein / protein folding chaperone / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / response to oxidative stress / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
helix hairpin bin / Heat shock protein Hsp33, helix hairpin bin domain superfamily / Hsp33 domain / Hsp33 domain / Heat shock protein Hsp33 / Heat shock protein Hsp33, N-terminal / Heat shock protein Hsp33, C-terminal / Hsp33 protein / 3-Layer(bab) Sandwich / Helix Hairpins ...helix hairpin bin / Heat shock protein Hsp33, helix hairpin bin domain superfamily / Hsp33 domain / Hsp33 domain / Heat shock protein Hsp33 / Heat shock protein Hsp33, N-terminal / Heat shock protein Hsp33, C-terminal / Hsp33 protein / 3-Layer(bab) Sandwich / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chi, S.W. / Jeong, D.G. / Woo, J.R. / Park, B.C. / Ryu, S.E. / Kim, S.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of monomeric hsp33
著者: Chi, S.-W. / Jeong, D.G. / Ryu, S.E. / Kim, S.J. / Woo, J.R. / Park, B.C.
履歴
登録2010年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 33 kDa chaperonin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1961
ポリマ－26,1961
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.981, 65.981, 145.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 33 kDa chaperonin / Heat shock protein 33 / HSP33


分子量: 26196.412 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-233 / 変異: C141D, Q151E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A6Y5
配列の詳細AUTHOR STATED THAT THE N-TERMINAL MET AND ILE WERE THE REAL SEQUENCE IN E.COLI HSP33.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: ammonium sulfate, lithium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 7120 / Num. obs: 6752 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 11.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1i7F

1i7f


解像度: 2.9→30.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 21.248 / SU ML: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28059 326 4.6 %RANDOM
Rwork0.2242 ---
obs0.22673 6752 92.35 %-
all-7120 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.28 Å20 Å20 Å2
2--5.28 Å20 Å2
3----10.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 0 0 1810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.85
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.782
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.34
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.208
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.541
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.435
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.554 17
Rwork0.364 399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 60.2462 Å / Origin y: 25.2366 Å / Origin z: 16.8831 Å
111213212223313233
T0.0483 Å20.0192 Å20.0137 Å2-0.1519 Å20.0212 Å2--0.3048 Å2
L1.3746 °20.5751 °20.6423 °2-1.6881 °2-0.4282 °2--5.5576 °2
S0.0119 Å °0.1848 Å °-0.0342 Å °-0.0589 Å °0.0719 Å °-0.0934 Å °0.0526 Å °0.2267 Å °-0.0839 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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