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万見
- PDB-3lvp: Crystal structure of bisphosphorylated IGF1-R Kinase domain (2P) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lvp
タイトルCrystal structure of bisphosphorylated IGF1-R Kinase domain (2P) in complex with a bis-azaindole inhibitor
要素Insulin-like growth factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / tyrosine kinase / tyrosine phosphorylation / protein-substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex ...protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / transcytosis / insulin receptor complex / insulin-like growth factor I binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / regulation of JNK cascade / dendritic spine maintenance / insulin binding / amyloid-beta clearance / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / insulin-like growth factor receptor activity / SHC-related events triggered by IGF1R / negative regulation of MAPK cascade / phosphatidylinositol 3-kinase binding / insulin receptor activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor binding / cellular response to glucose stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor protein-tyrosine kinase / cellular response to amyloid-beta / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / cilium / immune response / positive regulation of cell migration / axon / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats ...Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PDR / Insulin-like growth factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Maignan, S. / Marquette, J.P. / Guilloteau, J.P.
引用ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2010
タイトル: Design of Potent IGF1-R Inhibitors Related to Bis-azaindoles
著者: Nemecek, C. / Metz, W.A. / Wentzler, S. / Ding, F.X. / Venot, C. / Souaille, C. / Dagallier, A. / Maignan, S. / Guilloteau, J.P. / Bernard, F. / Henry, A. / Grapinet, S. / Lesuisse, D.
履歴
登録2010年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 1 receptor
B: Insulin-like growth factor 1 receptor
C: Insulin-like growth factor 1 receptor
D: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,67811
ポリマ－153,8774
非ポリマー1,8027
水23413
1
A: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1464
ポリマ－38,4691
非ポリマー6773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9083
ポリマ－38,4691
非ポリマー4392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8122
ポリマ－38,4691
非ポリマー3431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8122
ポリマ－38,4691
非ポリマー3431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.950, 94.950, 322.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
Insulin-like growth factor 1 receptor / IGF1R / Insulin-like growth factor I receptor / IGF-I receptor / Insulin-like growth factor 1 ...IGF1R / Insulin-like growth factor I receptor / IGF-I receptor / Insulin-like growth factor 1 receptor alpha chain / Insulin-like growth factor 1 receptor beta chain


分子量: 38469.156 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain (2P) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08069, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-PDR / 3-(4-chloro-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-2-yl)-5,6-dimethoxy-1-methyl-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine


分子量: 342.780 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15ClN4O2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.4M Ammonium Sulfate, 100mM Hepes, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 30251 / Num. obs: 29918 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 5.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K3A

1k3a


解像度: 3→30 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数
Rfree0.279 1517
Rwork0.226 -
all0.226 -
obs-29554
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9274 0 118 13 9405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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