PDB-3lrh: Structure of anti-huntingtin VL domain in complex with huntingtin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lrh

タイトル

Structure of anti-huntingtin VL domain in complex with huntingtin peptide

要素

Huntingtin
anti-huntingtin VL domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Huntington's disease / Huntingtin / Variable light chain domain / Intrabody / Immunoglobulin

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / microtubule-based transport / vocal learning / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of mitophagy / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / vesicle transport along microtubule / positive regulation of cilium assembly / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Schiefner, A. / Chatwell, L. / Skerra, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: A Disulfide-Free Single-Domain V(L) Intrabody with Blocking Activity towards Huntingtin Reveals a Novel Mode of Epitope Recognition.
著者: Schiefner, A. / Chatwell, L. / Korner, J. / Neumaier, I. / Colby, D.W. / Volkmer, R. / Wittrup, K.D. / Skerra, A.

履歴

登録	2010年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月30日	Group: Database references
改定 1.3	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3lrh.ent.gz	312.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lrh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lrgSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3b9v-3 3qxv-3 1dkk-1 7kgl-d 5nml-4 2x1q-2 135l-d 4ipu-4 3dj3-4 1shm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
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#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
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#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-huntingtin VL domain

B: Huntingtin

C: anti-huntingtin VL domain

D: Huntingtin

E: anti-huntingtin VL domain

F: Huntingtin

G: anti-huntingtin VL domain

H: Huntingtin

I: anti-huntingtin VL domain

J: Huntingtin

K: anti-huntingtin VL domain

L: Huntingtin

M: anti-huntingtin VL domain

N: Huntingtin

O: anti-huntingtin VL domain

P: Huntingtin

116 kDa, 16 ポリマー
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1

A: anti-huntingtin VL domain

B: Huntingtin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: anti-huntingtin VL domain

D: Huntingtin

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3

E: anti-huntingtin VL domain

F: Huntingtin

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4

G: anti-huntingtin VL domain

H: Huntingtin

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5

I: anti-huntingtin VL domain

J: Huntingtin

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6

K: anti-huntingtin VL domain

L: Huntingtin

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7

M: anti-huntingtin VL domain

N: Huntingtin

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8

O: anti-huntingtin VL domain

P: Huntingtin

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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.090, 89.660, 95.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The asymmetric unit contains 8 complexes of anti-huntingtin VL domain in complex with the huntingtin fragment 5-18.

#1: 抗体	anti-huntingtin VL domain 分子量: 12860.970 Da / 分子数: 8 / 断片: anti-huntingtin VL domain / 変異: G112A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Phage display library / synthetic / 遺伝子: VL12.3 / プラスミド: pASK75(T7RBS)his / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83
#2: タンパク質・ペプチド	Huntingtin / Huntington disease protein / HD protein 分子量: 1689.003 Da / 分子数: 8 / 断片: huntingtin peptide / 由来タイプ: 合成詳細: The huntingtin fragment 5-18 was obtained by peptide synthesis. This sequence occurs naturally in humans. 参照: UniProt: P42858
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 10 % PEG600, 0.1 mM potassium phosphate dibasic/citric acid, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月3日
放射	モノクロメーター: Osmic confocal Max-Flux / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 24090 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3LRG

3lrg

解像度: 2.6→19.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.827 / SU B: 33.014 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27804	1221	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21564	-	-	-
obs	0.21885	22868	88.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.953 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.48 Å²	0 Å²	-0.34 Å²
2-	-	3.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7448	0	0	204	7652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	7584
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.828	1.957	10298
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.459	5	975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.311	24.904	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.888	15	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.622	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	5732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	1.5	4907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	2.5	7866
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.003	3.5	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.005	10	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	101	-
R_work	0.248	1720	-
obs	-	-	91.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7939	-0.6452	0.1978	1.4392	-0.2746	2.5443	0.0198	-0.0697	-0.0356	-0.0128	0.0258	0.074	-0.0686	-0.0141	-0.0456	0.0537	-0.0121	-0.0215	0.0605	0.0021	0.0856	8.4383	-23.5116	-49.192
2	5.5849	1.8766	0.5344	0.9142	1.9359	10.9475	0.0403	-0.2048	-0.4693	0.1382	0.0162	-0.1681	0.7985	0.5241	-0.0565	0.1987	0.0551	0.0333	0.0601	0.0497	0.1899	21.2161	-29.5282	-48.8554
3	2.6265	-0.135	-0.0565	2.0587	0.55	2.2192	0.0571	-0.1485	0.0525	0.0775	0.0515	-0.1553	-0.0206	0.0914	-0.1085	0.0904	-0.0306	0.0107	0.1131	0.0052	0.0843	-15.2189	-14.5662	-45.5888
4	2.8088	-3.9144	5.3238	9.2127	-3.9114	13.5789	-0.3128	-0.4377	-0.0078	0.5715	0.1922	0.288	-1.044	-1.2657	0.1205	0.3328	-0.0331	0.2046	0.2178	-0.0595	0.3323	-27.7097	-8.3725	-44.8704
5	2.2931	0.9342	-0.4809	2.043	-0.2244	2.2536	0.0458	-0.0133	-0.1514	0.0548	-0.0343	-0.2055	0.2294	0.2271	-0.0114	0.1481	0.0323	-0.036	0.0755	-0.0214	0.0707	-16.2325	-25.1427	-68.2808
6	10.01	-4.8135	1.8504	3.0655	-0.6329	19.5643	0.2615	0.7971	-0.7542	-0.2763	-0.072	0.4485	1.1371	-0.6412	-0.1895	0.3164	-0.0677	0.0776	0.2317	-0.0134	0.1763	-29.4926	-30.5774	-68.2873
7	1.945	-0.3836	0.2336	1.1094	-1.2904	3.7457	0.0032	0.0333	-0.0525	0.1235	0.0091	0.1299	-0.0406	-0.0654	-0.0123	0.067	-0.01	-0.0088	0.0738	-0.0206	0.0729	7.6531	-15.7266	-73.0683
8	7.8577	5.1248	6.8658	4.6806	8.6344	19.0199	0.4252	0.0908	0.0904	0.0163	0.3898	-0.2896	-0.2885	1.0525	-0.815	0.2568	0.0402	0.079	0.2238	0.0372	0.3541	20.549	-9.6217	-73.8208
9	1.6446	-0.7611	0.26	1.1889	-0.5097	1.7829	-0.0865	-0.0873	-0.0059	-0.0716	0.0223	0.0785	-0.0392	0.0627	0.0643	0.0441	-0.0062	-0.0017	0.0621	-0.0006	0.06	2.0171	-27.6308	-1.8606
10	3.5139	1.8968	0.5736	1.7279	4.943	30.6695	-0.3531	-0.3568	-0.3021	0.0157	-0.1051	-0.0959	1.2286	0.6982	0.4583	0.1143	0.0419	0.0537	0.1908	0.0275	0.179	14.9799	-33.2478	-3.222
11	2.2552	1.0079	-0.4258	1.3061	1.048	1.9484	-0.0736	-0.0351	0.0222	0.0055	0.0525	0.0457	0.0706	0.027	0.0211	0.0565	0.0135	-0.0237	0.0833	0.0264	0.0239	-21.4087	-19.286	-0.2885
12	6.1005	0.7028	2.4156	3.2939	-7.5221	20.2434	-0.0607	-0.2916	0.6745	0.5536	0.199	0.2962	-1.4624	-1.037	-0.1383	0.1262	0.127	-0.0094	0.2501	-0.1218	0.1997	-33.567	-13.1189	2.401
13	1.9399	0.9114	-0.0836	1.1397	0.5855	2.1787	-0.0393	0.0134	-0.093	0.0766	-0.0435	-0.1188	0.0709	-0.0451	0.0828	0.0359	-0.0068	-0.0048	0.0862	0.0223	0.0574	-24.8706	-26.3263	-23.8486
14	7.5091	-2.9009	0.7255	2.7953	-6.388	22.6817	0.1045	0.4351	-0.4852	-0.391	0.0091	0.2418	1.3355	-0.8819	-0.1136	0.0939	-0.0611	0.0265	0.2578	-0.0527	0.1566	-37.958	-32.2283	-22.8471
15	5.2089	-0.7939	-0.2632	3.8903	-1.0923	1.7503	0.1026	0.3462	0.2277	-0.1386	-0.0404	0.0564	-0.0349	-0.0037	-0.0622	0.0397	-0.0046	-0.003	0.1154	0.0164	0.043	-1.5508	-17.6404	-24.3145
16	8.4115	5.8844	-2.1423	4.5299	1.3968	39.9139	-0.0465	-0.2103	-0.3182	-0.1863	-0.3099	-0.59	-1.1986	1.2561	0.3565	0.0891	0.0791	0.1598	0.2968	0.3832	0.8191	10.6808	-11.525	-26.5984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 110
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 18
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-1 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 18
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	5 - 18
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	5 - 18
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	5 - 18
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 111
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	5 - 18
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	-1 - 110
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	5 - 18

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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