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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m3o | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Agrocybe aegerita lectin AAL mutant R85A complexed with p-Nitrophenyl TF disaccharide | |||||||||
![]() | Anti-tumor lectin | |||||||||
![]() | HYDROLASE / galectin / AAL / muitant / Thomsen-Friedenreich antigen / Apoptosis / Lectin / Nuclease / GAL-BETA-1 / 3-GALNAC-ALPHA-O-P-Nitrophenyl | |||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / polysaccharide binding / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Feng, L. / Li, D. / Wang, D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the recognition mechanism between an antitumor galectin AAL and the Thomsen-Friedenreich antigen 著者: Feng, L. / Sun, H. / Zhang, Y. / Li, D.F. / Wang, D.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 835.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 838 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16891.684 Da / 分子数: 1 / 変異: R85A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6WY08, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ |
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#2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen |
#3: 化合物 | ChemComp-NPO / |
#4: 化合物 | ChemComp-BTB / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | IT IS AN ALLELE GENE OF THE GENE IN THE GENBANK DATABASE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.58 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2M LiCl, 5% acetone, pH 5.5, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→36.893 Å / Num. all: 8217 / Num. obs: 8216 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 1183 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ZGL 解像度: 2.1→36.86 Å / FOM work R set: 0.803 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 47.237 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.242 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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