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- PDB-3lwf: Crystal structure of Putative transcriptional regulator (NP_47088... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lwf
タイトルCrystal structure of Putative transcriptional regulator (NP_470886.1) from LISTERIA INNOCUA at 2.06 A resolution
要素Putative transcriptional regulator
キーワードTranscription regulator / Putative transcriptional regulator / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / DNA-binding / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative transcriptional regulator (NP_470886.1) from LISTERIA INNOCUA at 2.06 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcriptional regulator
B: Putative transcriptional regulator
C: Putative transcriptional regulator
D: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,74530
ポリマ－72,6714
非ポリマー2,07326
水5,945330
1
A: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,94420
ポリマ－36,3362
非ポリマー1,60818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
2
B: Putative transcriptional regulator
D: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,11412
ポリマ－36,3362
非ポリマー77910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area14120 Å2
手法PISA
3
C: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子

C: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,31716
ポリマ－36,3362
非ポリマー98114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
4
A: Putative transcriptional regulator
B: Putative transcriptional regulator
C: Putative transcriptional regulator
D: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Putative transcriptional regulator
B: Putative transcriptional regulator
C: Putative transcriptional regulator
D: Putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,48960
ポリマ－145,3428
非ポリマー4,14752
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area40910 Å2
ΔGint-731 kcal/mol
Surface area48930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.961, 115.782, 75.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-141-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A-1 - 140
2114B-1 - 140
3114C-1 - 140
4114D-1 - 140

-
要素

#1: タンパク質
Putative transcriptional regulator / Lin1550 protein


分子量: 18167.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 遺伝子: lin1550 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q92BJ8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.3
詳細: 1.9500M ammonium sulfate, 0.2000M lithium sulfate, 0.1M CAPS pH 10.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97925,0.91837,0.97898
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979251
20.918371
30.978981
反射解像度: 2.06→72.83 Å / Num. obs: 49880 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.087 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.62
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.06-2.130.6392176754716199.7
2.13-2.220.4882.7198385254199.5
2.22-2.320.3753.5186194933199.8
2.32-2.440.34.2184424869199.7
2.44-2.590.2335.3187154943199.6
2.59-2.790.1657.4189564999199.7
2.79-3.070.10510.9191055031199.4
3.07-3.520.06216.6192095066199.5
3.52-4.420.04124.1187344967199
4.42-72.830.03928.7187925087198.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.06→72.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 8.988 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.149
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. SULFATE (SO4) AND CHLORIDE (CL) MODELED WERE PRESENT IN CRYSTLLIZATION CONDITIONS OR IN PROTEIN BUFFER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2529 5.1 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 49880 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.36 Å2 / Biso mean: 29.955 Å2 / Biso min: 8.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å20 Å2-0.23 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→72.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4461 0 102 330 4893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224719
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4462.0036410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89337774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5675606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.33224.381210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67315867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5381537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8432891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.77231205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0754666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.581828
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.677111727
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1717 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.280.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.310.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.310.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.260.5
1AMEDIUM THERMAL1.322
2BMEDIUM THERMAL1.092
3CMEDIUM THERMAL1.042
4DMEDIUM THERMAL1.162
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.113 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 193 -
Rwork0.256 3473 -
all-3666 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59310.2157-0.63170.0955-0.15591.75630.0074-0.0101-0.0144-0.0356-0.019-0.0041-0.1777-0.00710.01170.09380.02980.00340.0167-0.00370.0057-59.585125.242913.768
20.87850.9678-0.23191.8472-0.16320.21540.0309-0.0579-0.0393-0.0319-0.0107-0.0328-0.03780.0749-0.02020.0386-0.0138-0.0090.0273-0.00870.0134-42.507712.351323.4166
31.0822-0.23120.61890.4423-0.21731.4226-0.01510.00960.0117-0.0061-0.0337-0.07490.07470.09610.04880.01240.01510.01020.02080.0170.0219-44.682-24.711910.5685
40.80060.6074-0.30781.2728-0.15920.6424-0.02240.0663-0.01240.00020.02590.0256-0.0529-0.0295-0.00350.01050.00150.00740.01270.00720.0151-56.9435-11.790526.2233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2B-3 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3C-3 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4D-3 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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