[日本語] English
万見
- PDB-3m7k: Crystal structure of PacI-DNA Enzyme product complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m7k
タイトルCrystal structure of PacI-DNA Enzyme product complex
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
  • restriction endonuclease PacI
キーワードHYDROLASE/DNA / HNH restriction endonuclease / beta-beta-alpha-metal active site / 8 base-pair rare cutter / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Herpes Virus-1 - #220 / Herpes Virus-1 / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / : / DNA / Restriction endonuclease PacI
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas alcaligenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Unusual target site disruption by the rare-cutting HNH restriction endonuclease PacI.
著者: Shen, B.W. / Heiter, D.F. / Chan, S.H. / Wang, H. / Xu, S.Y. / Morgan, R.D. / Wilson, G.G. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2010年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: restriction endonuclease PacI
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,06719
ポリマ－21,2553
非ポリマー81116
水2,054114
1
A: restriction endonuclease PacI
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子

A: restriction endonuclease PacI
B: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,13438
ポリマ－42,5116
非ポリマー1,62332
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area14080 Å2
ΔGint-325 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.089, 114.927, 114.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-48-

HOH

詳細The second part of the dimeric assembly is generated by the two fold operator -x+1, y, -z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 restriction endonuclease PacI


分子量: 15784.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas alcaligenes (バクテリア)
株: NEB 585 / 遺伝子: pacIR / プラスミド: pVS1 / 発現宿主: Pseudomonas alcaligenes (バクテリア) / 株 (発現宿主): NEB 585 / 参照: UniProt: D5MNX7*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量: 3084.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: top strand product of PacI
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*GP*CP*CP*TP*C)-3')


分子量: 2386.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: bottom strand of PacI product

-
非ポリマー , 7種, 130分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22% PEG3K, 2.5% ethylene glycol, 10 mM MgSO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日 / 詳細: Double-crystal, Si(111)
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.9 % / Av σ(I) over netI: 36.31 / 数: 151016 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.6 / D res high: 1.91 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 19094 / % possible obs: 98.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.115094.110.0484.9047.3
3.274.1199.110.0441.6717.9
2.853.2799.810.0461.4698
2.592.8510010.0541.4328.1
2.412.5910010.0661.2478.2
2.262.4110010.081.0868.3
2.152.2610010.1091.0888.2
2.062.1599.410.1331.1198.2
1.982.069910.1831.0937.8
1.911.9893.810.2261.0856.9
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 19148 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.309 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Num. unique all: 1761 / Χ2: 1.046 / % possible all: 92.4

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換
Phasing dmFOM : 0.81 / FOM acentric: 0.8 / FOM centric: 0.82 / 反射: 4866 / Reflection acentric: 4077 / Reflection centric: 789
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.6-19.6030.910.920.9123414292
5.4-8.60.890.90.88688533155
4.3-5.40.870.880.81837692145
3.8-4.30.850.860.8830711119
3.2-3.80.780.770.8114431257186
3-3.20.650.650.6483474292
Phasing MIR der
IDDer set-ID
11
21
31
Phasing MIR der site
IDDer-IDBiso (Å)Atom type symbolFract xFract yFract zOccupancy
1148.689Pt0.33620.39020.06560.5189
1260Pt0.04810.33210.13390.6061
1353.9088Pt0.88630.33310.15110.2962
2160Pt0.34850.38510.060.3802
221Pt0.66480.33420.14920.1256
231Pt0.81790.33020.15890.0211
3135.2596Pt0.35870.39270.05370.3106
4136.1292Hg0.86680.15110.00950.3521
515W0.95120.16320.00750.0895

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.92→20.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.201 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.867 / SU B: 7 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.249 / SU Rfree: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 976 5.2 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.173 18941 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.19 Å2 / Biso mean: 45.109 Å2 / Biso min: 18.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å2-0 Å20 Å2
2--3.55 Å2-0 Å2
3----4.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→20.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1102 367 27 114 1610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3052.2222259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1995159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.723.33360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26415195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.405159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.31.5730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.36521167
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7673878
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1724.51084
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.54431608
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.969 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 70 -
Rwork0.217 1251 -
all-1321 -
obs--95.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0839-0.0766-0.07120.5359-0.10271.29850.011-0.0338-0.0030.08310.0296-0.01130.01730.0182-0.04060.0231-0.005-0.00560.0260.00160.002519.769132.849744.5516
20.5695-0.0365-0.01250.90790.96911.90790.0251-0.01080.11210.0916-0.02810.025-0.1036-0.03890.0030.0721-0.00790.02110.0101-0.01010.030221.187347.261440.622
30.39750.0476-0.27850.1889-0.17152.00670.0023-0.13120.01730.0151-0.0131-0.0322-0.22190.26220.01080.05870.01230.01250.12250.03360.087824.237149.031645.5685
40.10460.0495-0.18531.15840.04740.94930.04550.0442-0.0656-0.033-0.0780.0359-0.07110.03740.03260.05260.0216-0.03050.1203-0.07610.112521.191632.435741.9831
5356.6372-414.3076-116.4308481.3037135.258438.0111.44891.21760.2026-1.6642-1.4002-0.2358-0.4657-0.3963-0.04870.1829-0.05270.10520.23680.0410.16364.8128.477231.1667
60.830.1752-0.07620.41740.14581.57240.018-0.0714-0.0210.0922-0.0105-0.0359-0.00080.0562-0.00760.0254-0.0025-0.00530.03160.00170.023320.957133.684541.3719
77.117-7.77313.40938.4918-3.72431.63350.32150.0009-0.4596-0.4219-0.05810.50410.17960.0074-0.26340.55430.11230.090.1742-0.07260.132418.609422.697148.7351
800000000000000-00.0383000.038300.0383000
900000000000000-00.0383000.038300.0383000
1000000000000000-00.0383000.038300.0383000
1100000000000000-00.0383000.038300.0383000
1200000000000000-00.0383000.038300.0383000
1300000000000000-00.0383000.038300.0383000
1400000000000000-00.0383000.038300.0383000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4A1 - 153
5X-RAY DIFFRACTION5A1 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6A1 - 248
7X-RAY DIFFRACTION7A1 - 156
8X-RAY DIFFRACTION8A1 - 142
9X-RAY DIFFRACTION9B1 - 10
10X-RAY DIFFRACTION10C11 - 18
11X-RAY DIFFRACTION11A1 - 153
12X-RAY DIFFRACTION12A1 - 154
13X-RAY DIFFRACTION13A1 - 248
14X-RAY DIFFRACTION14A1 - 156

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る