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- PDB-3lw2: Mouse Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lw2
タイトルMouse Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1)
要素Plasminogen activator inhibitor 1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / latent mouse plasminogen activator inhibitor-1 (PAI-1) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Plasminogen activation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of epithelium regeneration / Dissolution of Fibrin Clot / ECM proteoglycans / positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / positive regulation of coagulation / negative regulation of smooth muscle cell migration / クロム親和性細胞 ...positive regulation of epithelium regeneration / Dissolution of Fibrin Clot / ECM proteoglycans / positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / positive regulation of coagulation / negative regulation of smooth muscle cell migration / クロム親和性細胞 / negative regulation of vascular wound healing / Platelet degranulation / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of keratinocyte migration / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / regulation of signaling receptor activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / female gonad development / positive regulation of calcium ion import / ヘイフリック限界 / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of blood coagulation / cellular response to interleukin-1 / regulation of angiogenesis / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cell migration / placenta development / positive regulation of interleukin-8 production / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of fibroblast proliferation / regulation of cell population proliferation / collagen-containing extracellular matrix / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / defense response to Gram-negative bacterium / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Dewilde, M. / Van De Craen, B. / Compernolle, G. / Madsen, J.B. / Strelkov, S.V. / Gils, A. / Declerck, P.J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Subtle structural differences between human and mouse PAI-1 reveal the basis for biochemical differences.
著者: Dewilde, M. / Van De Craen, B. / Compernolle, G. / Madsen, J.B. / Strelkov, S. / Gils, A. / Declerck, P.J.
履歴
登録2010年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen activator inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7961
ポリマ－42,7961
非ポリマー00
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.900, 62.300, 52.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen activator inhibitor 1 / PAI-1 / PAI / Endothelial plasminogen activator inhibitor


分子量: 42795.988 Da / 分子数: 1 / 断片: PAI-1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Serpine1, Mr1, Pai1, Planh1 / プラスミド: pIGE20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P22777
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS CLAIMED AN ERROR IN THE UNP P22777 SEQUENCE AT RESIDUE 253.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3,350, 277 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0001 Å
検出器タイプ: Pilatus / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月17日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→39.94 Å / Num. all: 35973 / Num. obs: 34894 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.068
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.474 / % possible all: 95.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DVN

1dvn


解像度: 1.93→39.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.648 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21832 1704 5 %RANDOM
Rwork0.18072 ---
obs0.1826 32202 100 %-
all-35973 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.314 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2895 0 0 227 3122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.9544050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9775373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.97424.173139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82815538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.771520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7351.51836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36922983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01631153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2274.51062
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.933→1.984 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 126 -
Rwork0.231 2300 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.678 Å / Origin y: -9.759 Å / Origin z: 0.564 Å
111213212223313233
T-0.0474 Å20.0132 Å20.0052 Å2--0.0995 Å20.0099 Å2---0.0389 Å2
L1.0734 °2-0.0453 °2-0.2304 °2-0.43 °20.3669 °2--2.9344 °2
S0.0376 Å °0.064 Å °0.0122 Å °0.0414 Å °-0.0397 Å °-0.01 Å °-0.0492 Å °-0.1973 Å °0.0022 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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