PDB-3lu2: Structure of lmo2462, a Listeria monocytogenes amidohydrolase fam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lu2

タイトル

Structure of lmo2462, a Listeria monocytogenes amidohydrolase family putative dipeptidase

要素

Lmo2462 protein

キーワード

HYDROLASE / dipeptidase / metallo-dependent hydrolase / Lysteria / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

metallodipeptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Hasseman, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of lmo2462, a Listeria monocytogenes amidohydrolase family putative dipeptidase
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Hasseman, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年12月7日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lu2.cif.gz	138.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lu2.ent.gz	114.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lu2_validation.pdf.gz	435.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lu2_full_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示
XML形式データ	3lu2_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	3lu2_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1t8o-d 1tyy-d 1p42-d 3iq0-d 1bbr-4 2ier-d 2go4-3 1tz6-d 2o3z-2 1yh8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP02710

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lmo2462 protein

B: Lmo2462 protein

ヘテロ分子

71.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Lmo2462 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Lmo2462 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.088, 179.088, 46.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Lmo2462 protein 分子量: 35411.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: lmo2462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8Y4H9
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG 3350, 200mM Na Tartrate, 100mM Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.18072 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月4日 / 詳細: beryllium lens
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 43887 / Num. obs: 43794 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 1.025 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4278 / Χ²: 1.031 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6_289	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→35.6 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.897 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.185	1907	4.55 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
obs	0.154	41868	95.4 %	-
all	-	43887	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.615 Å² / k_sol: 0.359 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.38 Å² / B_iso mean: 47.039 Å² / B_iso min: 16.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.428 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.428 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.856 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4908	0	4	281	5193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5085
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.052	6872
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	751
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	895
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.331	1872

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.198-2.276	0.246	171	0.183	3578	3749	87
2.276-2.367	0.221	177	0.173	3731	3908	90
2.367-2.475	0.213	185	0.168	3805	3990	92
2.475-2.606	0.198	187	0.163	3918	4105	94
2.606-2.769	0.225	187	0.171	4029	4216	97
2.769-2.982	0.219	199	0.18	4075	4274	98
2.982-3.282	0.21	200	0.172	4130	4330	99
3.282-3.757	0.178	199	0.146	4148	4347	99
3.757-4.732	0.149	201	0.117	4233	4434	100
4.732-35.586	0.154	201	0.143	4314	4515	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7084	-0.009	0.8821	0.4295	0.1917	1.3392	0.498	0.5207	-1.4824	-0.1167	0.0883	0.1654	0.7091	0.1486	-0.5869	0.6006	0.0825	-0.3923	0.3189	-0.2122	0.9191	20.698	47.247	-0.1028
2	1.8797	-0.1536	0.7615	0.7111	-0.6308	1.8975	0.2397	-0.2152	-0.6059	-0.1164	0.1065	0.5219	0.3146	-0.2407	-0.3378	0.2383	-0.015	-0.2109	0.2415	0.046	0.5366	13.0519	60.5587	9.0611
3	3.6723	0.5058	0.8134	1.2647	-0.3828	1.0788	0.1827	0.2506	-0.371	-0.1799	-0.0691	0.1305	0.1699	0.2083	-0.1225	0.2889	0.1064	-0.1396	0.2785	-0.0019	0.2988	32.6216	61.3494	9.5267
4	3.1083	0.4403	0.201	2.3374	0.7521	1.9108	0.0327	0.285	-0.3204	0.1274	0.0623	0.0712	0.1661	0.0653	-0.0915	0.1613	-0.0501	-0.0704	0.2714	-0.0111	0.1889	-17.5812	73.1956	-11.8083
5	1.8551	-0.015	1.358	0.9979	0.2735	1.6403	-0.0323	0.3019	-0.048	0.0493	0.0915	-0.2576	0.0128	0.3505	-0.0477	0.1363	-0.0287	-0.0805	0.3815	-0.0046	0.2654	-0.2068	80.1696	-5.4226
6	2.5076	-0.5331	0.1476	1.5407	0.2933	1.332	-0.069	-0.0531	0.2103	0.4045	0.0694	-0.1076	-0.0517	0.0789	0.0276	0.2365	-0.0446	-0.0572	0.2224	0.0737	0.1611	-18.2355	90.5421	-0.749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:89)	A	0 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 90:182)	A	90 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 183:308)	A	183 - 308
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 0:116)	B	0 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 117:191)	B	117 - 191
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 192:308)	B	192 - 308

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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