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- PDB-3lut: A Structural Model for the Full-length Shaker Potassium Channel Kv1.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lut
タイトルA Structural Model for the Full-length Shaker Potassium Channel Kv1.2
要素
  • Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
  • Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Voltage gating / potassium channel / Kv1.2 / gating charges / normal-mode analysis / Ion transport / Ionic channel / NADP / Phosphoprotein / Potassium / Potassium transport / Transport / Voltage-gated channel / Glycoprotein / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


optic nerve structural organization / pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / : / paranodal junction / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / potassium ion export across plasma membrane ...optic nerve structural organization / pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / : / paranodal junction / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / potassium ion export across plasma membrane / regulation of protein localization to cell surface / corpus callosum development / delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / : / axon initial segment / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / outward rectifier potassium channel activity / myoblast differentiation / regulation of potassium ion transmembrane transport / Neutrophil degranulation / optic nerve development / neuronal cell body membrane / neuromuscular process / regulation of dopamine secretion / lamellipodium membrane / action potential / kinesin binding / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / sensory perception of pain / potassium ion transmembrane transport / calyx of Held / postsynaptic density membrane / protein homooligomerization / cerebral cortex development / cytoplasmic side of plasma membrane / lamellipodium / presynaptic membrane / perikaryon / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / neuron projection / postsynaptic density / endosome / axon / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / NADP-dependent oxidoreductase domain / Helix Hairpins - #70 / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, X. / Ni, F. / Wang, Q. / Ma, J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Mammalian Voltage-Dependent Shaker Family K+ Channel
著者: Long, S.B. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Atomic structure of a voltage-dependent K+ channel inalipidmembrane-like environment
著者: Long, S.B. / Tao, X. / Campbell, E.B. / Mackinnon, R.
履歴
登録2010年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Other
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 0 THIS ENTRY 3LUT REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R2A79SF) ... THIS ENTRY 3LUT REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R2A79SF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2A79: LONG,S.B., CAMPBELL,E.B., MACKINNON,R.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8139
ポリマ－97,8352
非ポリマー9787
水1,54986
1
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,25136
ポリマ－391,3398
非ポリマー3,91228
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area34450 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area143810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.605, 113.605, 260.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-500-

K

21B-501-

K

31B-502-

K

41B-503-

K

51B-504-

K

61B-505-

K

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要素

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / K(+) channel subunit beta-2 / Kv-beta-2


分子量: 41071.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnab2, Ckbeta2, Kcnb3 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P62483
#2: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv1.2 / RBK2 / RCK5 / RAK


分子量: 56763.461 Da / 分子数: 1 / Mutation: N207Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcna2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P63142
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.36 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2A79.

-
データ収集

放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.9→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 26.941 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22063 1776 5.3 %RANDOM
Rwork0.21131 ---
obs0.2118 31566 100 %-
all-33343 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 123.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1 Å20 Å20 Å2
2---3.1 Å20 Å2
3---6.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5708 0 54 86 5848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225894
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.977989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9985714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65523.434265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.325151009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0131541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.23072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.24146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3240.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 128 -
Rwork0.288 1990 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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