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万見
- PDB-3lyr: Human Early B-cell Factor 1 (EBF1) DNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lyr
タイトルHuman Early B-cell Factor 1 (EBF1) DNA-binding domain
要素Transcription factor COE1
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / immunoglobulin (Ig)-like domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Activator / Developmental protein / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Expression and translocation of olfactory receptors / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor COE1, DNA-binding domain / Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. ...Transcription factor COE1, DNA-binding domain / Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Transcription factor COE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Siponen, M.I. / Wisniewska, M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. ...Siponen, M.I. / Wisniewska, M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kraulis, P. / Kotenyova, T. / Markova, N. / Moche, M. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Schutz, P. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Welin, M. / Berglund, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Determination of Functional Domains in Early B-cell Factor (EBF) Family of Transcription Factors Reveals Similarities to Rel DNA-binding Proteins and a Novel Dimerization Motif.
著者: Siponen, M.I. / Wisniewska, M. / Lehtio, L. / Johansson, I. / Svensson, L. / Raszewski, G. / Nilsson, L. / Sigvardsson, M. / Berglund, H.
履歴
登録2010年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月8日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor COE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1964
ポリマ－28,0161
非ポリマー1803
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.218, 134.218, 72.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor COE1 / O/E-1 / OE-1 / Early B-cell factor


分子量: 28016.457 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COE1, EBF, EBF1 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q9UH73
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.1M MES, 2.0M Ammonium Sulphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: si 1111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.51→58.12 Å / Num. obs: 13523 / 冗長度: 27.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 39.3
反射 シェル解像度: 2.51→2.64 Å / 冗長度: 28.7 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 12.8 / Rsym value: 0.317

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0035精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→58.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 8.156 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.248
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27435 143 1.1 %RANDOM
Rwork0.2329 ---
obs0.23332 13359 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.901 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.17 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.51 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.249 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→58.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1681 0 7 25 1713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221715
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.9372309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87832855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0385209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24524.11190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34915304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5781514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9711.51046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1211.5428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8721686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1653669
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5384.5623
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.509→2.574 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 14 -
Rwork0.354 966 -
obs--99.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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