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- PDB-3lv4: Crystal structure of the glycoside hydrolase, family 43 YxiA prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lv4
タイトルCrystal structure of the glycoside hydrolase, family 43 YxiA protein from Bacillus licheniformis. Northeast Structural Genomics Consortium Target BiR14.
要素Glycoside hydrolase YxiA
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / similar to arabinan endo-1 / 5-alpha-L-arabinosidase / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Lipocalin - #10 / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily ...Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Lipocalin - #10 / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Glycoside hydrolase, family 43 YxiA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.695 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the glycoside hydrolase, family 43 YxiA protein from Bacillus licheniformis.
著者: Vorobiev, S. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2010年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase YxiA
B: Glycoside hydrolase YxiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,05812
ポリマ－103,5622
非ポリマー49610
水12,232679
1
A: Glycoside hydrolase YxiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0787
ポリマ－51,7811
非ポリマー2976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase YxiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9795
ポリマ－51,7811
非ポリマー1984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Glycoside hydrolase YxiA
ヘテロ分子

B: Glycoside hydrolase YxiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,05812
ポリマ－103,5622
非ポリマー49610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_546x,y-1,z+11
Buried area3030 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area31940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.585, 60.327, 73.122
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細monomer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase YxiA / YxiA / family 43 YxiA


分子量: 51781.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
株: DSM 13/ATCC 14580 / 遺伝子: BL00219, BLi04220, yxiA / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) + Magic / 参照: UniProt: Q65D31
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.15
詳細: 18% PEG 3350, 0.2M Ca acetate, 0.1M MES, pH 6.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.695→500 Å / Num. all: 197594 / Num. obs: 192259 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 19695 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXDE位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.695→45.244 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1903 9525 4.97 %RANDOM
Rwork0.1464 ---
obs0.1486 191496 96.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.318 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.695→45.244 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6929 0 25 679 7633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0569647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1442534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6953-1.71450.2822520.19055081X-RAY DIFFRACTION81
1.7145-1.73470.25133100.18515834X-RAY DIFFRACTION92
1.7347-1.75590.27612670.18385984X-RAY DIFFRACTION95
1.7559-1.77810.22492800.16645958X-RAY DIFFRACTION95
1.7781-1.80150.23042890.15735986X-RAY DIFFRACTION96
1.8015-1.82620.21083410.16116043X-RAY DIFFRACTION95
1.8262-1.85230.24472860.15135937X-RAY DIFFRACTION96
1.8523-1.87990.21782880.14936129X-RAY DIFFRACTION96
1.8799-1.90930.19353020.1455944X-RAY DIFFRACTION97
1.9093-1.94060.23232800.13586059X-RAY DIFFRACTION96
1.9406-1.9740.19453440.13286029X-RAY DIFFRACTION96
1.974-2.00990.19533070.12836057X-RAY DIFFRACTION96
2.0099-2.04860.17793250.11826006X-RAY DIFFRACTION97
2.0486-2.09040.19353570.11816074X-RAY DIFFRACTION97
2.0904-2.13590.16342790.12516147X-RAY DIFFRACTION97
2.1359-2.18560.1973120.13076038X-RAY DIFFRACTION98
2.1856-2.24020.18563630.12376199X-RAY DIFFRACTION98
2.2402-2.30080.17423020.11526150X-RAY DIFFRACTION99
2.3008-2.36850.16253760.12756113X-RAY DIFFRACTION99
2.3685-2.44490.19473420.13236244X-RAY DIFFRACTION99
2.4449-2.53230.19793560.12916229X-RAY DIFFRACTION99
2.5323-2.63370.19423250.13796273X-RAY DIFFRACTION100
2.6337-2.75350.21143210.14446189X-RAY DIFFRACTION100
2.7535-2.89870.17743580.14016222X-RAY DIFFRACTION99
2.8987-3.08020.1713550.14456184X-RAY DIFFRACTION99
3.0802-3.3180.17753550.14056237X-RAY DIFFRACTION99
3.318-3.65180.15673120.13666249X-RAY DIFFRACTION99
3.6518-4.17990.14583280.13736186X-RAY DIFFRACTION99
4.1799-5.26490.15473050.13716190X-RAY DIFFRACTION98
5.2649-45.25960.19733080.18416000X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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