ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB PHENIX1.6_289精密化 Show PDB_EXTRACT3.005 データ抽出 Show BLU-MAXデータ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング PHENIX位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.95→37.82 Å / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.5 / SU ML : 0.27 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0.13 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOODRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.243 1904 2.9 % RANDOM Rwork 0.199 - - - obs 0.201 65589 95.4 % - all - 68752 - -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol : 41.865 Å2 / ksol : 0.321 e/Å3 原子変位パラメータ Biso max : 158.4 Å2 / Biso mean : 26.5 Å2 / Biso min : 0.46 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.154 Å2 -0 Å2 1.036 Å2 2- - -2.51 Å2 -0 Å2 3- - - 2.519 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.95→37.82 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 7336 0 0 804 8140
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.008 7433 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.065 10010 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.076 1156 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.004 1292 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d15.157 2724
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 10
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all Num. reflection obs % reflection obs (%)1.95-2.019 0.343 155 0.247 5571 5726 5572 84 2.019-2.1 0.312 175 0.223 6050 6225 6051 91 2.1-2.196 0.251 208 0.214 6203 6411 6203 94 2.196-2.312 0.274 176 0.206 6378 6554 6378 96 2.312-2.456 0.293 193 0.208 6382 6575 6382 96 2.456-2.646 0.261 194 0.196 6519 6713 6519 98 2.646-2.912 0.257 196 0.193 6532 6728 6533 98 2.912-3.333 0.228 198 0.199 6623 6821 6628 99 3.333-4.199 0.216 197 0.177 6663 6860 6664 100 4.199-37.827 0.198 213 0.192 6764 6976 6774 99
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 12) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.002 -0.047 0.0217 0.0047 -0.0082 0.0055 -0.0526 0.1209 0.1772 -0.0456 0.178 0.0292 0.0295 -0.0102 -0 -0.0626 0.0786 -0.1282 -0.0526 0.1736 -0.1143 -29.8984 12.9141 -55.3091 2 0.0061 0.0007 -0.0176 -0.0027 0.0034 0.0065 -0.0586 0.0451 0.1227 -0.023 0.0817 -0.0047 0.0063 -0.0714 0 -0.213 -0.1659 -0.1558 -0.0784 -0.078 -0.0581 -21.4275 7.6645 -47.9085 3 0.0015 -0.0029 0.0027 0.0005 0.0014 -0.0011 -0.0755 -0.0226 0.0214 -0.0044 0.0303 -0.0395 0.0384 -0.0227 -0 0.0363 -0.014 0.0061 0.0299 -0.0086 0.0982 -14.3715 0.267 -50.1432 4 -0.005 -0.0076 -0.0061 -0.0013 0.0016 -0.0019 0.0014 -0.1154 0.0198 0.0633 0.0149 0.0231 -0.0168 0.0184 0 -0.1562 0.2385 0.1999 -0.1323 -0.1065 -0.2878 -31.6938 8.2599 -11.0997 5 0.0086 -0.0133 -0.0083 0.0004 0.0073 0.0115 -0.0411 0.0308 0.0362 0.0299 0.0728 -0.0088 0.0177 -0.0687 -0 0.0568 0.0164 -0.0101 0.06 -0.0168 0.0574 -27.1411 8.0684 -29.0585 6 0.0013 -0.0117 0.0116 0.0051 -0.0003 -0.0037 -0.1355 0.0402 -0.0013 0.0271 -0.029 -0.0142 0.0058 -0.0215 0 -0.0457 0.1139 0.0665 -0.132 -0.0815 -0.003 -21.1486 -7.0612 -23.6692 7 0.0045 -0.0054 -0.0002 0.0071 0.0124 0.0058 -0.0206 0.0236 -0.0183 -0.038 0.0013 0.0042 0.0319 0.0358 0 0.0687 -0.0123 0.0322 0.0742 -0.0304 0.0781 5.4597 -11.2071 -62.37 8 -0.0076 -0.0142 0.001 -0.0042 -0.0047 0.0049 -0.2165 0.1341 -0.0189 -0.0315 0.0886 0.05 -0.1299 0.1601 -0 -0.063 0.0943 0.1342 -0.1119 -0.1774 -0.2038 1.9106 -8.4659 -44.223 9 0.0045 0.0129 0.0128 0.0035 -0.0048 0.0051 -0.0595 0.0166 -0.0749 0.0327 0.0165 -0.0632 0.0436 0.0972 -0 0.0708 -0.0014 0.0256 0.0632 -0.0025 0.0878 -12.8445 -12.1682 -50.0804 10 -0.0011 -0.0089 0.0119 -0.0005 -0.0031 0.0037 -0.0067 -0.0654 0.0109 0.0736 0.0111 -0.0045 0.0476 -0.04 0 -0.1507 0.2938 -0.2336 -0.0547 0.0765 -0.0511 7.0905 -10.2435 -10.5658 11 0.0077 -0.0039 0.0112 0.006 -0.0006 0.0136 -0.0395 0.0117 -0.0033 0.0589 0.0965 -0.0187 -0.0172 0.0676 0 0.0632 0.025 -0.0153 0.0643 0.005 0.0595 2.6541 -9.5873 -28.7307 12 0.0001 -0.0071 -0.0054 0.0007 0.0005 0.0023 -0.1259 0.0283 0.0565 -0.0125 0.0406 -0.0141 0.0123 0.0433 0 -0.0735 0.1052 -0.0401 -0.0481 0.0168 0.0355 -5.3619 2.7005 -22.5013
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 (chain A and resid 0:115)A0 - 115 2 X-RAY DIFFRACTION 2 (chain A and resid 116:222)A116 - 222 3 X-RAY DIFFRACTION 3 (chain A and resid 223:308)A223 - 308 4 X-RAY DIFFRACTION 4 (chain B and resid 0:91)B0 - 91 5 X-RAY DIFFRACTION 5 (chain B and resid 92:181)B92 - 181 6 X-RAY DIFFRACTION 6 (chain B and resid 182:308)B182 - 308 7 X-RAY DIFFRACTION 7 (chain C and resid 0:91)C0 - 91 8 X-RAY DIFFRACTION 8 (chain C and resid 92:186)C92 - 186 9 X-RAY DIFFRACTION 9 (chain C and resid 187:308)C187 - 308 10 X-RAY DIFFRACTION 10 (chain D and resid 0:81)D0 - 81 11 X-RAY DIFFRACTION 11 (chain D and resid 82:174)D82 - 174 12 X-RAY DIFFRACTION 12 (chain D and resid 175:308)D175 - 308