[日本語] English
万見
- PDB-3lxg: Crystal structure of rat phosphodiesterase 10A in complex with li... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lxg
タイトルCrystal structure of rat phosphodiesterase 10A in complex with ligand WEB-3
要素cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
キーワードHYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE 10A / CATALYTIC DOMAIN / Allosteric enzyme / cAMP / cAMP-binding / cGMP / cGMP-binding / Metal-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP effects / G alpha (s) signalling events / regulation of cAMP/PKA signal transduction / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / extrinsic component of postsynaptic density membrane / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cGMP-inhibited cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling ...cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP effects / G alpha (s) signalling events / regulation of cAMP/PKA signal transduction / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / extrinsic component of postsynaptic density membrane / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cGMP-inhibited cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / perikaryon / neuronal cell body / synapse / glutamatergic synapse / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / GAF-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z73 / cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLPREP / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mosbacher, T. / Jestel, A. / Steinbacher, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Discovery of imidazo[1,5-a]pyrido[3,2-e]pyrazines as a new class of phosphodiesterase 10A inhibitiors.
著者: Hofgen, N. / Stange, H. / Schindler, R. / Lankau, H.J. / Grunwald, C. / Langen, B. / Egerland, U. / Tremmel, P. / Pangalos, M.N. / Marquis, K.L. / Hage, T. / Harrison, B.L. / Malamas, M.S. / ...著者: Hofgen, N. / Stange, H. / Schindler, R. / Lankau, H.J. / Grunwald, C. / Langen, B. / Egerland, U. / Tremmel, P. / Pangalos, M.N. / Marquis, K.L. / Hage, T. / Harrison, B.L. / Malamas, M.S. / Brandon, N.J. / Kronbach, T.
履歴
登録2010年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0334
ポリマ－35,6731
非ポリマー3603
水2,126118
1
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,09912
ポリマ－107,0193
非ポリマー1,0809
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area39080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.149, 120.149, 83.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A


分子量: 35673.043 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 463-770 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pde10a / Cell (発現宿主): Sf9 insect cells / 発現宿主: baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9QYJ6, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-Z73 / 2-methoxy-6,7-dimethyl-9-propylimidazo[1,5-a]pyrido[3,2-e]pyrazine


分子量: 270.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18N4O
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日 / 詳細: LN2 COOLED FIXED-EXIT
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→64.96 Å / Num. all: 18763 / Num. obs: 19899 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLPREP / 解像度: 2.3→64.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.927 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22851 969 5.2 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
all0.1775 18762 --
obs0.17851 17793 94.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.704 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.87 Å2-0.93 Å20 Å2
2---1.87 Å20 Å2
3---2.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→64.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 22 118 2639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222603
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0561.9653532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85334261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0175309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.04223.871124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.64515446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4881516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.21847
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0930.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1830.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.98222035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3572619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44832500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.60541349
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0861032
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 47 -
Rwork0.283 964 -
obs--67.76 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る