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万見
- PDB-3lrj: Crystal structure of 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lrj
タイトルCrystal structure of 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase in complex with sulfate ion.
要素3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
キーワードLYASE / ENZYME-SULFATE COMPLEX / ALPHA+BETA BARREL / DRUG TARGET / antibacterial / Metal-binding / Riboflavin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Kumar, P. / Karthikeyan, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Potential anti-bacterial drug target: structural characterization of 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase from Salmonella typhimurium LT2.
著者: Kumar, P. / Singh, M. / Gautam, R. / Karthikeyan, S.
履歴
登録2010年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
B: 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
C: 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
D: 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,91810
ポリマ－93,3424
非ポリマー5766
水1,02757
1
A: 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
B: 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9595
ポリマ－46,6712
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15490 Å2
手法PISA
2
C: 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
D: 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9595
ポリマ－46,6712
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.370, 50.530, 76.200
Angle α, β, γ (deg.)75.92, 85.88, 76.19
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 9:33 or resseq 40:212 ) and (not element H) and (not element D)
211chain B and (resseq 9:33 or resseq 40:212 ) and (not element H) and (not element D)
311chain C and (resseq 9:33 or resseq 40:212 ) and (not element H) and (not element D)
411chain D and (resseq 9:33 or resseq 40:212 ) and (not element H) and (not element D)

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要素

#1: タンパク質
3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase


分子量: 23335.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ribB, STM3195 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P66032, 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 8000, 100mM MES, 0.2M Ammonium sulphate., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 16185 / Num. obs: 15424 / % possible obs: 88.73 % / Observed criterion σ(F): 1.98 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 41.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2259 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G57

1g57


解像度: 2.803→48.909 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / σ(I): 2 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2746 786 5.1 %throughout
Rwork0.2091 ---
all0.2123 16185 --
obs0.2123 15399 88.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.257 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 0.5935 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.5613 Å2-22.7037 Å28.318 Å2
2--0.1698 Å25.0249 Å2
3---6.3915 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→48.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5907 0 30 57 5994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0558145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4882179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041074
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1457X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1457X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
13C1472X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
14D1457X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.803-2.97860.31941250.2603243588
2.9786-3.20860.30771400.247239489
3.2086-3.53140.33081420.2153245689
3.5314-4.04220.28911280.2062244589
4.0422-5.09180.25191270.172245889
5.0918-48.91610.20321240.1999242588

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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