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- PDB-3lu1: Crystal Structure Analysis of WbgU: a UDP-GalNAc 4-epimerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lu1
タイトルCrystal Structure Analysis of WbgU: a UDP-GalNAc 4-epimerase
要素WbgU
キーワードISOMERASE / Rossmann fold / epimerase / lipopolysaccharide / glycan / NADH / UDP-GlcNAc
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase activity / O antigen biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Plesiomonas shigelloides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bhatt, V.S. / Guo, C.Y. / Zhao, G. / Yi, W. / Liu, Z.J. / Wang, P.G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Altered architecture of substrate binding region defines the unique specificity of UDP-GalNAc 4-epimerases.
著者: Bhatt, V.S. / Guo, C.Y. / Guan, W. / Zhao, G. / Yi, W. / Liu, Z.J. / Wang, P.G.
履歴
登録2010年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WbgU
B: WbgU
C: WbgU
D: WbgU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,45620
ポリマ－163,7614
非ポリマー5,69516
水3,225179
1
A: WbgU
ヘテロ分子

C: WbgU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6689
ポリマ－81,8812
非ポリマー2,7887
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z+1/31
Buried area7080 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25490 Å2
手法PISA
2
B: WbgU
D: WbgU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,78711
ポリマ－81,8812
非ポリマー2,9079
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7320 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area25590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.130, 78.130, 231.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
WbgU


分子量: 40940.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plesiomonas shigelloides (バクテリア)
株: O17 / 遺伝子: wbgU / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7BJX9, UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase

-
非ポリマー , 6種, 195分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-UD2 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / (2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / UDP-GalNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#4: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 10
詳細: Ammonium Sulfate, PEG 3350, Glycine, pH 10, Microbatch under oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 103.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.028 Å / Num. all: 51939 / Num. obs: 51939 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.564.10.8820.81470835630.88288.8
2.56-2.644.10.77211444335250.77288.6
2.64-2.714.10.6181.21380333980.61888.1
2.71-2.84.10.4991.51361433520.49989.1
2.8-2.8940.4081.81330132890.40891
2.89-2.9940.3392.21302632210.33991.9
2.99-3.140.2612.81249631230.26193.6
3.1-3.2340.2233.31258131360.22395.6
3.23-3.374.10.184.11233330230.1897.5
3.37-3.544.20.14751230929400.14798.8
3.54-3.734.40.12361239628300.12399.6
3.73-3.954.50.0997.31210326830.099100
3.95-4.234.80.0868.51188324850.086100
4.23-4.564.80.07210.11130323790.072100
4.56-54.70.06910.31020221500.069100
5-5.594.70.0739.9920419610.073100
5.59-6.464.70.0710806617180.07100
6.46-7.914.70.04514.3676714430.04599
7.91-11.1850.03118.9562411140.031100
11.18-44.034.90.0318.429536060.0398.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 46.04 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å39.07 Å
Translation3.5 Å39.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SB8

1sb8


解像度: 2.5→44.028 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.174 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / FOM work R set: 0.821 / SU B: 10.911 / SU ML: 0.24 / SU R Cruickshank DPI: 0.853 / SU Rfree: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.853 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2637 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.207 51878 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.02 Å2 / Biso mean: 36.806 Å2 / Biso min: 13.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20.36 Å20 Å2
2--0.72 Å2-0 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10684 0 368 179 11231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02211298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1491.9915386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.22851332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66923.985522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.634151836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.221568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3391.56664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.647210772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.84734634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4734.54614
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 184 -
Rwork0.284 3375 -
all-3559 -
obs--88.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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