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- PDB-3luq: The Crystal Structure of a PAS Domain from a Sensory Box Histidin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3luq
タイトルThe Crystal Structure of a PAS Domain from a Sensory Box Histidine Kinase Regulator from Geobacter sulfurreducens to 2.5A
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / PAS / histidine / kinase / Geobacter / sulfurreducens / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...PAS fold-4 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Stein, A.J. / Weger, A. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a PAS Domain from a Sensory Box Histidine Kinase Regulator from Geobacter sulfurreducens to 2.5A
著者: Stein, A.J. / Weger, A. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein
C: Sensor protein
D: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,24212
ポリマ－54,2034
非ポリマー1,0398
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sensor protein
B: Sensor protein
C: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,69111
ポリマ－40,6523
非ポリマー1,0398
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.545, 71.971, 67.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Sensor protein


分子量: 13550.708 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
株: PCA / 遺伝子: GSU1414 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74DA3, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 289 K / pH: 9.5
詳細: 30% PEG 3000, 0.1M CHES pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 19104 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.49→35.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 27.363 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.613 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 970 5.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.231 18909 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å2-0.13 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→35.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3575 0 65 18 3658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213725
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.9365031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.695444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.01122.031192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.04815551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6091543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03423487
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7314.51544
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 54 -
Rwork0.27 1215 -
obs--91.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.0924-5.6907-4.032711.1288-3.63645.44010.29170.27930.16340.283-0.03980.1371-0.4188-0.1322-0.25190.3614-0.01490.01780.2955-0.06450.2906-4.3242-6.9934-24.2805
20.5258-1.44260.25376.30132.13083.72640.0005-0.06240.0788-0.03010.2533-0.31950.1005-0.0707-0.25380.2822-0.03060.0180.21610.04270.3633-9.1406-13.6276-19.5589
32.33240.12040.52123.98730.96381.33680.0149-0.02380.073-0.1686-0.13840.2044-0.1318-0.30410.12360.26630.0485-0.00490.22140.0510.2998-14.0964-8.9592-19.3001
44.96591.33130.778513.27213.84047.0520.1104-0.0524-0.6071-0.3678-0.07850.19940.0982-0.9588-0.0320.2458-0.0479-0.03320.37370.01730.3225-19.5577-18.3747-20.0894
53.06121.2163-0.02490.6737-0.14120.092-0.2048-0.2529-0.036-0.18250.2640.12650.0502-0.2423-0.05920.3121-0.015-0.09230.7290.13350.3588-21.3087-7.2516-20.5094
611.6409-2.79452.74675.74564.03518.6759-0.1497-0.8659-0.59970.61640.05520.18520.2436-1.87270.09440.1324-0.05010.09060.41360.03440.3714-22.8094-9.0744-7.0075
71.27160.647-3.02520.8075-0.287610.48780.285-0.11370.06310.3053-0.20650.042-0.3128-0.1058-0.07850.26010.04640.00890.2809-0.01230.3256-11.8018-3.0875-5.382
80.0876-0.29350.69060.9988-2.35985.63-0.0383-0.0506-0.00110.04950.1418-0.0108-0.0741-0.2874-0.10340.26870.01160.00530.3274-0.03380.3907-5.9126-12.9312-3.403
90.2112-2.4142-0.589228.80576.84281.6628-0.08420.0791-0.10641.3422-0.28040.82650.3566-0.12760.36450.36590.08710.1780.50310.0310.6191-19.4405-23.9654-2.3692
101.84131.1627-0.93816.8228-3.61953.9573-0.0592-0.14550.0747-0.11370.02780.00830.0474-0.15490.03140.25550.00360.00040.182-0.02310.2911-6.6593-10.5972-9.723
1118.9167.052411.93444.30621.720111.9779-1.51320.94580.00060.08870.6515-0.5489-1.93860.05750.86170.59110.0693-0.130.1209-0.15790.6848-4.09792.1992-15.7603
124.1819-0.061-2.19130.5558-2.00618.6531-0.0214-0.1256-0.5052-0.27580.02480.08590.9579-0.0207-0.00340.3694-0.0086-0.0660.19210.03650.4056-9.2552-19.8031-10.1359
139.1655.8937-0.01676.253.16024.1109-0.4990.1167-0.1226-0.17660.2730.15610.13370.2680.2260.32620.0053-0.03440.27160.02950.36224.9797-12.8523-23.8294
142.5884-0.5949-0.29970.6683-1.20083.0728-0.1167-0.0043-0.2177-0.01370.03390.03650.1067-0.03270.08280.25930.0451-0.02170.2208-0.04070.360611.7824-15.1519-16.6225
152.62340.229-1.72992.5153-0.27542.25050.14060.07430.0331-0.0746-0.3605-0.12940.04310.33470.21980.26670.02960.00620.2291-0.01420.340514.2585-11.4737-20.1844
166.29-2.9180.8832.50153.492913.40710.2343-0.09610.9162-0.35210.1366-0.5731-0.71530.3307-0.37090.3879-0.15740.06550.3470.00010.332320.0796-6.5697-21.9249
176.83350.83877.06110.20211.549912.74040.24590.4556-0.12920.01610.0095-0.08050.25780.5515-0.25540.26980.06710.04230.3210.05140.335721.8175-17.0545-18.6018
184.8634.5486-5.12395.2661-0.688722.05910.3275-0.4592-0.31660.402-0.3029-0.384-0.02551.0606-0.02470.18240.0896-0.01340.330.05260.440722.0483-15.5903-5.7026
197.77050.43674.375.03633.89315.12750.4757-0.0509-0.61260.5958-0.0938-0.04020.6256-0.1106-0.38190.36710.0301-0.03880.19440.07070.344110.5955-21.6451-5.8624
201.4092.32640.81054.96324.36438.67060.1644-0.41320.35650.3352-0.37020.61380.26640.51830.20590.21460.0080.00750.3223-0.01560.33436.1816-10.5136-2.9663
212.0211-5.4842-1.756321.68892.02982.630.14170.4181-0.32151.0358-1.2729-1.0783-0.5539-0.27121.13120.55980.0581-0.26740.3510.08610.670620.9421.4939-0.8164
221.8899-0.83971.58770.3802-0.71791.367-0.3138-0.46310.0850.08790.1819-0.0463-0.1956-0.35390.13190.40270.0891-0.04620.2473-0.00770.35678.601-9.8877-7.6474
230.0201-0.60250.43318.8864-13.58799.77680.0302-0.0052-0.0046-2.2157-0.1317-0.15941.60690.06650.10150.5224-0.00010.12940.3114-0.14920.70113.5801-26.7561-16.8728
242.5619-0.26952.48620.0291-0.26082.4621-0.14560.09530.18220.0125-0.0345-0.0149-0.25730.0930.18010.36030.00210.03490.2382-0.00580.31669.7413-6.244-10.1417
2513.69880.14857.82738.32474.16956.4809-0.1335-0.18240.6551-0.533-0.1769-0.2003-0.3357-0.21620.31040.41860.06930.04920.28480.02350.3412-1.6533-5.3992-34.0647
264.7635-0.3331-4.17266.2094-2.31654.762-0.115-0.057-0.0159-0.1070.19710.17160.1238-0.0793-0.08210.26020.0257-0.03670.33310.00770.31313.3752-13.7647-37.857
274.5503-2.5444-0.57742.7275-2.34465.88030.05190.18590.35670.1947-0.0324-0.209-0.33430.1186-0.01960.3214-0.03070.0270.3014-0.02590.34529.6546-1.4754-41.8064
2812.94450.0311-4.87820.5662-0.84513.0671-0.289-0.4818-0.1821-0.0859-0.0068-0.15370.25530.20510.29580.2840.0545-0.0270.1694-0.02320.35669.29-14.9952-36.9768
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4722.2004-9.143114.45963.786-5.96099.42010.21180.34970.2506-0.0802-0.307-0.2190.20110.24770.09520.3028-0.0894-0.25040.30120.19260.9302-9.238-25.9196-44.3159
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A87 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2A95 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3A107 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4A118 - 126
5X-RAY DIFFRACTION5A127 - 136
6X-RAY DIFFRACTION6A137 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7A146 - 154
8X-RAY DIFFRACTION8A155 - 163
9X-RAY DIFFRACTION9A164 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10A175 - 183
11X-RAY DIFFRACTION11A184 - 192
12X-RAY DIFFRACTION12A193 - 200
13X-RAY DIFFRACTION13B87 - 99
14X-RAY DIFFRACTION14B100 - 108
15X-RAY DIFFRACTION15B109 - 119
16X-RAY DIFFRACTION16B120 - 128
17X-RAY DIFFRACTION17B129 - 137
18X-RAY DIFFRACTION18B138 - 146
19X-RAY DIFFRACTION19B147 - 155
20X-RAY DIFFRACTION20B156 - 163
21X-RAY DIFFRACTION21B164 - 172
22X-RAY DIFFRACTION22B173 - 182
23X-RAY DIFFRACTION23B183 - 191
24X-RAY DIFFRACTION24B192 - 200
25X-RAY DIFFRACTION25C87 - 94
26X-RAY DIFFRACTION26C95 - 104
27X-RAY DIFFRACTION27C105 - 112
28X-RAY DIFFRACTION28C113 - 120
29X-RAY DIFFRACTION29C121 - 135
30X-RAY DIFFRACTION30C136 - 144
31X-RAY DIFFRACTION31C145 - 153
32X-RAY DIFFRACTION32C154 - 163
33X-RAY DIFFRACTION33C164 - 172
34X-RAY DIFFRACTION34C173 - 181
35X-RAY DIFFRACTION35C182 - 192
36X-RAY DIFFRACTION36C193 - 200
37X-RAY DIFFRACTION37D88 - 99
38X-RAY DIFFRACTION38D100 - 108
39X-RAY DIFFRACTION39D109 - 116
40X-RAY DIFFRACTION40D117 - 126
41X-RAY DIFFRACTION41D127 - 137
42X-RAY DIFFRACTION42D138 - 146
43X-RAY DIFFRACTION43D147 - 155
44X-RAY DIFFRACTION44D156 - 163
45X-RAY DIFFRACTION45D164 - 172
46X-RAY DIFFRACTION46D173 - 180
47X-RAY DIFFRACTION47D181 - 191
48X-RAY DIFFRACTION48D192 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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