PDB-3lsi: Pyranose 2-oxidase T169A, tetragonal

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lsi

タイトル

Pyranose 2-oxidase T169A, tetragonal

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC oxidoreductase / T169A mutant / Rossmann fold / PHBH fold / homotetramer / non-covalent FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Divne, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: H-bonding and positive charge at the N5/O4 locus are critical for covalent flavin attachment in trametes pyranose 2-oxidase.
著者: Tan, T.C. / Pitsawong, W. / Wongnate, T. / Spadiut, O. / Haltrich, D. / Chaiyen, P. / Divne, C.

履歴

登録	2010年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3lsi.ent.gz	383.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lshC 3lskC 3lsmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4moi-1 3k4m-1 2igo-1 3lsh-d 4mom-d 2ign-1 1tt0-d 4moe-d 3fdy-1 1tzl-1 2ign-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

140 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.298, 101.298, 249.768
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase 分子量: 69383.758 Da / 分子数: 2 / 変異: T169A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(D+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1004 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 0.050M MgCl2, 10% (W/V)% monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03908
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→29.1 Å / Num. obs: 102585 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / R_sym value: 0.578 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
FFT		モデル構築
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0066	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
FFT		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.9→29.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 6.521 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	3090	3 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.166	99494	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9072	0	106	1004	10182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	9420
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	8177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.904	1.96	12814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824	3	19117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.019	5	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.387	24.489	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.809	15	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.444	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.152	0.2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	10471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.058	1.5	5751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.345	1.5	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.723	2	9344
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.771	3	3669
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.196	4.5	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	438	-
R_work	0.2	14306	-
obs	-	-	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8982	-0.2632	0.1727	0.9479	0.0439	0.6199	0.0517	0.0903	-0.0022	-0.145	-0.0381	-0.0666	0.0818	0.0702	-0.0136	0.075	0.0134	0.0157	0.0711	-0.0008	0.0524	2.133	15.4	-42.688
2	0.1107	-0.1406	0.0941	0.1934	-0.117	0.0814	0.0134	0.0092	-0.0111	0.0151	-0.0108	0.0115	0.0188	0.008	-0.0026	0.0759	0.0007	0.0084	0.0767	0.0067	0.0581	6.24	7.032	-15.82
3	0.7152	-0.0624	-0.0137	1.5343	-0.4463	1.2225	-0.0035	0.0347	0.0689	0.0081	0.0317	0.0505	-0.1262	-0.0757	-0.0282	0.062	0.0101	-0.0037	0.0989	0.0073	0.0698	-14.726	26.839	-31.692
4	1.4568	0.1656	-0.0491	0.9265	-0.1409	0.7313	-0.0457	-0.0009	0.0267	0.0138	0.0362	0.0351	-0.027	-0.0979	0.0095	0.0783	0.0025	-0.0274	0.0878	0.0083	0.0692	-25.657	10.541	-22.302
5	0.5965	0.2864	-0.0216	0.8921	-0.1635	0.4807	-0.0228	0.1097	-0.0798	-0.1285	0.0091	-0.1007	0.0624	0.0695	0.0138	0.0601	0.0215	0.0144	0.0675	-0.0009	0.0215	6.497	15.779	-42.411
6	0.7959	-0.0322	-0.203	0.9804	-0.0592	0.9675	0.0114	-0.0351	0.0674	0.0271	-0.02	-0.1757	-0.1162	0.1895	0.0086	0.0361	-0.0069	-0.0067	0.0729	0.0161	0.0696	10.743	27.499	-28.584
7	0.7176	0.5826	0.1416	0.6668	0.074	0.2732	0.0324	-0.0005	-0.007	0.0227	-0.023	0.0485	0.0337	-0.0413	-0.0094	0.05	0.0013	-0.001	0.0629	-0.0028	0.0418	-29.798	1.773	-15.485
8	8.1854	13.4369	-1.7839	22.116	-2.9276	0.4068	-0.2578	0.0012	-0.2382	-0.5282	0.1036	-0.377	0.0654	0.0122	0.1543	0.2528	-0.0285	0.0213	0.2903	0.0677	0.5043	-10.469	-0.002	-10.663
9	0.4304	0.0463	-0.1471	0.3774	-0.1061	0.2487	0.0333	0.0022	0.0459	0.0268	-0.0245	-0.0211	-0.0314	0.0323	-0.0089	0.0745	-0.0006	-0.0152	0.0739	-0.0012	0.0361	-5.044	19.051	-12.404
10	0.3133	0.0696	-0.0989	0.4611	-0.3605	0.9731	-0.0225	0.0311	0.0267	-0.0383	-0.006	-0.0428	-0.0046	-0.0099	0.0285	0.064	0.0111	-0.0015	0.0624	0.0116	0.0587	-2.056	28.265	-31.677
11	1.3172	0.0738	-0.617	1.3808	0.539	1.5147	0.0247	0.2175	-0.0242	-0.2559	-0.0428	0.1203	-0.1135	-0.1097	0.0181	0.086	0.0136	-0.0326	0.0818	-0.0277	0.0232	-2.031	-19.358	-42.291
12	0.1621	-0.0874	-0.1089	0.1516	0.111	0.1052	0.019	0.0119	-0.0092	0.0077	-0.0224	0.0028	-0.0215	-0.0106	0.0035	0.0683	0.0014	-0.0094	0.0577	-0.012	0.0463	-6.15	-8.588	-16.536
13	0.5448	-0.1901	0.0459	2.5642	-0.2551	1.577	-0.0284	0.0525	-0.1204	-0.1338	0.0117	-0.0089	0.2824	0.0878	0.0167	0.0718	0.0137	0.0091	0.0827	-0.0249	0.0698	14.854	-30.016	-29.503
14	1.2077	0.3169	0.1774	1.0555	0.1698	2.5769	-0.0258	-0.0022	-0.053	-0.0143	-0.0101	-0.065	0.0093	0.1325	0.0358	0.037	0.0069	0.0249	0.0672	-0.009	0.061	26.049	-14.24	-19.893
15	0.7475	0.2725	0.3204	0.8257	0.2574	0.4194	-0.0281	0.1658	0.0318	-0.1469	-0.0022	0.0451	-0.0304	0.0222	0.0303	0.0805	0.0031	-0.014	0.0829	-0.0182	0.0242	0.568	-16.24	-41.179
16	1.1848	0.0569	0.099	1.1396	0.408	1.7246	-0.0111	0.053	-0.1058	-0.033	-0.0763	0.2148	0.151	-0.2525	0.0874	0.0408	-0.0171	-0.0263	0.0736	-0.0603	0.1104	-13.408	-26.76	-32.341
17	0.8001	0.5079	0.1549	0.6182	0.0948	0.3244	-0.0046	-0.008	-0.0394	-0.0019	-0.0177	-0.035	-0.0289	0.0425	0.0223	0.093	0.0045	0.0135	0.0832	-0.003	0.0579	19.747	-12.098	-11.421
18	1.1086	0.8971	-0.0832	1.2518	-0.0012	0.3227	0.0034	0.0013	0.0426	-0.0072	-0.0344	-0.0181	-0.0514	0.0605	0.031	0.069	0.0028	0.0034	0.0798	0.0128	0.0253	29.642	-3.327	-15.962
19	3.3523	8.289	2.9653	20.5003	7.3337	2.628	-0.3668	0.0824	0.2121	-0.8772	0.2065	0.5344	-0.3081	0.063	0.1603	0.2233	0.0338	-0.0414	0.1394	-0.0178	0.3407	10.05	-1.577	-10.264
20	0.4257	0.1097	0.0534	0.3194	0.1253	0.3649	-0.0056	0.0474	-0.0837	-0.0248	-0.0235	0.0422	0.0422	-0.0139	0.0291	0.0546	0.003	0.0004	0.0388	-0.0178	0.054	3.401	-25.724	-20.846

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	167 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	209 - 252
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	253 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	308 - 359
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	360 - 455
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	456 - 462
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	463 - 537
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	538 - 618
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	43 - 82
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	83 - 166
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	167 - 206
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	207 - 246
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	247 - 293
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	294 - 349
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	350 - 384
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	385 - 455
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	456 - 462
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	463 - 618

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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