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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lqe | ||||||
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タイトル | X-Ray Structure of the Murine Norovirus (MNV)-1 Capsid Protein Protruding (P) Domain | ||||||
![]() | Capsid protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Viral capsid protein / protruding (P) domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rubin, J.R. / Stuckey, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution x-ray structure and functional analysis of the murine norovirus 1 capsid protein protruding domain. 著者: Taube, S. / Rubin, J.R. / Katpally, U. / Smith, T.J. / Kendall, A. / Stuckey, J.A. / Wobus, C.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34858.281 Da / 分子数: 1 / 断片: Protruding (P) Domain, residues 228-540 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MNV-1 / 遺伝子: 223997 [NCBI] / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 100 mM Tris, 20 mM sodium chloride, 200 mM lithium sulfate, , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月31日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 24428 / Num. obs: 24822 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 72 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: crystal structure (in house) 解像度: 2→32.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.154 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→32.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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