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- PDB-3ls0: Crystal Structure of Cyanobacterial PsbQ from Synechocystis sp. P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ls0
タイトルCrystal Structure of Cyanobacterial PsbQ from Synechocystis sp. PCC 6803
要素Sll1638 protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Four helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbQ, cyanobacteria / Oxygen-evolving enhancer protein 3 (PsbQ), four-helix up-down bundle / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jackson, S.A. / Fagerlund, R.D. / Wilbanks, S.M. / Eaton-Rye, J.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of PsbQ from Synechocystis sp. PCC 6803 at 1.8 A: Implications for Binding and Function in Cyanobacterial Photosystem II
著者: Jackson, S.A. / Fagerlund, R.D. / Wilbanks, S.M. / Eaton-Rye, J.J.
履歴
登録2010年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sll1638 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6081
ポリマ－14,6081
非ポリマー00
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.332, 46.787, 93.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sll1638 protein / PsbQ


分子量: 14608.493 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: sll1638 / プラスミド: pGEX-6-P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73048
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)Mosaicity (°)
12.1242.020
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.525% PEG 1450, 0.1M MES-NAOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
2912蒸気拡散法, ハンギングドロップ法725% PEG 1450, 0.05M MES, 0.05M TRIS-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX210.95364
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX220.96064,0.97984
検出器
タイプID検出器日付
ADSC Omega 1801CCD2009年8月28日
ADSC Omega 1802CCD2009年8月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953641
20.960641
30.979841
反射解像度: 1.8→19.13 Å / Num. all: 12135 / Num. obs: 12135 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible allRsym value
1.8-1.99.70.3955.8167941730100
1.9-2.0110.10.2283.41650416411000.228
2.01-2.15100.145.51536615361000.14
2.15-2.32100.0918.31447114511000.091
2.32-2.559.90.074101331213391000.074
2.55-2.859.90.05812.21209712261000.058
2.85-3.299.70.04614.51049510851000.046
3.29-4.029.50.03815.489499421000.038
4.02-5.6990.03515.467327521000.035
5.69-18.718.50.02819.7366243397.10.028

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→18.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2 / WRfactor Rwork: 0.163 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.877 / SU B: 4.69 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / SU Rfree: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 578 4.8 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 12092 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 42.81 Å2 / Biso mean: 21.23 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数905 0 0 109 1014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.022920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1931.9771243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2685114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10125.11145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3615166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.239156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2031.5572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9312912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9113348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.034.5331
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 47 -
Rwork0.226 809 -
all-856 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
117.7145-4.90622.65287.788-9.472212.91880.10440.1189-1.8101-0.5273-0.2628-0.16860.7190.6010.15830.90390.18070.33570.2564-0.08910.742530.23-7.526-3.491
21.5866-1.3333-2.26545.4225.22027.8922-0.0029-0.01580.0808-0.09940.1063-0.22540.14720.1937-0.10330.0970.00110.02380.09650.01780.031924.4338.8123.819
32.31350.367-0.15614.85693.60477.23390.08440.0129-0.0007-0.0313-0.07130.0763-0.1745-0.0237-0.01320.0788-0.0016-0.00060.04990.0040.00314.58920.48215.082
49.9373-2.7034-0.7859.8809-0.8983.7828-0.0974-0.0948-0.2234-0.3348-0.08330.56310.2692-0.31140.18070.15530.0031-0.00310.086-0.03070.047415.5124.0174.418
52.2999-0.8057014.3377016.16220.04760.0183-0.4386-0.9445-0.3163-0.08621.39940.92650.26860.51370.0837-0.0190.1936-0.08060.49422.317-8.424.014
62.7766-2.264-2.48166.9412.07566.0917-0.12070.0514-0.2448-0.2544-0.08370.03230.4809-0.0020.20430.1345-0.02150.01940.07820.00570.028216.6540.49113.949
73.0997-3.0391-1.24375.93542.13163.1137-0.0549-0.13880.03820.12280.04670.01010.02490.08110.00810.0904-0.03290.00140.07410.00910.004215.54712.30920.933
818.7657-9.9326-8.30657.9661.1997.4583-0.1273-0.0401-0.5906-0.4222-0.45930.01430.61160.58560.58660.33720.1733-0.02280.283-0.06640.204827.2160.3538.711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2A37 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3A59 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4A81 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5A91 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6A99 - 112
7X-RAY DIFFRACTION7A113 - 140
8X-RAY DIFFRACTION8A141 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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