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- PDB-3lxn: Structural and Thermodynamic Characterization of the TYK2 and JAK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lxn
タイトルStructural and Thermodynamic Characterization of the TYK2 and JAK3 Kinase Domains in Complex with CP-690550 and CMP-6
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE / TYK2 / JAK3 / inflammation / cancer / PAN Inhibitor / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MI1 / Hydrogenase-2 large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chrencik, J.E. / Benson, T.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and thermodynamic characterization of the TYK2 and JAK3 kinase domains in complex with CP-690550 and CMP-6.
著者: Chrencik, J.E. / Patny, A. / Leung, I.K. / Korniski, B. / Emmons, T.L. / Hall, T. / Weinberg, R.A. / Gormley, J.A. / Williams, J.M. / Day, J.E. / Hirsch, J.L. / Kiefer, J.R. / Leone, J.W. / ...著者: Chrencik, J.E. / Patny, A. / Leung, I.K. / Korniski, B. / Emmons, T.L. / Hall, T. / Weinberg, R.A. / Gormley, J.A. / Williams, J.M. / Day, J.E. / Hirsch, J.L. / Kiefer, J.R. / Leone, J.W. / Fischer, H.D. / Sommers, C.D. / Huang, H.C. / Jacobsen, E.J. / Tenbrink, R.E. / Tomasselli, A.G. / Benson, T.E.
履歴
登録2010年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8472
ポリマ－36,5351
非ポリマー3121
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.306, 74.262, 106.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 36534.570 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase Domain / 変異: C936A, Q969A, E971A, K972A, C1142A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MI1 / 3-{(3R,4R)-4-methyl-3-[methyl(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]piperidin-1-yl}-3-oxopropanenitrile / CP-690,550 / トファシチニブ


分子量: 312.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N6O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% Ethanol, 0.1 M Tris, 0.3 M magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→18.6 Å / Num. all: 10002 / Num. obs: 10002 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 31.87
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YVJ

1yvj


解像度: 2.5→18.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 9.604 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.118 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28637 502 4.8 %RANDOM
Rwork0.22021 ---
obs0.2233 10002 99.6 %-
all-10002 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→18.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 23 88 2349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.9793161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.333697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5475286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18323.22996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.89115355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4791511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.21129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21186
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1170.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.51477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0851.5580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08122286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1893988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.874.5875
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 31 -
Rwork0.267 711 -
obs--99.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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