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- PDB-3m0u: Crystal Structure of the R21D mutant of alpha-spectrin SH3 domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m0u
タイトルCrystal Structure of the R21D mutant of alpha-spectrin SH3 domain. Hexagonal crystal obtained in sodium formate at pH 6.5.
要素Spectrin alpha chain, brain
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3-like barrel / Actin capping / Actin-binding / Calmodulin-binding / Cytoskeleton / Phosphoprotein / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain ...Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 Domains / SH3 domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / EF-Hand 1, calcium-binding site / SH3-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Understanding the polymorphic behaviour of a mutant of the alpha-spectrin SH3 domain by means of two 1.1 A structures
著者: Camara-Artigas, A. / Gavira, J.A. / Casares, S. / Garcia-Ruiz, J.M. / Conejero-Lara, F. / Allen, J.P. / Martinez, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: The effect of a proline residue on the rate of growth and the space group of alpha-spectrin SH3-domain crystals.
著者: Camara-Artigas, A. / Andujar-Sanchez, M. / Ortiz-Salmeron, E. / Cuadri, C. / Casares, S.
履歴
登録2010年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spectrin alpha chain, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2332
ポリマ－7,1871
非ポリマー461
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.929, 42.929, 127.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-63-

FMT

21A-64-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Spectrin alpha chain, brain / Spectrin / non-erythroid alpha chain / Fodrin alpha chain


分子量: 7187.138 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 965 to 1025 / 変異: R21D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SPTAN1, SPTA2 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07751
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法, under oil / pH: 6.5
詳細: 2 M sodium formate, 0.1 M MES pH 6.5, batch, under oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.97752 Å
検出器タイプ: CCD ADSC_Q210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97752 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→37.19 Å / Num. all: 29341 / Num. obs: 27903 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 10.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique all: 2330 / Rsym value: 0.094 / % possible all: 81.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SHG

1shg


解像度: 1.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / WRfactor Rfree: 0.162 / WRfactor Rwork: 0.148 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.929 / SU B: 0.644 / SU ML: 0.014 / SU R Cruickshank DPI: 0.027 / SU Rfree: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 1412 5.1 %RANDOM
Rwork0.157 ---
all0.15776 27739 --
obs0.158 26450 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.45 Å2 / Biso mean: 19.748 Å2 / Biso min: 8.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数473 0 3 42 518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9791.987665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.454559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg47.40326.36422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.3231593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.605151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9781.5297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0512479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.9413194
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.8224.5186
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.543491
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.595342
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.8123482
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 84 -
Rwork0.308 1578 -
all-1662 -
obs--79.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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