PDB-3lrd: Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lrd

タイトル

Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensitive relay

要素

Major ampullate spidroin 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / dragline spider silk / self-assembly / pH-dependence / NT D40N/E84Q double-mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Euprosthenops australis (クモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Askarieh, G. / Hedhammar, H. / Nordling, K. / Rising, A. / Johansson, J. / Knight, S.D. / Saenz, A. / Casals, C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensitive relay.
著者: Askarieh, G. / Hedhammar, M. / Nordling, K. / Saenz, A. / Casals, C. / Rising, A. / Johansson, J. / Knight, S.D.

履歴

登録	2010年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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類似構造データ	1sfi-d 3f9o-d 4gaw-12 1x8h-d 3lr2-d 2fuk-d 1sbw-d 1olr-d 6r9d-1 5eg4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Major ampullate spidroin 1

B: Major ampullate spidroin 1

ヘテロ分子

28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.383, 68.383, 97.781
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-155- HOH
2	1	B-175- HOH

#1: タンパク質	Major ampullate spidroin 1 分子量: 14181.743 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 変異: D40N, E84Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Euprosthenops australis (クモ) / 遺伝子: MaSp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05H60
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium sulphate, PEG 400, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.06→59.23 Å / Num. obs: 14086 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.06→2.206 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2416

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NT wild-type

解像度: 2.15→59.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 9.362 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22841	739	5 %	RANDOM
R_work	0.17013	-	-	-
obs	0.17299	14086	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.606 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0.39 Å²	0 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→59.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1856	0	18	55	1929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.423	1.943	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.894	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.986	27.123	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.628	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.151	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.889	1.5	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.133	2	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.236	3	674
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.016	4.5	540

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	59	-
R_work	0.161	1037	-
obs	-	-	99.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	23.8146	-5.1815	2.1857	24.0284	-6.7344	28.6759	-0.421	-0.467	0.479	-0.0467	-0.5039	-2.0058	0.2574	2.0489	0.9248	0.0658	-0.0253	-0.0316	0.1915	0.0998	0.2308	-13.213	20.7298	16.9536
2	9.1728	-5.3798	0.1665	13.7135	3.4235	7.0058	-0.1457	0.1805	0.0402	0.1918	-0.2935	-0.213	0.4223	-0.3519	0.4392	0.0836	-0.0763	-0.0087	0.0694	-0.0003	-0.0009	-22.3297	18.4488	17.1607
3	6.9593	-6.4143	5.5409	15.9052	-2.8966	4.9006	-0.1257	-0.3067	-0.2304	0.2053	-0.0962	-0.0712	-0.1695	-0.6633	0.2219	0.0364	-0.0407	-0.0224	0.131	-0.0434	0.0455	-25.3431	26.3364	19.3487
4	2.7057	-8.1332	-3.6711	28.6267	0.4315	31.8916	0.2885	-0.6578	-0.0293	-0.1749	0.489	1.2137	-0.2379	-0.7195	-0.7774	0.1662	0.0193	-0.0394	0.1492	-0.027	0.0938	-27.8883	34.2613	20.5755
5	18.3784	7.1298	3.9403	9.5991	-2.9039	3.72	-0.1877	-1.0144	-0.0816	0.5213	-0.1711	-0.0699	-0.4242	-0.3627	0.3588	0.2141	0.1009	-0.0441	0.0408	-0.1086	0.1152	-29.9885	42.8321	18.3943
6	5.7829	-5.9294	2.7628	21.142	4.5373	7.2775	-0.0546	-0.3609	0.0324	0.3421	0.2746	0.2878	-0.3953	-0.2179	-0.2199	0.0897	0.063	0.0402	0.0517	-0.0389	0.026	-33.2903	35.3415	12.9133
7	8.8062	-7.8269	7.0022	50.8484	-5.7355	5.5731	-0.512	0.1607	0.0109	-0.0623	0.2146	1.2887	-0.4436	-0.792	0.2974	0.0902	0.0163	0.013	0.1496	0.0322	0.0572	-32.4735	23.8174	11.7162
8	7.961	-0.0452	5.8738	15.2251	9.6943	10.5492	-0.1963	0.1175	-0.2427	0.3141	-0.0488	0.0671	-0.0815	-0.6301	0.2451	0.1341	-0.0423	0.0898	0.0728	0.0358	0.0093	-29.7222	15.3608	11.0047
9	1.4439	3.781	-1.7908	13.7808	-1.5349	4.7859	0.1627	0.1242	-0.2216	-0.0119	-0.046	-0.0637	0.2813	0.0626	-0.1167	0.1966	0.0048	0.0194	0.0898	0.0172	0.135	-23.9023	12.6372	7.6623
10	4.9039	0.0528	1.8295	17.4936	3.4454	7.5082	0.3405	0.5389	-0.0383	-0.4481	-0.4628	-0.3841	-0.0316	0.3619	0.1223	0.1031	-0.0226	0.0015	0.1224	-0.0129	0.0176	-19.3479	20.3395	7.445
11	6.618	-1.9088	-0.621	34.9657	0.4917	0.0611	-0.0442	-0.3051	0.4807	0.5232	-0.3984	-0.1521	-0.0674	0.6174	0.4427	0.1941	-0.015	0.0105	0.1521	-0.006	0.0375	-22.4222	29.339	9.3506
12	7.6077	-4.5319	-1.6134	2.8955	0.5663	1.1381	0.1068	-0.1383	0.0166	0.2313	-0.5831	-0.2326	-0.2263	-0.4541	0.4763	0.2278	-0.0444	-0.0288	0.1146	-0.0678	0.095	-26.4568	37.6038	8.3446
13	6.7602	6.3074	-3.046	7.179	-3.4294	1.6391	-0.1197	0.3904	0.3463	0.1156	-0.0488	-0.0356	-0.0291	-0.3842	0.1685	0.336	0.0211	-0.0589	0.0843	-0.0112	0.2552	-28.9547	46.6795	9.4152
14	2.5686	-3.2679	1.7382	33.0879	-6.8115	2.2465	-0.0092	-0.2595	0.7414	-0.5161	-0.1628	-0.9078	-0.6439	0.1292	0.1719	0.2707	-0.0686	-0.0508	0.0134	-0.0386	0.1447	-21.1842	45.0299	15.5482
15	1.4374	-0.6705	-1.4336	11.9162	-8.3664	8.4653	0.1954	-0.2655	0.257	-0.3612	-0.5479	-0.3431	-0.3053	-0.0819	0.3526	0.1221	-0.032	-0.0729	0.0996	-0.0589	0.0781	-19.571	35.5763	19.0489
16	18.9619	1.6576	0.585	20.0974	-7.954	3.2298	0.0169	-0.9138	0.2686	1.2081	0.0179	0.2337	0.1457	-0.0952	-0.0348	0.0936	-0.0858	-0.0755	0.1081	-0.0341	0.0546	-19.0707	29.1779	24.1559
17	14.9308	-0.8936	-0.5431	8.1804	-6.3754	5.0724	-0.1724	0.3589	-0.5802	-0.3394	-0.4533	-0.5047	0.5322	0.2551	0.6258	0.0992	-0.0049	-0.0351	0.0951	-0.048	0.0392	-14.6308	26.2682	22.0079
18	12.277	1.5924	-5.1768	11.5503	-10.401	22.8988	-0.0931	0.0092	-0.1459	-0.1206	-0.5383	-0.8879	0.3888	1.3237	0.6314	0.047	-0.0258	0.0024	0.1598	0.0762	0.0869	-12.559	33.1538	13.5884
19	7.0451	-6.9723	2.9	23.0273	-4.1155	11.2874	-0.2853	0.1134	0.7096	-0.4141	-0.348	-0.7957	-0.4397	0.7145	0.6333	0.0665	-0.1353	-0.03	0.0543	0.0428	0.0505	-17.8065	39.8411	6.6731
20	13.4228	-3.9494	-4.0045	1.166	1.3784	11.3079	-0.2635	-0.047	0.867	-0.844	-0.2615	1.03	-1.1482	-1.2436	0.525	0.4634	-0.0382	-0.1457	0.1683	0.1055	0.2968	-26.0394	43.2676	-3.7251
21	20.5591	4.7962	12.3333	14.9951	-4.9082	15.1852	-0.3242	0.067	0.3086	0.1556	0.1057	-0.0228	-0.6439	-0.031	0.2185	0.0662	0.009	-0.0028	0.0761	-0.0287	0.0541	-35.3808	36.5399	-6.3072
22	5.5361	-3.5665	1.3222	10.055	1.9178	1.3046	0.124	-0.0658	-0.0195	-0.1016	-0.2448	0.308	-0.206	-0.1291	0.1208	0.0637	-0.0249	-0.0108	0.0756	0.004	0.0271	-35.4389	29.742	-6.095
23	9.8436	-2.5638	-3.4499	9.918	4.4415	8.6586	-0.1846	-0.0004	0.1545	0.1694	0.0626	0.2968	0.4658	-0.0062	0.122	0.052	-0.0495	0.0194	0.0576	0.0263	-0.0282	-27.2923	23.4497	-7.6781
24	38.5545	-15.1998	-19.8843	14.8586	2.773	13.1501	-0.3238	2.5794	-2.071	-0.3662	0.0163	0.562	0.5112	-0.3556	0.3075	0.1443	-0.0234	-0.0041	0.118	-0.0461	0.1469	-22.431	19.9432	-12.7216
25	13.2404	6.2425	-3.5296	5.0077	-3.0784	1.9097	0.1705	-0.1023	-0.8124	-0.0394	-0.1278	-0.1784	0.4889	0.582	-0.0427	0.0936	0.0664	0.0604	0.1106	0.0197	0.1412	-14.2277	17.0262	-6.81
26	13.3673	-7.2668	-2.6741	10.8733	-0.0238	17.8857	0.199	-0.6617	-0.5721	-0.3334	-0.0791	-0.1022	1.0176	0.0122	-0.1199	0.0955	-0.0315	0.0157	0.0304	0.0863	0.046	-19.1373	17.1302	-2.3922
27	19.9203	-6.6732	-8.9215	15.4923	-3.1355	6.8248	-0.0119	-0.5479	-0.2653	0.023	0.0276	0.1102	-0.0936	0.0959	-0.0157	0.1352	-0.0006	-0.0106	0.1431	0.0078	0.0585	-27.3978	18.7447	0.3477
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29	15.1918	-4.6858	-2.9852	6.9947	5.7914	7.6724	-0.1458	0.0314	-0.2469	0.6201	-0.0826	0.0514	0.6634	0.1307	0.2285	0.0854	-0.0041	0.0535	0.0854	0.0468	0.0659	-41.4595	27.1764	5.3174
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34	20.1933	-4.7662	4.652	8.7571	2.6576	12.8799	-0.0315	0.3584	0.3391	-0.3978	-0.0863	-0.3742	-0.1268	0.7879	0.1178	0.0246	-0.0282	0.0818	0.0766	0.0603	0.0438	-11.7496	26.1672	-9.5952
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38	10.8948	0.3549	8.4811	8.7601	-5.2846	10.1368	0.2273	-0.7022	-0.0109	0.1654	-0.1877	0.1278	-0.1172	-0.4437	-0.0395	0.0336	-0.058	0.0148	0.0853	-0.0134	0.058	-19.797	36.2375	-5.9688
39	9.8312	-3.731	7.3581	8.9928	-9.4528	11.3619	0.0765	-0.3033	0.042	0.1955	-0.3549	-0.1086	-0.1787	-0.0968	0.2784	0.0672	-0.0989	0.0367	0.1494	-0.0079	0.0555	-13.0369	33.9858	-1.4987
40	43.9332	-16.0622	9.0486	18.8904	8.0982	11.858	0.0184	-1.5705	1.2351	0.842	0.5033	-2.0137	-0.7462	1.5858	-0.5217	0.0516	-0.1638	-0.071	0.4491	0.0703	0.1688	-7.746	30.567	4.2413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	18 - 22
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	23 - 28
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	29 - 36
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	37 - 45
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	46 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	52 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	58 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	64 - 69
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	70 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	76 - 81
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	82 - 89
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	90 - 96
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	97 - 102
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	103 - 107
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	108 - 113
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	114 - 119
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	120 - 128
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	129 - 135
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	6 - 10
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	11 - 19
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	20 - 24
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	25 - 30
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	31 - 36
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	37 - 41
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	42 - 47
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	48 - 52
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	53 - 60
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	61 - 66
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	67 - 76
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	104 - 108
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	116 - 120
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	121 - 126
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	127 - 132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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