PDB-3m3i: Hypothetical protein from Leishmania major

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m3i

タイトル

Hypothetical protein from Leishmania major

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Pfam:PF06172 / Structural Genomics / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / PSI / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

Cupin domain of unknown function DUF985 / Uncharacterized protein YML079W-like / Cupin superfamily (DUF985) / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Hypothetical protein from Leishmania major
著者: Merritt, E.A. / Carruthers, J. / Arakaki, T. / Holmes, M. / Kalyushniy, O. / Napuli, A. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Zucker, F. / Verlinde, L.M.J. / Hol, W.G.J.

履歴

登録	2010年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3m3i.ent.gz	485.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	3m3i_validation.pdf.gz	507.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m3i_full_validation.pdf.gz	558.7 KB	表示
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CIF形式データ	3m3i_validation.cif.gz	74.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/3m3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/3m3i	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6x7v-2 3lzz-d 3lv6-d 4ruw-d 1nh1-d 6lgt-d 3e1v-d 2zb3-d 3gqv-d 2y05-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lmaj012795AAA

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: Lmaj012795AAA

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

E: Putative uncharacterized protein

F: Putative uncharacterized protein

G: Putative uncharacterized protein

H: Putative uncharacterized protein

203 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein

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2

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4

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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.979, 98.429, 100.758
Angle α, β, γ (deg.)	71.870, 80.190, 89.570
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	15 - 217
2	1	1	4	B	15 - 217
3	1	1	4	C	15 - 217
4	1	1	4	D	15 - 217
5	1	1	4	E	15 - 217
6	1	1	4	F	15 - 217
7	1	1	4	G	15 - 217
8	1	1	4	H	15 - 217

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 25356.342 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LmjF35.1030, LMJ_1035 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4FX13, UniProt: E9AES8*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: protein buffer 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl; crystallization buffer 100 mM Na Acetate, 100 mM KH2PO4, 24% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.07811 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07811 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→46.716 Å / Num. all: 73773 / Num. obs: 73773 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 1.9 % / R_sym value: 0.097

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→46.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / WR_factor R_free: 0.296 / WR_factor R_work: 0.247 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.685 / SU B: 22.302 / SU ML: 0.274 / SU R Cruickshank DPI: 0.333 / SU R_free: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	3678	5 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
obs	0.242	73637	92.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 221.19 Å² / B_iso mean: 74.223 Å² / B_iso min: 29.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0.86 Å²	0.25 Å²
2-	-	-1.2 Å²	-0.41 Å²
3-	-	-	1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11321	0	0	121	11442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	11643
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.223	1.944	15838
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.82	3	18886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.46	5	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.258	23.203	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.036	15	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.963	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	13198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2525

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2255 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: MEDIUM POSITIONAL / Weight position: 0.5

Dom-ID	Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
1	A	0.32
2	B	0.32
3	C	0.27
4	D	0.29
5	E	0.31
6	F	0.32
7	G	0.31
8	H	0.34

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	255	-
R_work	0.329	5011	-
all	-	5266	-
obs	-	-	88.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0284	-0.9543	4.8369	4.3211	0.2564	4.7613	-0.3317	0.3585	0.4167	-0.8523	0.175	0.184	-0.4162	0.2629	0.1567	0.3514	0.0029	0.0789	0.0788	0.0213	0.3906	-0.7392	65.4011	-1.349
2	2.5967	1.4259	4.1799	4.2151	8.7721	18.9709	0.0263	-0.3406	0.28	0.177	-0.6466	0.2431	0.4202	-1.3551	0.6203	0.2382	0.1395	0.0633	0.2229	-0.022	0.3699	-6.6757	58.5962	5.7555
3	0.9308	2.6998	-1.8239	9.3578	-2.4916	8.9032	-0.0274	0.1241	0.3312	-0.4745	0.1993	1.2648	-0.511	-0.5907	-0.1718	0.232	0.0967	-0.0259	0.2091	-0.0265	0.4783	-11.5862	40.726	0.9738
4	3.3713	3.2734	-3.4388	7.8425	-3.3782	3.7712	-0.195	-0.0124	-0.2683	0.2067	-0.1306	-0.1913	0.1721	-0.1285	0.3256	0.1624	0.0507	0.0316	0.0999	-0.0096	0.2792	-9.7505	43.0537	5.1805
5	3.4444	1.2166	0.2098	0.82	-1.0666	6.7365	0.0517	-0.2736	0.5171	-0.1958	-0.0742	0.3723	-0.0584	0.0003	0.0225	0.3372	0.0348	-0.0738	0.0801	0.0184	0.4737	-1.9765	55.7126	12.7548
6	0.7051	1.2749	-2.8742	4.6073	-4.3782	13.5358	0.0046	-0.0981	0.1709	-0.2327	-0.0159	0.4149	0.1571	0.3168	0.0113	0.1098	0.0433	0.1058	0.1755	-0.0328	0.3649	6.4966	54.5271	10.213
7	1.1708	-2.6477	-4.1424	9.5822	12.436	17.2965	-0.2732	-0.4855	0.289	-0.3885	0.8842	-0.1805	0.2163	1.4899	-0.6109	0.733	0.2854	-0.1358	0.4351	0.0333	0.6222	4.1886	39.7646	18.4202
8	13.3148	8.8621	-1.7017	6.6492	1.2025	21.1394	0.8721	-2.4117	-1.4139	0.7941	-1.4707	-1.2086	0.1875	2.8181	0.5986	0.2313	-0.0606	-0.1253	0.9189	0.4178	0.5421	4.9297	46.7502	24.2234
9	10.9488	-1.2019	3.2907	1.4451	2.7605	8.4108	-0.134	-0.0819	0.7777	-0.1221	0.1771	-0.2015	-0.3555	0.3872	-0.0431	0.1384	0.0764	0.0449	0.0939	0.0222	0.4066	14.85	53.0944	8.0757
10	2.5598	1.2464	0.3111	6.5591	-2.6217	3.6138	0.1334	-0.1603	0.0438	0.6361	0.121	-0.3455	-0.2335	0.9094	-0.2544	0.1238	0.0657	0.0555	0.5127	-0.1276	0.2726	3.6713	54.1028	14.9129
11	1.0256	-2.695	-2.1586	9.0263	7.1252	5.6324	0.3947	-0.2056	0.0993	-0.3977	-0.1022	-0.446	-0.3466	-0.056	-0.2925	0.423	-0.1886	-0.0106	0.3445	0.0496	0.4708	6.8787	61.1903	5.5178
12	2.3996	0.8509	-0.2395	2.2104	1.4274	1.8453	0.0564	-0.4277	0.3089	0.0917	-0.2457	0.2218	0.0781	0.1931	0.1893	0.0911	0.0607	0.0207	0.211	-0.0208	0.3375	-5.6916	53.2602	21.0417
13	3.7356	-0.0703	1.4297	10.5852	-4.068	14.4808	-0.0225	0.0808	-0.3812	-0.0861	0.137	1.1223	0.2068	-0.7678	-0.1144	0.1242	0.0769	0.0562	0.2115	0.0048	0.4089	0.9362	-4.3597	41.6048
14	10.9354	4.9844	-14.7069	2.3556	-7.5162	41.2698	-0.3015	-0.3338	-0.7863	-0.0917	-0.1612	-0.189	2.1088	0.5253	0.4627	0.4449	0.0424	0.1949	0.0368	0.0126	0.5605	8.3574	-12.1016	45.0614
15	27.4737	-12.7231	7.2748	6.6413	-2.0625	4.2986	-0.0238	-0.7192	-1.9616	-0.0588	0.1994	1.0621	-0.0576	-0.5582	-0.1757	0.3328	-0.0021	0.0674	0.2096	-0.0061	0.558	23.5564	-15.8485	33.5679
16	7.6886	-1.1415	-1.8255	3.0726	-1.9393	2.1334	0.0129	-0.6094	0.3928	-0.3415	0.0955	-0.1494	0.276	0.125	-0.1084	0.246	0.0069	-0.0478	0.0578	0.0177	0.3814	21.3708	-14.3889	40.584
17	5.0092	-1.5811	2.627	4.6723	-1.6853	1.6829	0.0831	-0.5197	-0.4184	0.4925	0.0139	0.3414	0.1	-0.2803	-0.0969	0.4915	-0.0063	0.0905	0.1375	-0.0369	0.3443	14.6443	-10.3877	52.7248
18	5.9004	-2.2176	3.7931	2.0515	-3.4367	6.042	-0.035	-0.3323	0.0045	0.2674	0.1573	0.217	-0.205	-0.2644	-0.1223	0.3784	0.038	0.1058	0.0587	0.0054	0.407	15.3211	-0.9834	51.4457
19	15.4267	9.4439	-17.7673	5.8015	-10.8866	20.4679	0.5178	-1.2781	-0.253	0.3941	-0.8556	-0.2797	-0.6485	1.4995	0.3378	0.6688	-0.2164	-0.2438	0.5256	0.1503	1.0922	32.1517	-6.4865	54.5001
20	13.102	-5.2302	-0.1726	11.2072	-1.9829	8.1199	-0.5426	-1.529	0.8193	1.4263	0.1872	-0.8295	-0.6832	0.2193	0.3554	0.4107	0.0517	-0.1064	0.3587	-0.0325	0.3759	25.2777	-5.4538	61.7943
21	8.1478	3.5366	1.745	3.7308	-2.4257	4.9902	-0.2144	-0.9675	1.2443	0.7862	0.2657	0.7769	-1.313	-1.2018	-0.0512	0.4669	0.2528	0.1491	0.3486	-0.1306	0.5081	15.4812	9.9402	52.7643
22	2.5128	-0.2573	1.2881	0.7998	-1.2691	2.3475	0.1779	-0.3999	0.1087	0.1466	0.0229	0.129	-0.1341	-0.1972	-0.2008	0.3308	0.0412	0.0789	0.1374	0.0148	0.2721	14.4124	-1.1566	51.9072
23	0.0739	-0.3519	-0.3689	2.2205	2.4144	2.6372	-0.0969	-0.0192	-0.1077	0.4522	-0.2598	0.3571	0.485	-0.3369	0.3567	0.358	0.0478	0.0849	0.2551	0.0744	0.4143	18.7891	-18.0416	50.0598
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94	X-RAY DIFFRACTION	94	H	136 - 167
95	X-RAY DIFFRACTION	95	H	168 - 179
96	X-RAY DIFFRACTION	96	H	180 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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