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- PDB-3m4a: Crystal structure of a bacterial topoisomerase IB in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m4a
タイトルCrystal structure of a bacterial topoisomerase IB in complex with DNA reveals a secondary DNA binding site
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
  • Putative Type I topoisomerase
キーワードIsomerase/DNA / type IB / topIB / protein-DNA complex / Isomerase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #120 / : / Bacterial DNA topoisomerase IB, N-terminal domain / Viral Topoisomerase I / DNA topoisomerase I domain / DNA topoisomerase I, N-terminal / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase (Topo) IB-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase I ...Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #120 / : / Bacterial DNA topoisomerase IB, N-terminal domain / Viral Topoisomerase I / DNA topoisomerase I domain / DNA topoisomerase I, N-terminal / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase (Topo) IB-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type / Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Patel, A. / Yakovleva, L. / Shuman, S. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a bacterial topoisomerase IB in complex with DNA reveals a secondary DNA binding site.
著者: Patel, A. / Yakovleva, L. / Shuman, S. / Mondragon, A.
履歴
登録2010年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Type I topoisomerase
D: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5486
ポリマ－46,4033
非ポリマー1443
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.670, 53.440, 77.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative Type I topoisomerase


分子量: 39077.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: DR_0690 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RWH8

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3736.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*TP*C)-3')


分子量: 3589.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 284分子

#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% PEG 400 (w/v), 0.1 M sodium acetate (pH 4.5), 0.2 M calcium chloride. 1:1 molar ratio of protein and DNA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロン21
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2006年1月1日Franks mirrors
MAR CCD 165 mm2CCD2006年3月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Franks mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
211
反射解像度: 1.65→76 Å / Num. all: 58613 / Num. obs: 56385 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2F4Q

2f4q


解像度: 1.65→19.824 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 1.617 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22169 2820 5 %RANDOM
Rwork0.19344 ---
all0.19487 58613 --
obs0.19487 53565 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.658 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20.01 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2420 486 9 281 3196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223107
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.292.1684311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94734967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8185325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36821.885122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09415457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1331533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.22116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.21462
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2420.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.52037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1541.5631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01722514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74331958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4794.51784
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 209 -
Rwork0.22 3633 -
obs-3842 89.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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