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万見
- PDB-3lx1: Crystal Structure analysis of PCNA1 from Thermococcus kodakaraens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lx1
タイトルCrystal Structure analysis of PCNA1 from Thermococcus kodakaraensis tk0535
要素DNA polymerase sliding clamp 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PCNA / DNA processivity factor / trimer / toroidal / DNA replication / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp 1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ladner, J.E. / Kelman, Z. / Pan, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of two active proliferating cell nuclear antigens (PCNAs) encoded by Thermococcus kodakaraensis.
著者: Ladner, J.E. / Pan, M. / Hurwitz, J. / Kelman, Z.
履歴
登録2010年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase sliding clamp 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3884
ポリマ－29,0991
非ポリマー2883
水1,45981
1
A: DNA polymerase sliding clamp 1
ヘテロ分子

A: DNA polymerase sliding clamp 1
ヘテロ分子

A: DNA polymerase sliding clamp 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,16312
ポリマ－87,2983
非ポリマー8659
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area33160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.230, 89.230, 62.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp 1 / Proliferating cell nuclear antigen homolog 1 / PCNA 1


分子量: 29099.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: pcn1, TK0535 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q5JF32
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2.4-2.8 M ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate, 5-10% 2,4-methyl pentanediol. The protein solution has 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
PH範囲: 5.2-5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.21 Å / Num. obs: 19294 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.57 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.9 / Scaling rejects: 812
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2-2.075.430.5162.21052319201.2499.2
2.07-2.155.450.4552.51040318881.2199.5
2.15-2.255.510.38831067619231.1699.5
2.25-2.375.570.3423.41080719291.1299.8
2.37-2.525.520.28941066419161.0699.8
2.52-2.715.590.2314.6108141921199.9
2.71-2.995.590.1726.11090619370.94100
2.99-3.425.690.09410.61107319380.8100
3.42-4.35.730.05317.91115119390.799.9
4.3-29.215.580.0423.51118819830.6899.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7 W8RSSIデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.246 / WRfactor Rwork: 0.187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.805 / SU B: 4.667 / SU ML: 0.131 / SU R Cruickshank DPI: 0.197 / SU Rfree: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 939 4.9 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 19035 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.82 Å2 / Biso mean: 33.664 Å2 / Biso min: 15.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20.36 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1956 0 15 81 2052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7712.012905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4895274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.78725.288104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.76415420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6121515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2021.51312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20722139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4543831
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8144.5766
LS精密化 シェル解像度: 2→2.108 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 133 -
Rwork0.262 2589 -
all-2722 -
obs--97.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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