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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lsh | ||||||
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タイトル | Pyranose 2-oxidase T169A, monoclinic | ||||||
![]() | Pyranose 2-oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / GMC oxidoreductase / T169A mutant / Rossmann fold / PHBH fold / homotetramer / non-covalent FAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Divne, C. / Tan, T.C. / Spadiut, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: H-bonding and positive charge at the N5/O4 locus are critical for covalent flavin attachment in trametes pyranose 2-oxidase. 著者: Tan, T.C. / Pitsawong, W. / Wongnate, T. / Spadiut, O. / Haltrich, D. / Chaiyen, P. / Divne, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 927.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 771.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 104.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 150.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69383.758 Da / 分子数: 4 / 断片: Pyranose 2-oxidase / 変異: T169A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-MES / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50MM MgCl2, 10% (W/V)% monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→28.5 Å / Num. obs: 217370 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.566 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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