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- PDB-3lxo: The crystal structure of ribonuclease A in complex with thymidine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lxo
タイトルThe crystal structure of ribonuclease A in complex with thymidine-3'-monophosphate
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / ribonuclease A / RNA cleavage / nucleotides / enzyme catalysis / inhibitors / Disulfide bond / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-3'-PHOSPHATE / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.549 Å
データ登録者Doucet, N. / Jayasundera, T.B. / Simonovic, M. / Loria, J.P.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of ribonuclease A in complex with thymidine-3'-monophosphate provides further insight into ligand binding.
著者: Doucet, N. / Jayasundera, T.B. / Simonovic, M. / Loria, J.P.
履歴
登録2010年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0312
ポリマ－13,7081
非ポリマー3221
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子

A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0614
ポリマ－27,4172
非ポリマー6442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.592, 64.592, 65.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-248-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pancreas / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-T3P / THYMIDINE-3'-PHOSPHATE / ALPHA-ANOMERIC THYMIDINE-3'-PHOSPHATE


タイプ: DNA linking / 分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% ammonium sulfate, 2M NaCl, pH 5.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.514 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→70 Å / Num. all: 23146 / Num. obs: 23146 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 2115 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.549→28.954 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1813 1784 8.66 %random
Rwork0.1413 ---
obs0.1448 20601 88.12 %-
all-22385 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.654 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.549→28.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数946 0 21 129 1096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4821411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.705398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5491-1.60440.44131220.42251389X-RAY DIFFRACTION65
1.6044-1.66870.39851490.32811571X-RAY DIFFRACTION75
1.6687-1.74460.29241610.23651724X-RAY DIFFRACTION82
1.7446-1.83660.19831730.17121843X-RAY DIFFRACTION87
1.8366-1.95160.21681890.13451937X-RAY DIFFRACTION92
1.9516-2.10230.17441890.11581977X-RAY DIFFRACTION94
2.1023-2.31370.1631990.11222036X-RAY DIFFRACTION96
2.3137-2.64830.17261890.11622065X-RAY DIFFRACTION96
2.6483-3.33590.15042020.12212092X-RAY DIFFRACTION97
3.3359-28.95950.15452110.12362183X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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