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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lxo | ||||||
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タイトル | The crystal structure of ribonuclease A in complex with thymidine-3'-monophosphate | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ribonuclease A / RNA cleavage / nucleotides / enzyme catalysis / inhibitors / Disulfide bond / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.549 Å | ||||||
データ登録者 | Doucet, N. / Jayasundera, T.B. / Simonovic, M. / Loria, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2010 タイトル: The crystal structure of ribonuclease A in complex with thymidine-3'-monophosphate provides further insight into ligand binding. 著者: Doucet, N. / Jayasundera, T.B. / Simonovic, M. / Loria, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lxo.cif.gz | 61.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lxo.ent.gz | 49.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lxo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lxo_validation.pdf.gz | 795.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lxo_full_validation.pdf.gz | 797.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lxo_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lxo_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pancreas / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-T3P / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% ammonium sulfate, 2M NaCl, pH 5.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.514 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.514 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→70 Å / Num. all: 23146 / Num. obs: 23146 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 2115 / % possible all: 91.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.549→28.954 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.654 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.549→28.954 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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