PDB-3hn7: Crystal structure of a murein peptide ligase mpl (psyc_0032) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hn7

タイトル

Crystal structure of a murein peptide ligase mpl (psyc_0032) from psychrobacter arcticus 273-4 at 1.65 A resolution

要素

UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase

キーワード

LIGASE / Atp-binding / nucleotide-binding / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramate-L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptanedioate ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptanedioate ligase activity / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Psychrobacter arcticus 273-4 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structure and function of the first full-length murein Peptide ligase (mpl) cell wall recycling protein.
著者: Das, D. / Herve, M. / Feuerhelm, J. / Farr, C.L. / Chiu, H.J. / Elsliger, M.A. / Knuth, M.W. / Klock, H.E. / Miller, M.D. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Deacon, A.M. / Mengin-Lecreulx, D. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2009年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hn7.cif.gz	124.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hn7.ent.gz	93.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hn7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hn7_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hn7_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	3hn7_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	3hn7_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zgx-5 7b38-d 6ez2-1 6vlt-7 3zlu-2 4zgx-4 4zgx-2 6a18-d 2y2u-2 4rm3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391146

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase

58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.452, 52.755, 89.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.470, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION.

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / Putative UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate ligase 分子量: 58005.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Psychrobacter arcticus 273-4 (バクテリア) 遺伝子: mpl, Psyc_0032, YP_263340.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q4FVQ2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2000M NaOAc, 30.0000% PEG-4000, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97932,0.97920

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月18日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97932	1
3	0.9792	1

反射

解像度: 1.65→29.025 Å / Num. obs: 59026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 17.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 7.479

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.65-1.69	3.3	0.512	1.5	14302	4316	0.512	100
1.69-1.74	3.3	0.411	1.8	14079	4231	0.411	100
1.74-1.79	3.3	0.35	2.2	13750	4129	0.35	100
1.79-1.84	3.3	0.297	2.5	13361	4006	0.297	100
1.84-1.91	3.3	0.233	3.2	12921	3873	0.233	100
1.91-1.97	3.3	0.19	3.9	12532	3750	0.19	100
1.97-2.05	3.3	0.152	4.9	12105	3626	0.152	100
2.05-2.13	3.3	0.151	4.7	11602	3499	0.151	100
2.13-2.22	3.4	0.11	6.6	11140	3313	0.11	100
2.22-2.33	3.3	0.104	3.9	10746	3213	0.104	100
2.33-2.46	3.4	0.089	7.8	10314	3072	0.089	100
2.46-2.61	3.4	0.076	9.2	9697	2885	0.076	100
2.61-2.79	3.4	0.067	10.5	9153	2725	0.067	100
2.79-3.01	3.4	0.057	12.1	8443	2514	0.057	100
3.01-3.3	3.4	0.048	13.8	7911	2355	0.048	100
3.3-3.69	3.4	0.041	15.9	7107	2117	0.041	100
3.69-4.26	3.3	0.04	15.5	6259	1874	0.04	100
4.26-5.22	3.3	0.039	15.5	5305	1593	0.039	99.9
5.22-7.38	3.3	0.045	14.2	4066	1242	0.045	99.8
7.38-29.03	3.1	0.047	12.6	2125	693	0.047	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0053	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.65→29.025 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 3.7 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.087
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.187	2985	5.1 %	RANDOM
R_work	0.154	-	-	-
obs	0.156	59024	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.62 Å² / B_iso mean: 16.063 Å² / B_iso min: 2.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	-0.53 Å²
2-	-	0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3619	0	0	588	4207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.936	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.973	3	6004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.083	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.969	24.615	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.151	15	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.761	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.838	3	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.541	3	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.841	5	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.259	8	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.005	11	1262

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	233	-
R_work	0.244	4074	-
all	-	4307	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6431	0.0701	0.3584	0.0126	-0.0228	1.3809	-0.0532	-0.0968	0.0731	0.0002	-0.0136	-0.0033	-0.1743	-0.0137	0.0668	0.0667	0.0079	-0.0152	0.0165	-0.0095	0.0726	9.6002	57.8262	37.6097
2	0.6355	-0.0017	0.1156	0.3929	-0.0396	0.5463	-0.0129	0.038	0.0016	-0.0206	-0.0099	0.0178	-0.0001	-0.0869	0.0229	0.0158	0.0152	0.0046	0.0398	-0.0063	0.0213	-11.1462	48.621	20.1557
3	0.9994	-0.0702	0.4561	0.9153	-0.0846	1.1943	0.0511	0.072	-0.0555	0.0117	-0.0455	-0.0165	0.094	0.0243	-0.0056	0.0342	0.0148	0.0085	0.0132	0.0021	0.0339	15.7943	37.5135	20.3415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 356
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	357 - 504

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)