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- PDB-3m3p: Crystal structure of glutamine amido transferase from Methylobaci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m3p
タイトルCrystal structure of glutamine amido transferase from Methylobacillus Flagellatus
要素Glutamine amido transferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / NYSGRC / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamine amidotransferase domain containing protein ChyE-like / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamine amidotransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Domagalski, M. / Fedorov, E.V. / Burley, S.K. / Minor, W. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glutamine amido transferase from Methylobacillus Flagellatus
著者: Fedorov, A.A. / Domagalski, M. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Minor, W. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2010年6月16日ID: 3L83
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamine amido transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6271
ポリマ－28,6271
非ポリマー00
水9,116506
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.648, 42.720, 50.448
Angle α, β, γ (deg.)65.85, 77.41, 69.82
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glutamine amido transferase


分子量: 28626.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
株: KT / ATCC 51484 / DSM 6875 / 遺伝子: Mfla_0438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1H479
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 3350, 0.2M sodium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→22.13 Å / Num. all: 37566 / Num. obs: 37566 / % possible obs: 67.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.081

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→22.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.422 / SU ML: 0.028 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15545 1985 5 %RANDOM
Rwork0.12381 ---
all0.12544 37566 --
obs0.12544 37566 67.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0.3 Å20.08 Å2
2--0.21 Å20.17 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→22.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1963 0 0 506 2469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212061
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7611.9292818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00133346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0175260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.20723.63699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28415323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9991513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.51263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3241.5507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52922035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4673798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6094.5778
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 18 -
Rwork0.192 343 -
obs-3432 8.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66111.3175-1.73545.638-1.92035.75190.1531-0.1094-0.08860.327-0.2867-0.467-0.12550.25980.13360.1278-0.0271-0.01160.07870.03780.046637.04312.20211.986
20.32560.0551-0.02910.23120.01880.28860.0096-0.016-0.0196-0.0065-0.00110.00050.00710.0158-0.00850.0067-0.00530.00020.01140.00110.002526.90613.132-7.3
30.01170.0012-0.07640.02670.02280.5411-0.00490.0015-0.00760.0313-0.0227-0.02890.0646-0.0550.02760.0771-0.0184-0.0190.0695-0.00070.051232.84720.38817.333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3A235 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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