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- PDB-3lzv: Structure of Nelfinavir-resistant HIV-1 protease (D30N/N88D) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lzv
タイトルStructure of Nelfinavir-resistant HIV-1 protease (D30N/N88D) in complex with Darunavir.
要素HIV-1 Protease
キーワードHYDROLASE / HIV-1 protease / resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-017 / ACETATE ION / PHOSPHATE ION / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Kolli, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
著者: Bandaranayake, R.M. / Kolli, M. / King, N.M. / Nalivaika, E.A. / Heroux, A. / Kakizawa, J. / Sugiura, W. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2010年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 Protease
B: HIV-1 Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,80311
ポリマ－21,6042
非ポリマー1,2009
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.858, 57.703, 61.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 Protease / Protease


分子量: 10801.762 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, D30N, N88D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tap106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物 ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル


分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H37N3O7S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月21日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→25 Å / Num. obs: 10326 / Observed criterion σ(I): 9.6 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Num. unique all: 997 / Rsym value: 0.537

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a


解像度: 2.15→23.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.802 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 496 4.8 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.184 10293 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.83 Å2 / Biso mean: 35.539 Å2 / Biso min: 20.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å20 Å20 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→23.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1485 0 75 57 1617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7852.0282159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83133524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.2835196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.0424.71753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.99215253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.855158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.21488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2983
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1080.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1730.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0781.51259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2121.5412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29521590
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7813669
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6094.5569
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.202 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 25 -
Rwork0.217 699 -
all-724 -
obs--95.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.98242.31943.74832.11640.90995.6449-0.09920.08850.12-0.14650.0663-0.0409-0.1655-0.07230.03290.0274-0.0385-0.0188-0.00790.0269-0.058720.4588.87592.3267
219.1476-3.6095-0.9511.67883.97814.5009-0.38730.7886-0.9791-0.33550.67520.05820.51650.2723-0.28790.0445-0.03850.0063-0.0613-0.0169-0.026721.2657-3.93772.748
315.50837.93850.460322.6128-3.85080.91390.3958-0.2588-0.34430.5869-0.0821-0.0472-0.3940.2826-0.31370.041-0.00930.043-0.0087-0.0486-0.053719.234812.314414.8058
42.3197-0.80640.1774.9043-0.13290.01460.0206-0.0004-0.0028-0.17750.00860.013-0.26310.1228-0.02920.0426-0.00330.01540.01480.0044-0.038325.98642.227612.8984
510.23780.93610.90823.74756.808312.43190.08260.07830.03750.12440.11670.17890.13150.3334-0.1994-0.0249-0.0026-0.0436-0.09270.06660.014339.671-2.105420.4852
65.89021.4804-0.80460.3721-0.20220.10990.0474-0.040.242-0.03310.0101-0.06270.09010.0298-0.05750.0213-0.0071-0.0038-0.0314-0.01120.02514.3820.981411.3296
77.75172.01580.499614.11622.93815.53390.00230.0802-0.06540.1094-0.020.3880.0372-0.15790.0176-0.1232-0.00550.0110.02520.0468-0.05110.7136-5.713416.8962
817.69862.07865.42461.56684.411912.4357-0.1917-0.32520.3495-0.02720.10130.1472-0.00920.19920.09040.0289-0.00540.0034-0.07570.012-0.043727.9406-0.98427.4481
916.95486.33872.16128.7563-1.84081.3740.39920.01490.1745-0.045-0.04140.2127-0.01860.2437-0.3578-0.00230.0282-0.03910.0256-0.0355-0.075112.8914-11.027418.8053
108.89813.44783.432210.1193-15.262532.66840.4325-0.21240.45430.5013-1.5027-0.5454-0.65020.9721.0703-0.07370.03140.0087-0.00460.044-0.049538.89573.538921.4441
1128.7983-3.543119.723310.6495-7.521134.5353-0.12560.1449-0.7645-0.48540.3746-0.33830.17690.0915-0.249-0.0710.04510.1022-0.0959-0.0404-0.027137.14494.78866.7122
121.0661-0.33671.43147.2922-8.074810.81350.05120.06190.34880.072-0.261-0.14540.36510.79520.2098-0.04430.0104-0.0034-0.01650.03740.023736.43527.337412.8974
1310.2324-5.9734.969112.6158-1.25662.70920.1802-0.3502-0.034-0.99360.07010.44670.0633-0.3306-0.25040.0234-0.0513-0.04710.00890.04980.03781.3535-7.389912.2134
1419.291919.8337-6.534431.3421-2.430911.51730.2392-0.37421.19170.1373-0.52871.1386-0.0370.45140.2895-0.0452-0.0057-0.1158-0.09350.00310.06013.16595.9916.5096
156.7982-2.08847.64129.8805-8.273812.39020.0813-0.02-0.0823-0.26440.00250.41750.28270.157-0.0838-0.03440.03440.0969-0.03890.038-0.01044.012-0.61985.9528
160.4944-1.85430.11726.9565-0.4140.3888-0.08630.0488-0.143-0.2856-0.23560.32380.10580.09470.3219-0.0013-0.0073-0.0043-0.00220.0080.018729.3743-3.781116.1447
1710.30152.1114-2.96053.6416-0.40347.31940.3271-0.3370.15220.2465-0.07560.1899-0.43990.4203-0.25150.0073-0.01820.0051-0.05370.0094-0.043110.4699-0.103218.1952
184.0672.27351.5735.2308-2.59013.6483-0.09530.05770.1840.17030.0594-0.29920.0845-0.19370.03590.023-0.00650.01970.0105-0.0244-0.03228.90799.373511.2459
194.49752.91922.26678.624-3.81575.2962-0.24080.19760.26730.10020.30620.3896-0.20440.1837-0.06550.04-0.0407-0.013-0.00340.0039-0.031811.77750.42733.9689
202.8871.26813.47375.27575.44617.43670.3376-0.17220.07490.3701-0.3046-0.2290.5006-0.3724-0.0330.0266-0.0142-0.00850.01810.027-0.03319.8198-0.817817.0114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION1A94 - 99
3X-RAY DIFFRACTION1B1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1B94 - 99
5X-RAY DIFFRACTION2A6 - 10
6X-RAY DIFFRACTION3B6 - 10
7X-RAY DIFFRACTION4A22 - 32
8X-RAY DIFFRACTION5A33 - 43
9X-RAY DIFFRACTION6B22 - 32
10X-RAY DIFFRACTION7B33 - 43
11X-RAY DIFFRACTION8A44 - 49
12X-RAY DIFFRACTION8A52 - 56
13X-RAY DIFFRACTION9B44 - 49
14X-RAY DIFFRACTION9B52 - 56
15X-RAY DIFFRACTION10A57 - 62
16X-RAY DIFFRACTION11A63 - 68
17X-RAY DIFFRACTION12A69 - 76
18X-RAY DIFFRACTION13B57 - 62
19X-RAY DIFFRACTION14B63 - 68
20X-RAY DIFFRACTION15B69 - 76
21X-RAY DIFFRACTION16A77 - 85
22X-RAY DIFFRACTION17B77 - 85
23X-RAY DIFFRACTION18A86 - 93
24X-RAY DIFFRACTION19B86 - 93
25X-RAY DIFFRACTION20A200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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