PDB-3lr2: Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lr2

タイトル

Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensitive relay

要素

Major ampullate spidroin 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / dragline spider silk / self-assembly / pH-dependence / NT wild-type

機能・相同性

機能・相同性情報

identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Euprosthenops australis (クモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Askarieh, G. / Hedhammar, H. / Nordling, K. / Johansson, J. / Knight, S.D. / Rising, A. / Casals, C. / Saenz, A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Self-assembly of spider silk proteins is controlled by a pH-sensitive relay.
著者: Askarieh, G. / Hedhammar, M. / Nordling, K. / Saenz, A. / Casals, C. / Rising, A. / Johansson, J. / Knight, S.D.

履歴

登録	2010年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3lr2.ent.gz	92 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3lr2_full_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示
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CIF形式データ	3lr2_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Major ampullate spidroin 1

B: Major ampullate spidroin 1

ヘテロ分子

28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.379, 68.379, 97.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- HOH

#1: タンパク質	Major ampullate spidroin 1 分子量: 14183.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Euprosthenops australis (クモ) / 遺伝子: MaSp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q05H60
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: ammonium sulphate, PEG 400, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
シンクロトロン	ESRF	ID14-2	1
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	2

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 315	1	CCD
	2

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2			x-ray	1

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.7→59.23 Å / Num. obs: 27832

反射シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / R_sym value: 0.06

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→59.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.547 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	1486	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.163	27832	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0.14 Å²	0 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→59.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1852	0	11	126	1989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.947	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.038	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.811	27.123	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.702	15	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.855	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.13	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.325	1.5	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.944	2	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.518	3	711
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.047	4.5	549
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	117	-
R_work	0.165	2054	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.1709	-1.5674	-7.0539	20.2815	2.0564	11.7694	0.0422	-0.4223	-0.2121	-0.023	0.0145	0.4479	0.1312	-0.4097	-0.0567	0.0513	-0.0154	-0.0175	0.1265	-0.0006	0.0261	18.9946	12.5077	6.3212
2	8.6475	-0.0929	1.1849	2.3022	0.0095	2.6613	0.0021	0.0295	0.1374	0.096	-0.0839	0.0135	-0.0367	-0.0634	0.0817	0.1178	0.0035	0.006	0.0777	0.0011	0.0492	25.0965	15.9485	6.3062
3	6.2985	-1.279	1.4955	8.5053	-0.5115	3.7422	-0.1795	-0.0072	0.0159	-0.0442	0.0414	0.048	-0.0623	0.076	0.1381	0.1128	-0.018	-0.0041	0.0682	0.0135	0.0154	34.3609	11.8092	7.6492
4	20.3632	-16.8449	7.88	14.0286	-5.7958	10.1344	-0.7483	-0.3287	0.5414	0.9068	0.2453	-0.7012	-0.0599	-0.0148	0.503	0.106	-0.0175	-0.0447	0.0489	0.0196	0.0096	40.2393	8.2728	12.6681
5	3.1453	0.2643	-3.429	11.0369	-7.4007	8.3311	0.034	-0.0543	0.038	0.0683	-0.3082	-0.5051	0.0799	0.2954	0.2743	0.0402	0.0192	0.0017	0.0395	0.0508	0.0564	46.5078	3.9394	6.1153
6	16.6587	-8.9232	4.612	12.4083	4.8993	8.3966	0.372	0.1528	0.5707	-0.3291	-0.3472	-0.6197	0.11	-0.0885	-0.0248	0.0859	0	0.0276	0.0502	0.0625	0.0677	43.1904	9.8937	2.3388
7	21.9625	-5.5345	-0.1442	3.0201	-2.1045	2.8206	0.2184	0.5925	0.0006	-0.1829	-0.3021	-0.175	-0.0452	-0.0018	0.0837	0.116	0.0224	0.0104	0.1046	0.0232	0.054	35.9633	14.3674	-1.1638
8	10.7231	-7.2403	5.6589	6.6749	-0.8248	8.5437	-0.0856	0.5225	0.5175	-0.1349	-0.1187	-0.225	-0.1265	0.3555	0.2043	0.0948	0.0165	0.0073	0.1116	0.0487	0.0691	28.9721	19.9066	-3.1502
9	6.7438	-1.771	8.079	15.5255	-3.1704	9.7516	-0.1715	0.1353	0.2688	-0.1489	-0.0511	-0.1173	0.0197	0.2892	0.2225	0.0648	0.0422	0.0162	0.1359	0.0321	0.0536	21.7192	21.8796	-6.2007
10	14.747	-8.6231	-2.8503	12.214	0.9006	7.9615	-0.0465	0.2753	-0.3451	0.2937	-0.004	0.3916	0.1789	-0.5672	0.0505	0.0706	-0.0246	-0.0023	0.1327	-0.0081	0.0547	19.6107	11.4109	-2.9244
11	12.8097	-4.415	8.9134	1.7811	-3.5763	11.8116	-0.14	0.1659	0.1703	0.2518	-0.0362	-0.2175	0.0778	0.0528	0.1762	0.1252	0.0002	-0.0227	0.0602	-0.0156	0.0529	28.3543	7.9924	-0.5325
12	4.7159	-4.1435	-2.772	7.5309	4.4897	6.3649	0.1563	0.2347	0.0204	-0.1545	-0.191	-0.0936	-0.0012	0.0689	0.0347	0.129	0.0071	0.0177	0.0965	0.0286	0.0384	35.2903	3.0638	-0.9257
13	21.5132	1.4492	5.1865	3.8692	3.3954	3.7104	0.2944	0.6475	-0.1583	-0.0857	-0.3086	-0.2422	0.4187	0.2034	0.0142	0.1432	0.088	0.0281	0.0834	0.0256	0.0294	43.5657	-0.8319	-0.7941
14	17.2867	1.9797	-4.9706	2.3826	-4.0568	7.0709	0.057	0.021	-0.416	-0.044	-0.341	-0.0142	0.4275	0.1795	0.284	0.1129	0.0551	0.0259	0.025	0.0406	0.026	43.8415	-4.1838	7.4502
15	7.6336	-5.3825	-3.3856	8.0726	5.0471	3.9512	-0.0433	-0.1202	-0.0502	0.1264	-0.0294	0.1044	0.1305	-0.0912	0.0727	0.1108	-0.0093	0.019	0.0632	0.0204	0.0301	35.9346	0.6452	10.9544
16	7.5277	-5.2087	-3.5485	8.6351	2.8913	7.2651	-0.05	-0.0893	0.0174	0.0801	0.1316	-0.1326	-0.1465	0.0598	-0.0816	0.1156	-0.0105	0.0008	0.064	0.0094	0.0488	29.3394	7.7269	13.5593
17	0.1562	-1.1471	-0.6747	11.2382	3.5132	3.6509	-0.0406	0.0846	-0.0744	-0.2234	0.0324	0.3796	-0.1708	-0.2383	0.0082	0.1181	0.0123	-0.0003	0.0913	0.0138	0.0888	22.8582	7.5095	13.6514
18	4.91	-2.7834	-5.0562	6.0091	3.927	10.5042	0.0642	-0.2075	-0.0027	-0.2588	-0.068	0.0504	-0.0577	-0.1214	0.0038	0.101	-0.0172	-0.0084	0.0288	0.0016	0.0326	25.4907	-1.0816	8.7595
19	7.8579	-0.9963	-5.9039	3.3573	-1.2757	9.1467	-0.0094	0.0792	0.0515	-0.2912	0.0262	0.0042	0.051	-0.2809	-0.0169	0.1694	-0.0071	-0.0017	0.0058	-0.0016	0.0022	30.3606	-3.7604	3.0085
20	11.1205	-6.1477	2.6136	30.2822	-0.1872	11.8556	0.1634	0.3298	-0.1976	-1.2202	-0.0866	-0.1087	0.9666	0.0435	-0.0768	0.2295	0.0479	0.0463	-0.0448	-0.0227	-0.026	35.7509	-7.744	-2.8523
21	18.3906	5.1692	2.3071	33.1633	1.2068	11.965	0.0696	-0.4244	-1.1021	-0.3128	-0.3369	-0.2541	0.3566	0.7501	0.2672	0.1116	0.0286	0.0132	0.0277	-0.0016	0.0528	42.3324	3.1569	-16.0186
22	17.1095	-1.8774	5.0381	4.9339	0.3529	7.5295	-0.4368	0.083	-0.0248	-0.0092	0.0779	0.017	-0.4062	0.1543	0.359	0.1396	-0.0163	0.0039	0.057	0.0048	0.0366	40.4513	10.8581	-17.3508
23	7.1974	5.2939	-2.59	9.6276	1.7852	6.8922	-0.1488	0.1102	-0.0176	0.0299	-0.0634	-0.0655	-0.173	-0.3836	0.2122	0.1177	0.0127	-0.0035	0.0811	-0.0098	0.0257	32.8234	8.6435	-19.5489
24	19.2309	3.1247	-0.5689	8.9627	5.6476	7.8784	-0.2124	0.0399	0.3038	-0.18	0.0558	0.1728	-0.7459	-0.4781	0.1566	0.1134	-0.0011	-0.0055	0.1449	-0.0183	0.0394	25.4731	6.8162	-20.3884
25	23.4725	17.1677	-10.3025	18.379	-5.6589	26.2919	-0.4284	0.9879	0.1479	-0.4881	0.1068	0.1965	0.3129	-1.333	0.3216	0.0196	0.0078	-0.077	0.206	-0.0502	0.1033	18.2369	3.0234	-20.7991
26	16.4459	11.827	4.978	19.3271	2.0989	10.9361	-0.0283	0.2331	0.595	-0.096	-0.273	1.0986	-0.2848	-0.7153	0.3013	0.01	0.0164	-0.0462	0.2457	-0.0798	0.1212	15.751	9.6017	-14.8319
27	12.9439	8.3697	0.807	6.8587	-0.0608	9.7588	0.1748	0.3927	0.1055	-0.1591	0.0378	0.107	0.068	-0.2287	-0.2127	0.0756	0.0042	-0.0216	0.1117	-0.0135	0.0535	23.3752	12.085	-12.008
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29	12.4312	3.5108	2.1255	1.9016	1.5529	5.6184	-0.0515	0.0559	0.2427	0.08	-0.0007	0.0834	-0.1328	-0.0023	0.0522	0.1028	-0.0115	-0.0032	0.0788	0.0243	0.0658	39.5091	18.0254	-10.5719
30	1.8566	4.7751	-0.097	12.3349	-0.5242	1.4269	0.0895	-0.0527	-0.0328	0.0503	-0.1758	-0.2496	-0.0425	0.0856	0.0864	0.1079	-0.02	-0.0025	0.1111	0.013	0.0697	45.4701	14.2791	-7.6623
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38	22.7096	-2.6173	-19.94	14.975	-7.1198	33.9414	-0.5881	-0.5629	-0.6312	-0.1646	-0.0794	-0.3435	1.962	0.7604	0.6676	0.2356	0.0192	0.0625	0.0719	0.0521	0.0484	33.4709	-5.8994	-14.458
39	21.765	-3.0704	-7.7948	9.5629	-2.5949	11.7522	-0.346	0.0056	-0.4357	0.2149	-0.2762	-0.0735	1.0119	0.2206	0.6222	0.219	-0.0509	0.035	0.0361	0.0108	0.0118	27.9107	-4.885	-8.8495
40	18.4077	3.3952	2.0697	1.8479	-2.9997	14.1946	0.5237	0.1271	-0.3384	0.2456	-0.5521	0.2015	1.4948	-0.5536	0.0284	0.2191	-0.1773	0.0936	0.0603	-0.0514	0.0379	21.3236	-4.7865	-2.6395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 24
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	25 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	31 - 37
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	38 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	43 - 49
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	50 - 55
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	56 - 61
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	62 - 68
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	69 - 73
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	74 - 79
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	80 - 85
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	86 - 93
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	94 - 100
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	101 - 107
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	108 - 113
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	114 - 118
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	119 - 124
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	125 - 130
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	7 - 11
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	12 - 17
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	18 - 22
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	23 - 27
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	28 - 33
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	34 - 39
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	40 - 45
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	46 - 50
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	51 - 57
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	58 - 63
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	64 - 71
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	72 - 78
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	79 - 84
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	85 - 91
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	92 - 102
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	103 - 107
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	108 - 113
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	114 - 118
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	119 - 124
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	125 - 130

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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