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- PDB-3m20: Crystal structure of DmpI from Archaeoglobus fulgidus determined ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m20
タイトルCrystal structure of DmpI from Archaeoglobus fulgidus determined to 2.37 Angstroms resolution
要素4-oxalocrotonate tautomerase, putative
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / 4-oxalocrotonate tautomerase / Archaeoglobus fulgidus / DmpI / thermophile (好熱菌) / beta-alpha-beta / catalytic proline
機能・相同性
機能・相同性情報


: / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-oxalocrotonate tautomerase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Hackert, M.L. / Whitman, C.P. / Almrud, J.J. / Dasgupta, R. / Kern, A.D.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Kinetic and structural characterization of DmpI from Helicobacter pylori and Archaeoglobus fulgidus, two 4-oxalocrotonate tautomerase family members.
著者: Almrud, J.J. / Dasgupta, R. / Czerwinski, R.M. / Kern, A.D. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
履歴
登録2010年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-oxalocrotonate tautomerase, putative
B: 4-oxalocrotonate tautomerase, putative
C: 4-oxalocrotonate tautomerase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4843
ポリマ－20,4843
非ポリマー00
水36020
1
A: 4-oxalocrotonate tautomerase, putative
B: 4-oxalocrotonate tautomerase, putative
C: 4-oxalocrotonate tautomerase, putative

A: 4-oxalocrotonate tautomerase, putative
B: 4-oxalocrotonate tautomerase, putative
C: 4-oxalocrotonate tautomerase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9676
ポリマ－40,9676
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area13060 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.070, 49.070, 118.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 4-oxalocrotonate tautomerase, putative /


分子量: 6827.901 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_0669, dmpi / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O29588, EC: 5.3.2.2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28 % PEG400, 200mM CaCl2, 0.1M HEPES (pH 7.5), vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→24.53 Å / Num. all: 7771 / Num. obs: 8623 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Limit h max: 18 / Limit h min: 0 / Limit k max: 18 / Limit k min: 0 / Limit l max: 51 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1289650.3 / Observed criterion F min: 7.3 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.29-2.370.4758580.8197.4
2.37-2.480.3188640.74999.1
2.48-2.610.2248490.78198
2.61-2.770.1798620.82998
2.77-2.990.1328670.85598.5
2.99-3.290.088940.96998.6
3.29-3.760.068001.28789.4
3.76-4.730.0439161.4299.5
4.73-300.0329821.41299.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BJP

1bjp


解像度: 2.37→24.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 317 4.7 %random
Rwork0.296 ---
all-7175 --
obs-6674 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 56.0354 Å2 / ksol: 0.332806 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 82.86 Å2 / Biso mean: 46.78 Å2 / Biso min: 20.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.41 Å2-6.48 Å20 Å2
2---11.41 Å20 Å2
3---22.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.51 Å
Luzzati d res high-2.37
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→24.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1267 0 0 20 1287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.37-2.480.443354.40.4047600.07587679590.8
2.48-2.610.455455.70.3887410.06886678690.8
2.61-2.770.476445.40.3377670.07287681192.6
2.77-2.990.3713340.3497850.06587681893.4
2.99-3.290.38323.70.3778230.06790485594.5
3.29-3.760.318435.60.2817240.04889276786
3.76-4.730.313414.60.2798490.04991589097.3
4.73-24.530.209444.60.2299080.03297395297.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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