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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lyy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the MucBP domain of the adhesion protein PEPE_0118 from Pediococcus pentosaceus. Northeast Structural Genomics Consortium target id PtR41A | ||||||
要素 | Adhesion exoprotein | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Cell wall / Peptidoglycan-anchor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Immunoglobulin-like - #4300 / Mub B2-like domain / Muc B2-like domain / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Pediococcus pentosaceus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Seetharaman, J. / Lew, S. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Seetharaman, J. / Lew, S. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the MucBP domain of the adhesion protein PEPE_0118 from Pediococcus pentosaceus. Northeast Structural Genomics Consortium target id PtR41A 著者: Seetharaman, J. / Lew, S. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lyy.cif.gz | 53.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lyy.ent.gz | 42.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lyy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lyy_validation.pdf.gz | 421.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lyy_full_validation.pdf.gz | 423.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lyy_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lyy_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11544.041 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 796-902 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pediococcus pentosaceus (バクテリア) 株: ATCC 25745 / 183-1w / 遺伝子: PEPE_0118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03HU7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.5M (NH4)2SO4, 20% PEG3000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 52646 / Num. obs: 52646 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 4.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 15 / Num. unique all: 2701 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→32.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 93956.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.5872 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.32 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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