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- PDB-3lv3: Crystal structure of HLA-B*2705 complexed with a peptide derived ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lv3
タイトルCrystal structure of HLA-B*2705 complexed with a peptide derived from the human voltage-dependent calcium channel alpha1 subunit (residues 513-521)
要素
  • 9-meric peptide from Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC (MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX) / HLA-B*2705 / Disulfide bond / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Amyloid / Amyloidosis / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Secreted / Calcium channel / Voltage-gated channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved SA node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / positive regulation of adenylate cyclase activity / membrane depolarization during SA node cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / L-type voltage-gated calcium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / NCAM1 interactions ...voltage-gated calcium channel activity involved SA node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / positive regulation of adenylate cyclase activity / membrane depolarization during SA node cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / L-type voltage-gated calcium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / NCAM1 interactions / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / positive regulation of calcium ion transport / regulation of T cell anergy / calcium ion import / regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of interleukin-6 production / ankyrin binding / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / voltage-gated calcium channel complex / alpha-actinin binding / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / voltage-gated calcium channel activity / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Regulation of insulin secretion / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / sensory perception of sound / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / calcium ion transmembrane transport / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neurogenesis / calcium channel activity / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / Z disc / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / calcium ion transport / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1D subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1D subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Voltage-dependent channel domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Loll, B. / Rueckert, C. / Saenger, W. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Loss of recognition by cross-reactive T cells and its relation to a C-terminus-induced conformational reorientation of an HLA-B*2705-bound peptide.
著者: Loll, B. / Ruckert, C. / Hee, C.S. / Saenger, W. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A.
履歴
登録2010年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 9-meric peptide from Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4616
ポリマ－45,1853
非ポリマー2763
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.290, 54.614, 69.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain / MHC class I antigen B*27


分子量: 31928.160 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03989, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 9-meric peptide from Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D


分子量: 1377.584 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 502-510 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01668
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20%(w/v) PEG 8000, 150mM NaCl, 20mM Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月3日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→20 Å / Num. all: 18393 / Num. obs: 31104 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1529 / Rsym value: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A83

2a83


解像度: 1.94→19.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.895 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22435 1544 5.1 %RANDOM
Rwork0.17553 ---
obs0.17802 28960 98.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20.37 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→19.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3187 0 18 312 3517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213415
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.9354644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7545394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.01522.923195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9815583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5651540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6421.51958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22423196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91531457
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2084.51442
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 98 -
Rwork0.191 2000 -
obs--94.12 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.7121 Å / Origin y: 9.6363 Å / Origin z: 18.7124 Å
111213212223313233
T0.0472 Å2-0.0041 Å2-0.0127 Å2-0.0658 Å2-0.0002 Å2--0.0705 Å2
L0.5983 °2-0.0308 °2-0.2251 °2-0.9151 °20.2845 °2--1.5196 °2
S0.0113 Å °-0.1411 Å °0.0044 Å °0.1609 Å °-0.0484 Å °0.0898 Å °-0.0429 Å °-0.1559 Å °0.0371 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 183
2X-RAY DIFFRACTION1A184 - 276
3X-RAY DIFFRACTION1B0 - 99
4X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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