PDB-3m1x: Crystal structure of a putative endoribonuclease L-PSP from Entam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m1x

タイトル

Crystal structure of a putative endoribonuclease L-PSP from Entamoeba histolytica, rhomobohedral form

要素

putative Endoribonuclease L-PSP

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

deaminase activity / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative endoribonuclease L-PSP from Entamoeba histolytica, rhomobohedral form
著者: Gardberg, A. / Abendroth, J. / Davies, D. / Staker, B.

履歴

登録	2010年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m1x.cif.gz	70.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m1x.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/3m1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xrgS 3m4s S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kft-1 3m4s-1 5yu2-2 5vka-d 1jd1-2 3lme-3 3lme-1 3lme-2 1x25-1 3kft-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EnhiA.00579.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#124 - 2010年4月
コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: putative Endoribonuclease L-PSP

ヘテロ分子

15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative Endoribonuclease L-PSP

ヘテロ分子

A: putative Endoribonuclease L-PSP

ヘテロ分子

A: putative Endoribonuclease L-PSP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.546, 78.546, 89.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-157- HOH
2	1	A-168- HOH
3	1	A-175- HOH
4	1	A-231- HOH
5	1	A-243- HOH
6	1	A-289- HOH
7	1	A-292- HOH

#1: タンパク質	putative Endoribonuclease L-PSP 分子量: 15656.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_087570 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4LXT9
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.25 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: INDEX SCREEN CONDITION D4: 100MM CITRATE, 25% PEG 3350, ENHIA.00579.A AT 25.8 MG/ML, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979464
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979464 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→54.09 Å / Num. all: 32783 / Num. obs: 32477 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / R_sym value: 0.047
反射シェル	解像度: 1.2→1.27 Å / 冗長度: 5 % / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1XRG modified with CCP4 program CHAINSAW

1xrg

解像度: 1.2→54.085 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 0.812 / SU ML: 0.017 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.131	1647	5.1 %	RANDOM
R_work	0.106	-	-	-
all	0.107	32783	-	-
obs	0.107	32453	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→54.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	919	0	14	171	1104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.206	1.997	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.266	3	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.507	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.862	26.111	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.133	15	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.22	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	181
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.162	1.5	652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.965	1.5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.909	2	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.537	3	344
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.511	4.5	305
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.42	3	996
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.24 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	114	-
R_work	0.169	2006	-
obs	-	-	88.74 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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