PDB-3m22: Crystal structure of TagRFP fluorescent protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m22

タイトル

Crystal structure of TagRFP fluorescent protein

要素

TagRFP

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Acylimine-containing blue and red chromophores / tagrfp / fluorescent proteins

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Subach, O.M. / Ramagopal, U.A. / Almo, S.C. / Verkhusha, V.V.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of acylimine-containing blue and red chromophores in mTagBFP and TagRFP fluorescent proteins.
著者: Subach, O.M. / Malashkevich, V.N. / Zencheck, W.D. / Morozova, K.S. / Piatkevich, K.D. / Almo, S.C. / Verkhusha, V.V.

履歴

登録	2010年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2016年11月23日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m22.cif.gz	199.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m22.ent.gz	161.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m22.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m22_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m22_full_validation.pdf.gz	488.8 KB	表示
XML形式データ	3m22_validation.xml.gz	52.6 KB	表示
CIF形式データ	3m22_validation.cif.gz	68.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/3m22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/3m22	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m24C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3svu-1 3bxb-8 3h1r-d 3bxa-1 4kpi-d 3u8c-2 3u8c-3 3m24-4 3svr-4 3svs-6 3svs-8 3nt3-1 3svs-4 3svr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TagRFP

B: TagRFP

C: TagRFP

D: TagRFP

107 kDa, 4 ポリマー
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1

A: TagRFP

登録者が定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TagRFP

登録者が定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TagRFP

登録者が定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: TagRFP

登録者が定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
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5

A: TagRFP

B: TagRFP

ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 2 ポリマー
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6

C: TagRFP

D: TagRFP

ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	130.989, 130.989, 105.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-348- HOH
2	1	C-312- HOH

#1: タンパク質	TagRFP 分子量: 26747.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pBAD/HisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 0.1 M TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月17日
放射	プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 50406 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 3.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→34.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 8.371 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.179	2269	5.3 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.161	40866	95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7172	0	0	662	7834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	7363
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.984	9931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.256	5	884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.556	24.337	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.847	15	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.071	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.694	3.5	4404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.321	50	7108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.711	50	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.603	4.5	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.25 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.149	111	-
R_work	0.132	2156	-
obs	-	-	68.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0559	0.0225	-0.0436	0.0188	-0.0082	0.2219	-0.0055	-0.0224	0.0175	-0.0169	0.0045	0.0108	-0.0335	0.0128	0.001	0.0508	-0.0022	0.0035	0.0333	0.002	0.0428	16.2158	14.2328	30.6598
2	0.0595	0.0095	-0.0172	0.1371	0.0106	0.0245	0.012	0.0001	0.0136	0.018	0.0016	0.0085	0.0106	0.0091	-0.0137	0.0505	0.0021	-0.0038	0.0395	-0.0023	0.042	16.1785	-14.5052	22.3063
3	0.014	-0.0435	0.0047	0.1978	-0.0703	0.0668	0.0043	0.0079	0.0051	0.0276	0.0072	-0.0212	-0.0315	-0.0163	-0.0116	0.0524	0.0028	-0.0057	0.0431	-0.0022	0.0399	49.2367	14.2578	48.7984
4	0.1374	-0.0305	-0.0077	0.0472	-0.0623	0.1176	0.0098	-0.0088	0.0035	-0.0203	0.0008	-0.001	0.0385	-0.0209	-0.0106	0.0512	0.0002	-0.0046	0.0341	0.0076	0.0389	49.4084	-14.5118	57.1645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 228
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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