PDB-3m6x: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m6x

タイトル

Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus in space group P21212

要素

rRNA methylase

キーワード

TRANSFERASE / rRNA methyltransferase / 5-methylcytidine / RsmF / AdoMet / multi-specific / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

16S rRNA (cytosine1407-C5)-methyltransferase / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / rRNA base methylation / maturation of LSU-rRNA / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.676 Å

データ登録者

Demirci, H. / Larsen, H.G.L. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus.
著者: Demirci, H. / Larsen, L.H. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G.

履歴

登録	2010年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m6x.cif.gz	202.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m6x.ent.gz	159 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m6uSC 3m6vC 3m6wC 2frx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m6w-d 3m6v-2 6hrr-d 3m6u-1 6b9x-d 1qfo-d 5rw9-d 6mff-d 5flv-4 1vcl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: rRNA methylase

ヘテロ分子

51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: rRNA methylase

ヘテロ分子

A: rRNA methylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.786, 109.093, 50.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-548- HOH

#1: タンパク質	rRNA methylase 分子量: 51110.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RsmF minus 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1387 / プラスミド: pLJ102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CP79 参照: UniProt: Q5SII2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8.5 詳細: 160 mM Magnesium chloride hexahydrate, 80 mM TRIS-HCl (pH 8.5) and 24 % w/v PEG4000, microbatch under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月24日 / 詳細: Slits: Variable vertical and horizontal slits

放射

モノクロメーター: System consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror. Distance from monochromator to sample is variable between 2.5 ...
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.4 % / Av σ(I) over netI: 14.24 / 数: 706932 / R_merge(I) obs: 0.15 / Χ²: 1.01 / D res high: 1.68 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 110000 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.62	30	99.9	1	0.099	1.619	7.3
2.87	3.62	100	1	0.124	1.393	7.5
2.51	2.87	100	1	0.162	1.074	7.6
2.28	2.51	100	1	0.192	1.086	7.3
2.12	2.28	100	1	0.232	1.094	6.8
1.99	2.12	100	1	0.24	0.814	6.6
1.89	1.99	99.9	1	0.319	0.823	6.3
1.81	1.89	99.6	1	0.386	0.586	5.9
1.74	1.81	99	1	0.435	0.531	5.1
1.68	1.74	97.8	1	0.487	0.483	3.9

反射

解像度: 1.68→30 Å / Num. obs: 110000 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Χ²: 1.012 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.68-1.74	3.9	0.487	10843	0.483	97.8
1.74-1.81	5.1	0.435	10937	0.531	99
1.81-1.89	5.9	0.386	10948	0.586	99.6
1.89-1.99	6.3	0.319	11042	0.823	99.9
1.99-2.12	6.6	0.24	11076	0.814	100
2.12-2.28	6.8	0.232	10988	1.094	100
2.28-2.51	7.3	0.192	11041	1.086	100
2.51-2.87	7.6	0.162	11038	1.074	100
2.87-3.62	7.5	0.124	11034	1.393	100
3.62-30	7.3	0.099	11053	1.619	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M6U

3m6u

解像度: 1.676→29.569 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.895 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.76 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ANOMALOUS SCATTERER GROUPS DETAILS. NUMBER OF ANOMALOUS SCATTERER GROUPS : 1 ANOMALOUS SCATTERER GROUP : 1 SELECTION: name SE fp : -8.0000 fdp : 5.6051

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	5569	5.09 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.174	109375	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.533 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.12 Å² / B_iso mean: 19.774 Å² / B_iso min: 5.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.319 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.326 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.993 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.676→29.569 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3557	0	1	665	4223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3684
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.936	5011
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	665
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.41	1379

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.676-1.695	0.266	160	0.217	3084	3244	87
1.695-1.715	0.238	187	0.205	3410	3597	99
1.715-1.736	0.205	170	0.195	3445	3615	98
1.736-1.758	0.237	181	0.185	3457	3638	98
1.758-1.781	0.206	205	0.182	3420	3625	99
1.781-1.805	0.242	194	0.176	3491	3685	99
1.805-1.831	0.211	161	0.174	3523	3684	99
1.831-1.859	0.215	158	0.169	3451	3609	100
1.859-1.888	0.195	176	0.181	3522	3698	99
1.888-1.918	0.225	172	0.179	3429	3601	99
1.918-1.952	0.195	224	0.178	3483	3707	99
1.952-1.987	0.206	167	0.166	3434	3601	99
1.987-2.025	0.188	211	0.162	3505	3716	100
2.025-2.067	0.203	196	0.159	3435	3631	100
2.067-2.112	0.19	165	0.151	3540	3705	100
2.112-2.161	0.172	181	0.157	3469	3650	100
2.161-2.215	0.198	209	0.162	3471	3680	98
2.215-2.274	0.2	178	0.175	3438	3616	99
2.274-2.341	0.215	184	0.168	3402	3586	97
2.341-2.417	0.197	207	0.168	3497	3704	100
2.417-2.503	0.177	209	0.168	3439	3648	100
2.503-2.603	0.19	181	0.176	3477	3658	99
2.603-2.722	0.172	158	0.17	3525	3683	100
2.722-2.865	0.223	168	0.172	3525	3693	100
2.865-3.045	0.173	187	0.174	3487	3674	100
3.045-3.279	0.196	206	0.171	3476	3682	100
3.279-3.609	0.155	170	0.158	3525	3695	100
3.609-4.13	0.163	225	0.144	3450	3675	100
4.13-5.199	0.16	192	0.142	3514	3706	100
5.199-29.574	0.163	187	0.178	3482	3669	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0294	0.1557	0.0291	0.7733	0.1408	0.1206	0.0013	-0.0169	0.0001	-0.0016	-0.0034	-0.1524	-0.0023	0.0414	-0.0027	-0.0074	-0.0022	0.0019	0.017	-0.0124	0.0582	-9.8797	-11.543	26.615
2	0.2036	-0.1179	0.0216	0.2129	0.1012	0.1207	-0.029	0.0094	0.0012	0.0039	0.003	0.0459	-0.0069	0.0151	0.0238	-0.0023	0.0097	0.014	-0.0253	-0.0195	0.0024	-23.237	-19.3462	15.0158
3	0.2036	0.003	0.1856	0.125	0.1366	0.4428	-0.027	0.0148	0.0248	-0.0012	-0.0247	0.0045	-0.0475	-0.0067	0.0459	0.0652	0.0067	-0.0012	0.0569	-0.0083	0.0834	-25.1742	-4.7926	23.9417
4	0.3377	-0.6469	0.1178	1.5194	0.2061	0.7054	0.1071	0.1425	-0.2155	-0.0196	-0.1639	0.2551	-0.0075	-0.0133	0.0589	0.0203	0.0027	-0.04	0.0725	-0.0685	0.116	-37.4267	-31.7759	-6.5885
5	0.6044	-0.1718	0.0778	0.3173	0.1572	0.131	0.0228	0.1175	-0.1091	-0.0085	-0.0249	0.034	-0.0036	0.0219	-0.0029	0.0076	0.0098	0.0044	0.0194	-0.0337	0.0187	-22.812	-32.8739	-0.9003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq 1:47	A	1 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resseq 48:179	A	48 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resseq 180:313	A	180 - 313
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resseq 314:343	A	314 - 343
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resseq 344:461	A	344 - 461

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