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万見
- PDB-3lz8: Structure of a putative chaperone dnaj from klebsiella pneumoniae... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lz8
タイトルStructure of a putative chaperone dnaj from klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae mgh 78578 at 2.9 a resolution.
要素Putative chaperone DnaJ
キーワードCHAPERONE / STRUCTURE GENOMICS / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


bent DNA binding / nucleoid / : / unfolded protein binding / protein refolding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein, curved-DNA / Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain ...DNA-binding protein, curved-DNA / Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Curved DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Putative Chaperone Dnaj from Klebsiella Pneumoniae Subsp. Pneumoniae Mgh 78578 at 2.9 A Resolution.
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2010年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative chaperone DnaJ
B: Putative chaperone DnaJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4522
ポリマ－74,4522
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.886, 67.396, 136.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative chaperone DnaJ


分子量: 37225.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: cbpA, KPN78578_44400, KPN_04509 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Magic / 参照: UniProt: A6TH30
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M Bicine, 10% PEG6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 / 波長: 0.97872 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: MOLECULAR REPLACEMENT / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→68.36 Å / Num. all: 13972 / Num. obs: 13972 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 97.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 33.848
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.733 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I38

3i38


解像度: 2.9→68.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 25.521 / SU ML: 0.363 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.014 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 654 4.9 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.228 13235 99.79 %-
all-13972 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20 Å2
2--3.65 Å20 Å2
3----4.44 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→68.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2826 0 0 7 2833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222890
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.9743945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93834737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.5945367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.56424.545110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78915462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3611514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.51857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1551.5746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8423005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.38531033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0324.5940
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 47 -
Rwork0.313 922 -
obs-69 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.955-0.37170.24612.8598-0.37945.661-0.41160.2299-0.36570.04580.1056-0.02010.0097-0.30090.3060.0963-0.09260.06590.1208-0.07450.0646-11.3272-3.672217.0679
25.2672-1.29672.18063.69310.167510.6999-0.16180.71330.3348-0.5347-0.4290.2009-1.74550.15450.59070.38890.0155-0.08310.128-0.00210.1053-7.78977.9546.1531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A198 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2B198 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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