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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lrj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase in complex with sulfate ion. | ||||||
![]() | 3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase | ||||||
![]() | LYASE / ENZYME-SULFATE COMPLEX / ALPHA+BETA BARREL / DRUG TARGET / antibacterial / Metal-binding / Riboflavin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() GTP cyclohydrolase II activity / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, P. / Karthikeyan, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Potential anti-bacterial drug target: structural characterization of 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase from Salmonella typhimurium LT2. 著者: Kumar, P. / Singh, M. / Gautam, R. / Karthikeyan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23335.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / 遺伝子: ribB, STM3195 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P66032, 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8000, 100mM MES, 0.2M Ammonium sulphate., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月26日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 16185 / Num. obs: 15424 / % possible obs: 88.73 % / Observed criterion σ(F): 1.98 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 41.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2259 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 88.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1G57 解像度: 2.803→48.909 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / σ(I): 2 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.257 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 0.5935 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.803→48.909 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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