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- PDB-3lvx: Crystal structure of human alpha-defensin 1 (I6A mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lvx
タイトルCrystal structure of human alpha-defensin 1 (I6A mutant)
要素Neutrophil defensin 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide / human alpha defensin 1 / human neutrophil peptide 1 / HNP1 / antibiotic / antimicrobial / Antiviral defense / Defensin / Disulfide bond / Fungicide / Phosphoprotein / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / defense response to fungus / estrogen receptor signaling pathway / innate immune response in mucosa ...pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / defense response to fungus / estrogen receptor signaling pathway / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / : / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil defensin 1
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Pazgier, M. / Lu, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Trp-26 imparts functional versatility to human alpha-defensin HNP1.
著者: Wei, G. / Pazgier, M. / de Leeuw, E. / Rajabi, M. / Li, J. / Zou, G. / Jung, G. / Yuan, W. / Lu, W.Y. / Lehrer, R.I. / Lu, W.
履歴
登録2010年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil defensin 1
B: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1045
ポリマ－6,8202
非ポリマー2843
水1,78399
1
A: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5983
ポリマ－3,4101
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5062
ポリマ－3,4101
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Neutrophil defensin 1
B: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,503120
ポリマ－163,68148
非ポリマー6,82172
水86548
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation33_545y,z-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation34_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation35_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation36_555-y,-z+1/2,x+1/21
crystal symmetry operation41_545x,z-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation42_545-x,z-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation43_555-x,-z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation44_555x,-z+1/2,y+1/21
crystal symmetry operation53_455z-1/2,x,y+1/21
crystal symmetry operation54_455z-1/2,-x,-y+1/21
crystal symmetry operation55_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation56_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation69_455z-1/2,y,-x+1/21
crystal symmetry operation70_455z-1/2,-y,x+1/21
crystal symmetry operation71_555-z+1/2,y,x+1/21
crystal symmetry operation72_555-z+1/2,-y,-x+1/21
Buried area65290 Å2
ΔGint-1188 kcal/mol
Surface area69820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.069, 118.069, 118.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-45-

HOH

21A-64-

HOH

31A-79-

HOH

41A-85-

HOH

51A-87-

HOH

61A-92-

HOH

詳細biological unit is half of asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neutrophil defensin 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / Defensin / alpha 1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / HNP-2 / HP-2 / HP2


分子量: 3410.031 Da / 分子数: 2 / 断片: HUMAN NEUTROPHIL DEFENSIN 1 / 変異: I6A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Protein is naturally found in Homo sapiens (human) / 参照: UniProt: P59665
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% PEG 400; 0.1 M HEPES-Na, pH 7.5; 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→68.167 Å / Num. all: 9313 / Num. obs: 9272 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.729 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GNY

3gny


解像度: 1.63→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 3.026 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 442 4.8 %RANDOM
Rwork0.1684 ---
obs0.16868 8811 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数470 0 16 99 585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.958679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.529558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.5718.18222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.2531568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.362158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6411.5296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.122462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3083205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7874.5217
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.631→1.673 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 23 -
Rwork0.269 604 -
obs--95.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26610.47260.13731.4745-0.07821.76250.02650.0313-0.0619-0.0442-0.02740.02030.0396-0.04250.00080.00670.00420.00010.0079-0.00450.0135-18.151814.535527.23
22.27010.2266-0.1341.76520.24390.6547-0.01360.134-0.13950.01860.0495-0.10240.11760.1304-0.03590.03210.0127-0.00230.0543-0.01430.0292-7.107212.48633.9063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION1A31 - 3968
3X-RAY DIFFRACTION1A32 - 101
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 30
5X-RAY DIFFRACTION2B31
6X-RAY DIFFRACTION2B32 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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