登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lzd |
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タイトル | Crystal structure of Dph2 from Pyrococcus horikoshii with 4Fe-4S cluster |
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要素 | Dph2 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Diphthamide biosynthesis / radical SAM enzyme / gene triplication / iron-sulfur cluster |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
S-adenosylmethionine catabolic process / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / protein histidyl modification to diphthamide / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding類似検索 - 分子機能 Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 3 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 / Diphthamide synthesis Dph2, archaea / Diphthamide synthesis DHP1/DPH2, eukaryotes and archaea / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 3 / Putative diphthamide synthesis protein ...Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 domain 3 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2 / Diphthamide synthesis Dph2, archaea / Diphthamide synthesis DHP1/DPH2, eukaryotes and archaea / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 1 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 2 / Diphthamide synthesis DPH1/DPH2, domain 3 / Putative diphthamide synthesis protein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 IRON/SULFUR CLUSTER / 2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | ![](img/tx_archaea.gif) Pyrococcus horikoshii (古細菌) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å |
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データ登録者 | Torelli, A.T. / Zhang, Y. / Zhu, X. / Lee, M. / Dzikovski, B. / Koralewski, R.M. / Wang, E. / Freed, J. / Krebs, C. / Lin, H. / Ealick, S.E. |
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2010 タイトル: Diphthamide biosynthesis requires an organic radical generated by an iron-sulphur enzyme. 著者: Zhang, Y. / Zhu, X. / Torelli, A.T. / Lee, M. / Dzikovski, B. / Koralewski, R.M. / Wang, E. / Freed, J. / Krebs, C. / Ealick, S.E. / Lin, H. |
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履歴 | 登録 | 2010年3月1日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2010年7月14日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年7月13日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.2 | 2023年9月6日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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